Modeling of the mechanism of the glucocorticoid resistance using CRISPR/Cas9 mediated genome editing
CRISPR/Cas9 genom değiştirme tekniği aracılığı ile glukokortikoid resistans mekanizmasının modellenmesi
- Tez No: 418639
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 133
Özet
Glukokorticoid türevi ilaçlar inflamasyon baskılayıcı olarak ve kan kanseri türevlerinin tedavisinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Glukokorticoid ilaç resistansı klinik bir problem olup, glukokortikoid reseptör genindeki mutasyonlardan kaynaklı olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızın birinci kısmında T lenfositi olan Jurkat hücre hattında glukokortikoid reseptor geni mutasyonlarını tanımlamaya çalıştık. Glukokorticoid reseptör proteini kodlayan genomik bölgeyi sekansladık ve DNA bağlanma bölgesi olan dördüncü eksonda heterozigot mutasyonun varlığını doğruladık. Bu yanlış anlam mutasyonu, bu genin 477. amino asidini argininden histidine çevirmektedir. Ek olarak Jurkat hücre hattına yüksek dozlarda deksametason uygulayarak glukokortikoid resistansı olduğunuda doğruladık.Calışmanın ikinci kısmında, glukokortikoid geni ekson 4 bölgesini hedefleyerek CRISPR/Cas9 genome düzenleme tekniğini kullandık. Daha sonra tek hücre analizlerini izleyen RFLP tekniği ile GR mutasyonu iceren cesitli orjinal hücre hatlari yarattıgımızı doğruladık.Bu hücrelerin glukokorticoid analoğu deksametasonda yüksek dozlarda glukokorticoid ilişkili hücre ölümüne karşı resistans olduklarını saptadık. Özet olarak bu calışmada CRISPR/Cas9 tekniğinin genom düzenlenmesinde etkin bir teknik olduğunu ve glukokortikoid geni exon 4 bölgesinin glukokorticoid ilişkili hücre ölümünde önemli bir bölge olduğunu bulduk.
Özet (Çeviri)
Glucocorticoid related drugs are widely used as anti-inflammatory agents and against hematologic malignancies. Glucocorticoid related drug resistance is a clinical problem which may result from the mutation of the glucocorticoid receptor (GR) gene. In the first part of the study we identify GR gene mutations in the human T lymphocyte Jurkat cell line. We sequenced the genomic locus encoding the GR and confirmed the presence of a heterozygous mutation in the fourth exon which encodes the DNA binding domain of this transcription factor. This single point missense mutation changes the 477th amino acid of this domain from arginine to histidine. Further, we confirmed that Jurkat cells are glucocorticoid resistant by applying high doses of dexamethasone. In the second part of the study, we targeted the GR exon 4 with CRISPR/Cas9 genome editing. Single cell cloning followed by RFLP analysis of CRISPR/Cas9 treated cells confirmed the generation of various clones of novel GR mutant Jurkat cells. We analyzed the survival of these cells and found that they have even higher resistance to cell death induced by the glucocorticoid analog, dexamethasone. We demonstrate that the CRISPR/Cas9 genome editing tool is an efficient tool for genome modification and that the GR exon 4 region is critical for GR related cell death.
Benzer Tezler
- A study on RNA and protein effectors of transcription factor activity and gene expression
Transkripsiyon faktörü aktivitesi ve gen ifadesinde RNA ve protein etkenleri üzerine bir çalışma
AYŞE DERYA CAVGA
Doktora
İngilizce
2019
BiyofizikKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- The biological subsystem interactions underlying the stress response of the human body: A dynamic modeling approach
İnsan vücudunun strese tepkisini oluşturan biyolojik altsistemlerin etkileşimleri: Bir dinamik modelleme yaklaşımı
GİZEM AKTAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAMAN BARLAS
- Nanoparçacık terapi yaklaşımlarının meme kanser mekanistiği üzerindeki etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of nanoparticle therapy approaches on breast cancer mechanics
BETÜL ÜZÜLMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiKonya Gıda ve Tarım ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLCİHAN GÜLSEREN
- O-asetilpeptidoglukan esteraz (APE1) enziminin tepkime mekanizmasının ın silico yöntemlerle aydınlatılması
Elucidation of reaction mechanism of APE1 enzyme with in silico methods
ZEYNEP AKSAKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURCAN TÜZÜN
PROF. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- Modeling of dynamic systems and nonlinear system identification
Dinamik sistemlerin modellenmesi ve doğrusal olmayan sistemlerin tanılanması
MASOUD ABEDINIFAR
Doktora
İngilizce
2023
Mekatronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENİZ ERTUĞRUL