Türkiye'de izole edilen L. tropica suşlarının 'Multilocus microsatellit typing' (MLMT) yöntemi ile epidemiyolojik analizi
Epidemiological analysis of L. tropica strains isolated from Turkey using multilocus microsatellite typing (MLMT) method
- Tez No: 420500
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SAMİYE DEMİR, PROF. DR. YUSUF ÖZBEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Parazitoloji, Parasitology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Türkiye, Asya ve Avrupa arasında bağlantı noktası olması ve yedi farklı coğrafi bölge içermesi nedeniyle vektörlerle bulaşan enfeksiyon hastalıklarının epidemiyolojisi açısından önemli bir coğrafi konuma sahiptir. Klinik olarak kutanöz, visseral ve mukokutanöz şeklinde ayrılan leishmaniasis, Dünya'nın en önemli 6 tropikal hastalığı arasında yer almaktadır. Leishmaniasis etkenleri Leishmania cinsinde yer alan protozoon parazitlerdir. Leishmaniasis etken parazitin türüne bağlı olarak antroponotik ve zoonotik tipte görülmektedir. Türkiye'de Antroponotik Kutanöz Leishmaniasis (AKL) başta Güneydoğu Anadolu Bölgesi olmak üzere, Batı Anadolu ve Akdeniz Bölgesi'nin doğusunda yaygın olarak bildirilmekte ve etken olarak da sıklıkla genetik açıdan oldukça heterojen olduğu bilinen Leishmania tropica saptanmaktadır. Türkiye'de leishmaniasis modern moleküler yöntemlerle henüz yeteri kadar çalışılmamıştır ve hastalığın endemik olduğu diğer ülkelerle karşılaştırıldığında bilgi konusunda önemli eksiklikler bulunmaktadır. Leishmaniasis epidemiyolojisinde karşılaşılan problemlerin ve değişikliklerin ortaya çıkarılmasında, yaygın olarak kullanılan“microsatellit marker”lar parazit farklılaşmasını izlemek açısından önemlidir. Bu nedenle Türkiye'nin çeşitli illerinden izole edilmiş toplam 33 izolat ve Türkiye'de bulunan Suriyeli mültecilerden izole edilmiş 5 adet izolat çalışma kapsamındaki 12 özgül mikrosatellite markır kullanılarak moleküler yapısı bakımından incelenmiştir. Elde edilen spesifik sinyaller kullanılarak popülasyon içi ve arası farklılıklar, kısa tekrarların belirlenmesi ile ortaya konmuştur. Farklı genetik popülasyonların tanımlanması ile ülkemizde Ege ve Güneydoğu izolatları arasındaki belirgin farklılık ortaya konulmuştur. Bayesian Cluster yöntemi kullanılarak yapılan STRUCTURE analizi sonrasında Şanlıurfa kökenli izolatların, Aydın ve Manisa kökenli izolatlardan tamamen farklı bir genetik yapıda olduğu belirlenmiştir. Çalışma kapsamındaki Aydın kökenli izolatların LIST7010 bölgesine sahip olmadığı gözlenmiş ve bunun coğrafi engel sonucu ortaya çıkmış bir farklılaşma olduğu sonucuna varılmıştır. Bu farklılık küçük ölçekte Aydın, Manisa ve Şanlıurfa izolatlarından ayrılmasına sebep olmakla birlikte ayrı bir sub-popülasyon yapısını da ortaya koymaktadır. Çalışma kapsamında bulunan visseral leishmaniasis hastasından izole edilmiş Manisa kökenli L. tropica izolatı ise diğer Aydın kökenli izolatlardan hiçbir markır açısından farklılık göstermediği belirlenmiştir. Bu tez çalışması ile L. tropica izolatlarının genetik varyasyonlarının ve popülasyon yapısının ortaya konmasında önemli veriler sağlanmıştır. İzolatlar arasındaki gen akışının ve popülasyon yapılarının belirlenmesi ile hastalığın coğrafi dağılımı ve epidemiyolojik çalışmalar için de önemli veriler elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Turkey has an important geographic location by being the link between Asia and Europe in terms of epidemiology and infectious vector-borne diseases. Leishmaniasis is classified as cutaneous, visceral and mucocutaneous by clinically and it is among the world's six major tropical diseases. The causative agent of leishmaniasis is a protozoon parasite belongs to Leishmania genus. Depending on the type of causative agent, leishmaniasis can be antroponotic and zoonotic. In Turkey, Antroponotic Cutaneous Leishmaniasis (ACL) particularly reported in Southeastern Anatolia and east of the Mediterranean region and the causative agent is Leishmania tropica, which is known as highly heterogeneous in genetical terms. Leishmaniasis agents, especially L. tropica, in Turkey has not been studied enough yet by modern molecular techniques and there are signifficant gaps in the knowledge compared to other countries where the disease is endemic. To reveal changes and the problems encountered in epidemiology of leishmaniasis, Multilocus Microsatellite Typing (MLMT) is an important tool to monitor the parasite differentiation. Therefore 33 strains isolated from different parts of Turkey and 5 imported strains from Syrian refugees were studied using 12 highly specific microsatellite markers to reveal the genetical structure of Leishmania tropica. Specific peak signals of these strains were used to identify intra and inter population diversity by using short tandem repeats. With the identification of different genetical populations, significant differences between Aegean and Southeastern strains were demonstrated. Four main population structure were revealed in this study and Syrian strains were found highly similar (99%) to those isolated from Şanlıurfa while they totally differs from Aydın strains. Aydın strains were failed to amplify the LIST7010 region and that makes these strains differs from others in minor level. One of strains that isolated from visceral leishmaniasis patient from Manisa does not show any differences compared to Aydın strains that isolated from cutaneous leishmaniasis patients. The data obtained from this study will help to demonstrate the genetical structure of the disease and to improve the treatment methods. Determining the gene flow and differences among strains will provide important data to the geographical distribution of the disease.
Benzer Tezler
- Leishmania RNA virüs pozitif ve negatif suşların transkriptomik analizi ile farklı ifade edilen genlerin değerlendirilmesi
Evaluation of differently expressed genes by transcriptomic analysis of Leishmania RNA virus positive and negative strains
MUHAMMED NALÇACI
Doktora
Türkçe
2024
ParazitolojiEge ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET MERMER
PROF. DR. SERAY TÖZ
- Kütanöz leishmaniasis etmeni l.tropica'dan izole edilen lpg molekülüne karşı hibridoma teknolojisine dayalı monoklonal antikorların büyük ölçek üretilmesi ve saflaştırılması
Large scale production and purification of monoclonal antibodies based on hybridoma technology against lpg molecular from l.tropica, causative agent of cutaneous leishmaniasis
HİLAL ŞENTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADIL ALLAHVERDIYEV
- Leishmania tropica parazitlerinden elde edilen immünojen moleküllere karşı tanıda kullanılmak üzere hibridoma teknolojisine dayalı antikor üretilmesi
Generation of hybridoma technology based antibodies against immunogen molecules isolated from leishmania tropica parasites in order to use in diagnosis
ASLI PINAR ZORBA
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADİL ALLAHVERDİYEV
DR. EMRAH ŞEFİK ABAMOR
- Muğla yöresi köpeklerinde leishmania türlerinin moleküler ve serolojik olarak belirlenmesi
Molecular and serologic detection of leishmania species in dogs in Muğla province
ALİ DİNÇ TOPÇUOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
ParazitolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERKAN BAKIRCI
- Visseral leishmaniasis etmeni Leishmania infantum antijenine karşı hibridoma tekniği ile monoklonal antikor elde edilmesi
Monoclonal antibody production with hybridoma technique against the antigen of Leishmania infantum, causative agent of visceral leishmaniasis
SERKAN YAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MELAHAT BAĞIROVA