Molecular phylogenetic analysis of actinomycetes isolated from sediments of Aegean Sea
Ege Denizi sedimanlarından izole edilen aktinomisetlerin moleküler filogenetik analizi
- Tez No: 427946
- Danışmanlar: PROF. DR. NİHAYET BİZSEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Deniz Bilimleri, Genetik, Mikrobiyoloji, Marine Science, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 201
Özet
Aktinomisetler yüksek çeşitlilik ve sekonder metabolit üretimi bakımından önemli bakterilerdir. Karasal aktinomiset keşifleri son yıllarda azaldığından denizsel alanlar araştırmalara açılmıştır. Türkiye denizsel alanlardaki filogenetik araştırmalara ihtiyaca dayalı bu çalışmada, aktinomisetlerin Ege Denizi sedimanlarından izolasyonu yedi farklı sediman işleme metodu ve altı antibiyotikli veya antibiyotiksiz iki izolasyon ortamı kullanılarak başarılmıştır. Morfolojik özellikler ve fizyolojik testler onüç suşun birbirinden farklı olduğunu göstermiştir. Bunların 16S rRNA gen sekansları GenBank'a deposit edilmiş olup erişim numaraları elde edilmiştir. Filogenetik analizlere göre, bunlardan birinin Nocardiopsis ve diğerlerinin Streptomyces cinslerine ait olduğu ve ayrıca bir Streptomyces suşunun yeni tür olmaya aday olduğu gösterilmiştir. Ayrıca, çalışma alanının su kolonu sıcaklık, tuzluluk, yoğunluk, pH, çözünmüş oksijen, toplam askıda katı madde, klorofil a, reaktif silikon, nitrit, nitrat, fosfat ve sediman örneklerinin toplam ve organik karbon, azot, fosfor içeriği ile dane boyunu kapsayan fizikokimyasal verileri de analiz edilmiş ve Ege Denizi'nin karakteristik özelliklerini gösterdiği saptanmıştır. Bütün bu biyojeokimyasal data birleştirilip kendi yeni çalışmalarımız ve Doğu Akdeniz'de yapılmış olan önceki araştırmalarla karşılaştırıldığında bu çalışma alanının yüksek bakteri çeşitliliği için Ege Denizi'nin kıyısal ve dip sedimanlarına nazaran optimum çevresel koşullar taşıdığı gösterilmiş ve ayrıca bakteri karakteristiği üzerinde jeografik ve çevresel etkilerin olduğu aktinomisetlerin enzimatik aktiviteleri ile desteklenmiştir.
Özet (Çeviri)
Actinomycetes are very important due to their high diversity and production of secondary metabolites. Since discovery from terrestrial actinomycetes has declined recently, marine environment has been opened to research area. Based on the need for phylogenetic research in Turkish marine environments, in this study, the isolation of actinomycetes from sediments of Aegean Sea was succeeded using seven sediment processing methods and two media with or without six antibiotics. Morphological characteristics and physiological tests showed that those thirteen strains were different from each other. Their partial 16S rRNA gene sequences were deposited to GenBank and accession numbers were obtained. According to phylogenetic analysis, it was shown that one of them belonged to the genus Nocardiopsis and the rest to the genus Streptomyces and also one of the Streptomyces strains was thought as the candidate of new taxa. Furthermore, the physicochemical data of the study area including temperature, salinity, density, pH, dissolved oxygen, total suspended solids, chlorophyll α, reactive silicon, nitrite, nitrate, phosphate of water column, total and organic carbon, nitrogen, phosphorus contents, grain size of sediments were analyzed and it was found that the study area showed the characteristics of Aegean Sea. When all biogeochemical data was combined and also compared to our present studies and previous research in Eastern Mediterranean Sea, it was indicated that the study area had optimum environmental conditions for high bacterial diversity rather than coastal sediments and deep-basins of Aegean Sea and also geographical and environmental effects on bacterial characteristics was supported by the enzymatic activities of actinomycetes.
Benzer Tezler
- Halofilik ve halotolerant aktinomisetlerin izolasyonu, karakterizasyonu, NRPS ve PKS Gen kümelerinin moleküler tanımlanması
Isolation, characterization of halophilic and halotolerant actinomycetes and molecular identification of their NRPS and PKS Gene clusters
DEMET TATAR
- Doğu Karadeniz Bölgesi yayla topraklarından farklı aktinomiset izolatlarının 16s rdna gen bölgesine dayalı filogenetik analizleri
Phylogenetic analysis of 16s rdna gene region of different actinomycetes strains isolated from east Black Sea Region plateau soil
TALHA GENÇBAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAMİL IŞIK
- Süleymaniye (Irak) topraklarından streptomyces bakterılerının izolasyonu, teşhisi ve molecüler karakterisazyonu
Selective isolation, identification and molecular characterization of streptomyces species from soil of Sulaimani province, north of Iraq
MIRAN HUSSEIN QADIR QADIR
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
MikrobiyolojiBingöl ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM ATALAN
- Farklı habitatlardan izole edilen Actinomadura, Micromonospora, Nocardia ve Streptomyces suşlarının moleküler taksonomisi
Molecular taxonomy of Actinomadura, Micromonospora, Nocardia and Streptomyces strains isolated from different habitats
ELİF ÇİL
- Burgazada, Büyükada, Heybeliada ve Kınalıada topraklarından aktinomiset izolasyonları ve moleküler tiplendirilmeleri
Isolated of actinomycetes from Burgazada, Buyukada, Heybeliada and Kinaliada, and molecular identification
SALİH SARICAOĞLU