SIK2'nin ER stresine bağlı muhtemel ER yerleşik substratlarının araştırılması
Investigation of ER-stress-dependent possible SIK2 substrates localized on endoplasmic reticulum
- Tez No: 432913
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FERRUH ÖZCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 73
Özet
Endoplazmik retikulum (ER) salgı ve membran proteinlerinin sentezi için özelleşmişdir, ayrıca lipid ve kolestrol sentezi ile kalsiyum homeostazında da kritik bir rol oynamaktadır. ER'nin sentez, katlanma ve salgı gibi temel fonksiyonlarında bir aksama meydana geldiğinde ER stres tetiklenmektedir. ER homeostazisinin bozulması uyarlanabilir bir hücre cevabı olan Katlanmamış Protein Cevabı (UPR)'nı tetiklemektedir. UPR 3 farklı transmembran protein olan IRE1, PERK ve ATF6 yardımıyla ER homeostazisini yeniden düzenleyebilmektedir. Normal fizyolojik durumlarda, 3 sensör protein de lümenal kısımda BiP ile bağlı bir şekilde inaktif halde bulunmaktadır. ER lümeninde katlanmamış proteinlerin birikimi ile hidrofobik rezidülerin konsantrasyonu artmaktadır ve UPR sensörleri ile bu rezidüler arasında BiP'e bağlanmak için yarış başlamaktadır. Böylece IRE1 ve PERK oligomerizasyon yolu ile ATF6 ise golgiye taşınarak aktif hale geçmektedir. ER stresine cevap olarak PERK ve IRE1 katlanma kapasitesini arttırıp, ER şaperon ve foldazlarını upregüle etmekte ve ER ribozomuna düşük sentez yükü sağlamaktadır. Stres durumunda UPR'nin başarısız olması sonucu mitokondriyel apoptotik yolak aktive olmaktadır. Bir AMPK benzeri kinaz olan SIK2; hücresel metabolizma, kanser, nöronal hayatta kalma, inflamasyon, adipogenez ve mitozun başlaması gibi biyolojik süreçlerin düzenlenmesinde rol oynamaktadır. Son çalışmalarda; SIK2'nin ERAD (ER ilişkili protein yıkımı) ve otofajinin kontrolüyle de ilşkili olduğu, bunu p97/ VCP'nin ve henüz tespit edilememiş efektör moleküllerin aktivitelerinin upregülasyonu ile sağladığı gösterilmiştir. Bu yeni sonuçları temel alarak, ER stres altında SIK2'nin özgün veya tahmin edilebilir fonksiyonları ile bağlantılı muhtemel ER yerleşik substratların ve ER subproteomunda meydana gelen geçici değişimlerin incelenmesi için 2D SDS PAGE temelli bir tarama prosedürü başlatılmıştır.
Özet (Çeviri)
Endoplasmic Reticulum, a specialized compartment for the synthesis of secretory and membrane proteins, play critical roles in lipid and cholesterol synthesis and calsium homeostasis. ER stress is induced when its major biological functions including synthesis, folding and secretory functions are impeded. Abrogation of ER homeostatis triggers an adaptive cellular response so called unfolded protein response (UPR) through the three transmembran sensor proteins IRE-1, PERK, and ATF-6 to restore ER homeostasis. At normal physiologic conditions all three sensor proteins stay in their dormant inactive state by having BiP bound to their luminal domains. Accumulation of unfolded proteins in ER lumen increases local concentration of hydrophobic residues competing out the UPR sensors for BiP binding which in turn leads to activation of IRE1 and Protein kinase RNA-like ER kinase PERK by assuming their oligomerization states and ATF-6 by its deployment to Golgi. In response ER stress PERK and IRE1 ensures marginally low synthetic load on ER ribosome while increasing the folding capacity and accuracy by upregulating ER chaperons and foldases, respectively. The failure of the UPR system to adapt stress conditions inherently activates mitochondrial apoptotic pathway. An AMPK like kinase SIK2 is involved in the regulation of various biological processes including cellular metabolism, cancer, neuronal survival, inflammation, adipogenesis, and initiation of mitosis. In addition SIK2 has been recently implicated in the control of ER associated protein degredation ERAD and autophagy by upregulating the activitiy of VCP/p97 and an unknown effector molecule which is yet to be identified respectively. Based on these new findings we initiated a 2-D SDS-PAGE based screening procedure for unrevaealing the possible ER localized substrates and probing the transient alteration in ER subproteom related to novel and the predicted functions of SIK2 under ER stress conditions.
Benzer Tezler
- Investigating the role of SIK2 in hypothalamic POMC like neurons
SIK2ꞌnin hipotalamik POMC benzeri nöronlardaki rolünün araştırılması
AYŞE YAZICI
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERRUH ÖZCAN
- The reciprocal interaction between CHİP and SIK2 may form a regulatory switch in unfolded protein response signaling.
SIKk2 ve CHIP'in karşılıklı etkileşimi katlanmamış protein cevabı sinyal iletiminde düzenleyici bir anahtar görevi görüyor olabilir
ŞEBNEM ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
GenetikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FERRUH ÖZCAN
- Endoplazmik retikulum stresinin SIK2 yolağı üzerindeki etkisi
Effects of endoplasmic reticulum stress on SIK2 pathway
ZİHNİ ONUR ÇALIŞKANER
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
GenetikGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FERRUH ÖZCAN
- The effects of SIK2 on human adipocyte secretome under ER stress condition
SIK2'nin ER stres koşulları altında insan yağ hücresi sekretomuna etkisi
NAZLI ERTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FERRUH ÖZCAN
- Thapsigargin ve Compound c'nin 3T3-L1 öncül adiposit farklılaşmasının erken mitotik klonal genişleme safhasına etkisi
The effect of Thapsigargin and Compound c on mitotic clonal expansion stage of 3T3-L1 preadipocytes differentiation
FEHİME ŞEYMA ÖZEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FERRUH ÖZCAN