Neurogenic transcription factor control of store-operated calcium entry in cortical neurons
Nörojenik yazılım faktörünün kortikal nöronlardaki depo-işletimli kalsiyum girişi üzerindeki kontrolü
- Tez No: 435862
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Bazik heliks-lup-heliks yazılım faktörü familyasından olan Neurogenic differentiation factor 2 (NEUROD2) yazılım faktörü, beyin gelişiminde önemli bir role sahiptir. NEUROD2, kalsiyum bağlanmasıyla, yazılım faktörü rolünü gerçekleştirir ve nöron oluşumuna öncülük eder. Laboratuvarımızdaki çalışmalar NEUROD2'nin genomda hangi genleri hedef aldığını saptamıştır. Bu hedef genler arasında yer alan Stim1 en yüksek skorlardan birine sahiptir. Tezim üç ana kısımdan oluşmaktadır. İlk kısımda, NEUROD2'nin kalsiyum sinyalinde rol aldığı bilinen hedef genleri üzerindeki etkisini inceledim. NEUROD2'nin Ca2+ / Calmodulin dependent protein kinase (CaMK) metabolic yolunda bulunan birkaç geni hedef aldığını buldum. Ayrıca Neurod2 seviyesini baskılamanın bu genlerin anlatımı üzerinde bir etkisi olup olmadığını inceledim. İkinci kısımda, özellikle NEUROD2'nin Stim1adlı hedef genine odaklandım. NEUROD2'nin Stim1 geninin intronunda bulunan korunmuş bir sekansa bağlandığını bulduk. Ayrıca NEUROD2 seviyesini baskılamanın STIM1'de protein ve mRNA seviyesinde artışa yol açtığını gözlemledik. STIM1 ER'daki kalsiyum iyonu seviyesini algılayan bir protein olduğundan, ben NEUROD2'nin store-operated calcium entry (SOCE) üzerindeki görevini inceledim. Neurod2 seviyesini baskılamanın nöronlarda SOCE'yi arttırdığını ve bu artışın shRNA dirençli bir Neurod2 ile kurtarıldığını gözlemledim. Son kısımda, NEUROD2 üzerinde olası bir control mekanizmasını çalıştım NEUROD2'nin sitoplazma ve çekirdekte bulunduğunu gözlemledim. Ayrıca, sitoplazmadaki NEUROD2'nin moleküler ağırlığı normalden daha fazla olan bir formu olduğunu gözlemledim. Bu ağır form büyük bir olasılıkla bir çevirim sonrası değişim (ÇSD) olayını göstermektedir. Bu ÇSD'nin SUMO olup olmadığını test ettim, fakat sonuçlarım bir kanıya varmak için yetersizdi. Özet olarak, sonuçlarım NEUROD2'nin genel bir nöronal kalsiyum sinyali regülatörü olduğunu göstermektedir. Gelecek deneyler NEUROD2'nin SOCE'yi nasıl etkilediğini bulmaya yoğunlaşacaktır.
Özet (Çeviri)
Neurogenic differentiation factor 2 (NEUROD2) transcription factor, a member of basic helix-loop-helix transcription factors, is a factor with essential roles in brain development. Upon calcium binding, NEUROD2 mediates its transcriptional role and promotes neurogenesis. Studies performed in our laboratory have identified genes that are targeted by NEUROD2, and verified that Stim1 gene is among the top targets of NEUROD2. My thesis is composed of three major parts. In the first part, I investigated the effect of NEUROD2 on its targets with known functions in calcium signaling. Specifically, I found NEUROD2 targets several genes present in Ca2+ / Calmodulin-dependent protein kinase (CaMK) pathway. Also, I investigated whether a suppression of Neurod2 expression causes defects in the transcription of its targets. In the second part, I focused on one specific target of NEUROD2 called Stim1. We confirmed NEUROD2 binding to a conserved sequence within the second intron of Stim1. Further, a suppression of Neurod2 expression by shRNA transfection was associated with upregulation of STIM1 protein and mRNA levels. Since STIM1 is a sensor of ER Ca2+ levels, I investigated the role of NEUROD2 in store operated Ca2+ entry (SOCE). I demonstrated that knockdown of Neurod2 caused an upregulation of neuronal SOCE, which was rescued by expression of shRNA-resistant form of Neurod2. In the last part of my experiments, I studied a potential regulatory mechanism of NEUROD2 activity. I demonstrated that NEUROD2 is composed of cytosolic and nuclear fractions. Further, the cytoplasmic fraction was associated with a higher molecular weight NEUROD2, most likely representing a post-translational modification (PTM). I tested whether this PTM was a SUMO moiety, however my results were inconclusive. Taken together, my results suggest that NEUROD2 acts as a general regulator of neuronal calcium signaling. Future experiments will focus on identifying specific mechanisms of how NEUROD2 influences SOCE.
Benzer Tezler
- Transcriptional control of Stim1 gene by transcription factor NEUROD2
Stim1 geninin transkripsiyon faktörü NEUROD2 tarafından transkripsiyonel kontrolü
FATMA SADİFE İŞLEYEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN
- Control of gene expression and cytoskeleton in migrating neurons during cerebral cortex development
Başlık çevirisi yok
CANSU AKKAYA
Doktora
İngilizce
2020
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN
- Identification of gene targets of transcription factor NeuroD2
Transkripsiyon faktörü NeuroD2'nin hedef genlerinin bulunması
GÜLCAN SEMRA ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN
- Genome-wide target analysis of NEUROD2 transcription factor reveals potential roles in cortical migration and layer formation
NEUROD2 yazılım faktörü'nün genom hedef analizi kortikal göç ve tabaka oluşumundaki potansiyel rolleri ortaya çıkarır
GİZEM GÜZELSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN
- In vitro functional analysis of Sry related transcription factor Sox11 in adult neurogenesis
Sry ilişkili transkripsyon faktörü Sox11?in erişkin nörojenezdeki rolünün hücre kültüründe araştırılması
MERVE GÜVENLİOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ