Notable decrease in transcriptome conservation during mammalian aging
Memeli yaşlanması esnasında transkriptom korunmasında meydana gelen önemli azalış
- Tez No: 441954
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biostatistics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 108
Özet
Yaşlanma, canlının üreme kapasitesinin ve hayatta kalma şansının azalmasına sebep olan oldukça kompleks bir süreçtir. Uyum başarısını azaltma eğiliminde olmasına rağmen, doğal seçilim tarafından elenmemesi ve çok hücreli türlerin çoğunda gözlenmesi evrimsel bir paradoksa sebep olmaktadır. Mutasyon birikimi teorisi, yaşla birlikte doğal seçilimin gücünün zayıflaması nedeniyle, ileri yaşa etkisini gösteren zararlı mutasyonların efektif olarak elenemeyeceğini ve yaşlanma fenotipine katkı sağlayabileceğini ileri sürmektedir. Sınırlı sayıda ampirik çalışma mutasyon birikimi teorisi ile uyumlu olan etkileri tartışmalı sonuçlar ile göstermiştir, ancak bu teori transkriptom verisi kullanılarak test edilmemiştir. Mutasyon birikimi teorisinin bir öngörüsü yaşamın ileri döneminde yüksek seviyede anlatılan genlerin erken dönemde anlatılanlara göre daha düşük seviyede korunmuş olabileceğidir. Bu çalışmada, 8 doku ve 4 memeli türünü kapsayan 35 mikrodizin gen anlatımı verisinin meta-analizini gerçekleştirdim, ve erişkinlik boyunca farklı seviyelerde anlatılan genlerin protein sekans korunmasını çalıştım. Transkriptom korunma seviyesinde yaşa bağlı azalış, hem yaşla beraber artan gen anlatımı ve düşük korunmaya sahip genler hemde yaşla beraber azalan gen anlatımı ve yüksek korunmaya sahip genlerin katkısıyla beyin, akciğer ve karaciğerde tespit edilmiştir. Öte yandan, böyle bir eğilim kas dokusunda gözlemlenmemiştir. Daha sonra, transkriptom korunma seviyesinde yaşa bağlı azalışa sebep olan fonksiyonel grupları bulmak için Gen Ontoloji (GO) analizi gerçekleştirdim. GO analizi artan gen anlatımı ve düşük korunma gösteren genlerin apoptoz ile bağlantılı olma eğiliminde olduğunu farklı dokularda göstermiştir. Bu sonuç ileri yaşta yüksek seviyede anlatılan ve düşük sekans korunmasına sahip genlerin mutasyon birikimi teorisi ile uyumlu olarak, yaşlanma fenotipine katkı sağlayabileceğine birden fazla memeli türünde işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
Aging is a complex process that causes decline in organisms' reproductive capacity and chance of survival. Even though aging tends to reduce fitness, it is not eliminated by natural selection and is observed in many multicellular species, and this leads to an evolutionary paradox. The mutation accumulation theory states that due to the declining force of natural selection with age, old-age-expressed deleterious mutations will not be effectively eliminated, and can contribute to the aging phenotype. A limited number of empirical studies showed effects consistent with the mutation accumulation theory with controversial results, but this theory has not been tested using transcriptomic data. One prediction of mutation accumulation theory would be that genes highly expressed later in life would be less conserved than those expressed early. In this study, I performed a meta-analysis of 35 microarray gene-expression datasets including 8 tissues from 4 mammalian species, and studied the protein sequence conservation of genes expressed at different levels during adulthood. Age-related decrease in transcriptome conservation was detected in brain, liver, and lung, with the contribution of both genes having increased expression with age and low conservation, and genes having decreased expression with age and high conservation. Meanwhile, no such trend was observed in muscle tissues. To find functional groups associated with decrease in transcriptome conservation with age, I then performed Gene Ontology (GO) analysis. GO analysis revealed that genes showing increased expression and low conservation tend to be associated with apoptosis across different tissues. These results may indicate that genes highly expressed at old age and with low sequence conservation may contribute to the senescence phenotype in different mammalian species, consistent with the mutation accumulation theory.
Benzer Tezler
- Identification of expression levels of transcripts in tumors and tumor microenvironment and investigation of their relationship to clinical characteristics in diagnostic mantle cell lymphoma cases
Tanısal mantle hücreli lenfoma olgularında tümör ve tümör mikroçevresindeki transkript ifadelerinin tüm transkriptom analizleri aracılığıyla belirlenmesi ve klinik karakteristiklerle ilişkilerinin araştırılması
ESRA ESMERAY SÖNMEZ
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK
- Identification of epigenetic factors that will overcome therapy resistance in triple-negative breast cancer
Üçlü negatif meme kanserinde tedavi direncini kırabilecek epigenetik faktörlerin belirlenmesi
ÖZLEM YEDİER BAYRAM
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUĞBA BAĞCI ÖNDER
- Expression profiling of Helicobacter-activated regulatory B cells
Helicobacter-aktive regülatör B hücrelerinde gen ifadesinin belirlenmesi
SAWSAN S.A. SAID
Doktora
İngilizce
2018
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Selection and characterization of immune-resistant acute myeloid leukemia cells
İmmün-dirençli akut miyeloid lösemi hücrelerinin seçilimi ve karakterizasyonu
MUBAIDA PARVEEN
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜNEŞ ESENDAĞLI
- Selection and characterization of ımmune resistant acute myeloid leukemia cells
İmmün-dirençli akut miyeloid lösemi hücrelerinin seçilimi ve karakterizasyonu
MUBAIDA PARVEEN MUBAIDA PARVEEN
Doktora
İngilizce
2024
OnkolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜNEŞ ESENDAĞLI