Toplum kaynaklı deri ve yumuşak doku infeksiyonlarından izole edilen staphylococcus aureus suşlarında, meca geni, panton-valentıne lökosidin geni varlığının ve sccmec gen kaseti tiplerinin incelenmesi, izolatların genotipik özelliklerinin pfge yöntemi ile belirlenmesi
The analysis of meca gene, panton-valentine leukocidin gene existence and sccmec gene cassette types in the staphylococcus aureus strains isolated from community originated infections of skin or sotf tissue
- Tez No: 421853
- Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK ÇOLAK
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 124
Özet
Metisiline dirençli Staphylococcus aureus, dünyada hastane infeksiyonlarının önde gelen nedenlerinden biridir. Son zamanlarda toplumda, risk faktörü olmayan sağlıklı bireylerde de MRSA infeksiyonları bildirilmektedir. MRSA infeksiyonlarının anlaşılmasında izolatların genotipik özelliklerinin, direnç ve vürulans genlerinin belirlenmesi büyük yarar sağlamaktadır. Elde edilen sonuçlar hem farklı coğrafyalardaki MRSA izolatlarının karşılaştırılması, hem de aynı bölgede takibeden yıllardaki değişimlerin gözlenmesi açısından önemlidir. Bu çalışmada, Antalya'da hastane ve toplum kaynaklı deri ve yumuşak doku infeksiyonlarından izole edilen ve fenotipik olarak MRSA olduğu bilinen suşlarda nuc, mecA, PVL genlerinin ve SCCmec gen kaseti tiplerinin araştırılarak, PFGE ile tiplendirme yapılması ve sonuçta izolatların genotipik özelliklerinin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi polikliniklerine, deri ve yumuşak doku infeksiyonu nedeniyle başvuran hastalardan izole edilen ve inceleme sonucunda, 26'sı HK-MRSA ve 4'ü TK-MRSA olarak tanımlanan toplam 30 MRSA suşunda antibiyotik direnç fenotipleri belirlenmiş, nuc, mecA, PVL geni varlığı ve SCCmec gen kaset tipleri PZR yöntemi ile; suşların klonal özellikleri ise PFGE yöntemi ile araştırılmıştır. HK-MRSA ve TK-MRSA izolatlarında sülfametoksazol/trimetoprim, linezolid ve vankomisine direnç saptanmazken, rifampin, klindamisin, eritromisin, siprofloksasin ve gentamisin direnç oranları sırası ile; %84.0, %25.0; %30.0, %0.0; %50.0, %50.0; %84.0, %50.0; %84.0, %50.0 olarak belirlenmiştir. İncelenen suşların hepsinde nuc ve mecA geni saptanmıştır. PVL gen pozitifliği TK-MRSA izolatlarında %50, HK-MRSA izolatlarında %0, toplamda ise %6.7 olarak bulunmuştur. HK-MRSA izolatlarının %88.4'ünde SCCmec tip III bulunmuş, 3 izolat (%11.6) kullandığımız yöntemle tiplendirilememiştir. TK-MRSA izolatlarının ise %75'inde SCCmec tip IV, %25'inde SCCmec tip III saptanmıştır. İzolatların PFGE analizinde 17 farklı genotip belirlenmiş; HK-MRSA izolatları arasında identik ve yakın ilişkili suşlar da bulunurken 2 adet TK-MRSA izolatının yakın ilişkili olduğu saptanmıştır. Bu çalışma bölgemizde MRSA izolatlarının genotipik özelliklerinin araştırıldığı ilk çalışmadır. HK-MRSA izolatlarında SCCmec tip III ve TK-MRSA izolatlarında ise SCCmec tip IV beklenildiği şekilde yüksek oranlarda saptanmıştır. Benzer olarak PVL genleri de TK-MRSA izolatlarından elde edilmiştir. Hastanemizde ve bölgemizde identik ya da yakın ilişkili MRSA klonları ile birlikte, tamamen farklı klonlar da bulunmaktadır. Prospektif olarak planlanacak araştırmalarla hem hastanemizdeki hem de bölgemizdeki toplumda bulunan MRSA izolatlarının genotipik, direnç ve virulans özelliklerinin moleküler yöntemlerle incelenmesi daha ayrıntılı bilgilere ulaşmamızı sağlayacaktır. Sunulan çalışma, bu tip çalışmalar için yol gösterici olmuştur.
Özet (Çeviri)
Methicillin resistant Staphylococcus aureus is one of the most important reasons of the infections in hospitals all over the world. Recently MRSA infections have been found even in the healthy persons with no risks in society. The genotypic features of isolates and identification of the resistance and virullence genes is very beneficial in understanding the MRSA infections. The information acquired has a vital importance in terms of both comparing MRSA isolates from different environments and observing the change in the same region over the years. The aim of this study, by analyzing nuc, mecA, PVL genes and SCCmec gene cassette types isolated from nosocomial and community acquired infections of skin and soft tissue in Antalya and known phenotypically as MRSA, is to make classifications with PFGE and in the end to reveal the genotypic features of isolates. Antibiotic resistant phenotypes has been identified in the strain of 30 MRSA in total which was isolated from the patients that consulted to the clinics of Akdeniz University Medical Faculty Hospital due to the infection of skin and soft tissue and identified as a result of analysis that 26 of them are HA-MRSA and 4 of them are CA-MRSA, and nuc,mecA, PVL genes and SCCmec gene cassette types has been analyzed with PCR method and the clonal features of the strains have been analyzed with PFGE method. While no resistance to sulfametoksazol/trimetoprim, linezolid and vancomycin is observed in the HA-MRSA and CA-MRSA isolates, the resistance to rifampicin, clindamycin, erythromycin, ciprofloxacin and gentamicin is determined as respectively, 84.0%, 25.0%, 30.0%, 0.0%, 50.0%, 50.0%, 84.0%, 50.0%, 84.0%, 50.0%; %0.0, %0.0. nuc and mecA genes are detected in all analyzed strains. PVL gene positivity has been found 50.0% in CA-MRSA isolates, 0.0% in HA-MRSA isolates and 6.7% in total. SCCmec type III has been found in the 88.4% of HA-MRSA isolates and 3 isolates (11.6%) cannot be classified with the method we used. SCCmec type IV has been found in the 75% and SCCmec type III in 25% CA-MRSA isolates. Seventeen different genotypes have been detected in the PFGE analysis of the isolates and also it is observed that there are identical and closely related strains in HA-MRSA isolates and 2 closely related TK-MRSA isolates has been found. This is the first study that has been analyzed the genotypic features of the MRSA isolates in our region. SCCmec type III in HA-MRSA isolates and SCCmec type IV in CA-MRSA isolates have been found with high percentage as expected. Similarly, PVL genes also have been detected from CA-MRSA. Along with MRSA clones which are identical and related in our hospital and in our region, there are also clones which has completely different clonal features. With the studies that will be planned prospectively, observations on the genotypic resistance and virullence features of MRSA isolates that exist in both our hospital and our region with molecular methods will provide us more detailed information. The study presented has been a guiding research for this kind of observations.
Benzer Tezler
- Deri ve yumuşak doku enfeksiyonu etkeni olan toplum ve hastane kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarının antimikrobiyal duyarlılık durumlarının ve panton valentıne leukocıdın toksini sıklığının araştırılması
Investigation of panton valentine leukocidin toxin frequency and antimicrobial susceptibilities of community and hospital acquired staphylococcus aureus isolates related with skin and soft tissue infections
TÜLİN DEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
MikrobiyolojiSağlık BakanlığıTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. NİLAY ÇÖPLÜ
- Hastane ve toplum kaynaklı Staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin real-time PZR yöntemi ile araştırılması
Investigation of various virulence factors among the hospital-acquired and community-acquired Staphylococcus aureus isolates by real-time-PCR method.
SONER YILMAZ
- Yaşlılarda toplum kaynaklı enfeksiyonların irdelenmesi
Examination of community-acquired infections in the elderly summary
TUĞBA ÇELİKDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıTrakya ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSNÜYE FİGEN KULOĞLU
- Staphylococcus aureus suşlarının PFGE (pulsed field jel elektroforez) tekniğiyle moleküler ilişkilendirilmesi
Molecular association of Staphylococcus aureus strains by PFGE (pulsed field gel electrophoresis) technique
GÖKSEL TEKİNASLAN
- Klinik örneklerden soyutlanan staphylococcus aureus suşlarında makrolid grubu antibiyotiklere direnç mekanizmalarının araştırılması
Investigation of macrolide resistance mechanisms among clinical isolates of staphylococcus aureus
DENİZ GÜNEŞER
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. BURAK AKSU