Neotinea ustulata ve Neotinea tridentata (Orchidaceae) türlerinin filogenetik analizleri üzerine çalışmalar
Studies on phylogenetic analysis of Neotinea ustulata and Neotinea tridentata (Orchidaceae)
- Tez No: 424135
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Çalışmanın amacı: Avrupa ve Anadolu'nun, Akdeniz ve Akdeniz dışı bölgelerinde yayılış gösteren yakın ilişkili Neotinea tridentata (Scop.) R.M.Bateman, Pridgeon & M.W.Chase ve Neotinea ustulata (L.) R.M.Bateman, Pridgeon & M.W.Chase türlerinin nrITS ve accD–psaI DNA dizileri kullanılarak (i) filogenetik yapılarının incelenmesi, (ii) ribotip farklılıklarının test edilmesi, (iii) coğrafi olarak genetik farklılıklara sahip olma durumlarının ortaya çıkarılması ve (iv) iki tür arasında yaşanmış tarihsel bir melezleşme olayının, tartışılmasıdır. N. tridentata ve N. ustulata türlerine ait taze yapraklar Türkiye, Yunanistan, Macaristan, Hırvatistan, Bulgaristan, Çek Cumhuriyeti ve Romanya'dan 2012 – 2014 yılları arasında toplanarak DNA izolasyonu yapılmıştır. Primer çiftleri ile nrITS ve accD–psaI bölgeleri Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile çoğaltılmış ve nükleotid dizilişleri ortaya çıkarılmıştır. Genomik ve plastid DNA dizileri Basic Local Search Alignment Tool ile veri bankalarındaki mevcut diziler ile karşılaştırılmıştır. Maximum Likelihood, Maximum Parsimony ve Bayesian Posterior Probability algoritmaları kullanılarak filogenetik ağaçlar çizilmiştir. Ağaçlarda Anadolu ve Avrupa yayılışlı N. tridentata bireyleri farklı kladlara yerleşirken, Anadolu yayılışlı N. tridentata bireyleri ile Avrupa yayılışlı N. ustulata bireyleri aynı klad içerisine yerleşmiştir. Ayrıca bazı Anadolu yayılışlı N. tridentata bireylerinde heterozigoti görülmüştür. Bu sonuçlar Anadolu kaynaklı N. tridentata bireylerinin N. ustulata türü ile bir melezlenme geçmişinin olduğunu göstermektedir. Melezlenme sürecini daha detaylı anlayabilmek ve moleküler tarihleme çalışmaları için bu türlerin tam plastid genomunun dizilenmesini tavsiye etmekteyiz.
Özet (Çeviri)
The aims of this thesis research are: (i) check phylogenetic structure, (ii) discuss having identical ribotypes, (iii) conclusion of geographic ribotype variations and (iv) reveal the hybridisation possibility of closely related orchids, Neotinea tridentata (Scop.) R.M.Bateman, Pridgeon & M.W.Chase and Neotinea ustulata (L.) R.M.Bateman, Pridgeon & M.W.Chase, spread in the Anatolian and extra–Anatolian regions based on the genomic (nrITS) and plastid (accD–psaI) DNA sequences. Fresh leaves of N. tridentata and N. ustulata from various countries, including Turkey, Greece, Italy, Hungary, Croatia, Bulgaria, Czech Republic and Romania, collected in 2012–2014 and DNA samples were isolated using the CTAB method. nrITS and accD–psaI regions were amplified and then sequenced. We conducted phylogenetic analysis for a data set consisting of genomic and plastid sequences and related sequences obtained from BLAST search against plant genomic databases using Maximum Likelihood (ML), Maximum Parsimony (MP) and Bayesian Posterior Probability (BPP) methods. Results show that the Anatolian and European N. tridentata individuals are distributed on different clades of the phylogenetic tree. Moreover, Anatolia distributed N. tridentata individuals are placed on same clade with N. ustulata. Additionally, some Anatolian N. tridentata individuals showed heterozygoty. Therefore we infer that Anatolia originated N. tridentata and European N. ustulata shares a hybridisation history. Comparative phylogenetic trees gathered from the sequences of biparental and maternally inherited regions provide valuable data to detect hybridisation. However, increase our understanding of the hybridisation process and further molecular clock studies, we suggest sequencing whole plastid genome of these species.
Benzer Tezler
- Kahramanmaraş bölgesinde yetişen bazı orkide türlerinin mikorizalarının izolasyonu ve tanımlanması
Isolation and identification of mycorrhizal fungi of some orchids species grown in the Kahramanmaras region
ALAADDİN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERMİN AKINCI
- Aynı habitatı paylaşan orkideler arasındaki mikorizal ilişkiler ve simbiyotik tohum çimlenmesi
Mycorrhizal relationships and symbiotic seed germination among orchids co-located in the same habitat
INES HARZLI
Doktora
Türkçe
2024
BotanikOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YASEMİN ÖZDENER KÖMPE
- Çanakkale çevresinde yayılış gösteren bazı salep orkidelerinin farklı besin ortamlarında in vitro çoğaltımı
In vitro propagation of some salep orchids in different growth mediums which spread in canakkale surrounding
YASEMİN KEMEÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CÜNEYT AKI
- Kazdağları'nda yetişen Orchidaceae familyası bitkileri üzerinde morfolojik ve korolojik araştırmalar
Morphological and chorological studies on the orchids growing in Kazdağları (Ida Mountains)
NECMETTİN GÜLER
Doktora
Türkçe
2005
BiyolojiTrakya ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKSEL OLGUN
PROF. DR. EKREM SEZİK