vanA harboring enterococcal and non-enterococcal surface water isolates monitored by an oligonucleotide dna probe
vanA geni taşıyan enterokok ve enterokok olmayan yüzey suyu izolatlarının oligonükleotit dna probu kullanılarak izlenmesi
- Tez No: 441999
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BÜLENT İÇGEN, PROF. DR. SEMA ÇETİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Çevre Mühendisliği, Biotechnology, Environmental Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 134
Özet
Atık sular doğaya salınımlarından önce arıtım tesislerinin tüm proseslerinden geçmiş olsalar bile antibiyotik direnç genlerini ve antibiyotiklere dirençli bakterileri barındırabilmektedirler. Bu bağlamda vanA geni taşıyan ve teikoplanin de dahil olmak üzere vankomisin gibi glikopeptit antibiyotiklere yüksek seviyede direnç gösteren enterokoklar (VDE) oldukça önem arzetmektedir. Bu nedenle, bu çalışmada, ırmak suyunda vanA geni taşıyan vankomisin ve teikoplanin dirençli bakteriler araştırılmıştır. Yapılan ön çalışmalar sonucu 290 yüzey suyu izolatı arasından 18 izolatın her iki glikopeptit antibiyotiğe karşı direnç gösterdiği tespit edilmiştir. 16S rRNA sekans analizi ile tanımlanan glikopeptit dirençli bu enterokok ve enterokok olmayan izolatlar içerdikleri vanA geni bakımından %58-100 oranında homoloji gösterdikleri bulunmuştur. Ayrıca tüm dirençli izolatlarda vanA geni tarafından kodlanan D-alanin-D-laktat ligaz enziminin varlığı western blot yöntemi kullanılarak gösterilmiştir. vanA geninin yüzey sularındaki yayılımı ve bunun izlenmesi, dirençli bakterilerin çevreye ve insanlara karşı olası potansiyel zararı hakkında bilgiler sağlayabilmektedir. Bu amaçla Vector NTI Express yazılımı kullanılarak Enterococcus faecium pVEF1 ve pVEF2 plazmidlerinin 909 bp'lik BamHI-ClaI enzimleriyle kesilmiş kısmından 25-mer'lik bir oligonükleotit DNA probu tasarlanmıştır. Dizayn edilen probun 46 °C, 55 % formamit ve 0.020 M NaCl hibridizasyon koşullarında vanA-pozitif Enterococcus faecalis için yüksek oranda seçici olduğu tespit edilmiştir. Aynı hibridizasyon koşulları kullanılarak ırmak suyundan alınan örnekler FISH yöntemi kullanılarak floresan mikroskop ile analiz edilmiştir. Sonuçlar, yeni dizayn edilen vanA spesifik oligonükleotit DNA probunun yüzey sularındaki vankomisin ve teikoplanin dirençli bakterilerin izlenmesinde yüksek oranda ayırt edici ve kantitatif bir araç olduğunu göstermiştir. Arıtılmış atık suların tekrar kullanımından dolayı antibiyotik direnç genleri ve antibiyotik dirençli bakteriler yüzey sularına karışmakta ve insan sağlığı için risk oluşturmaktadır. Bu nedenle yüzey suları, direnç genlerinin yayılımı nedeniyle sadece vanA taşıyan enterokoklar için değil, aynı zamanda enterokok olmayan bakteriler için de sıcak bölgeler oluşturmakta ve özel bilimsel yaklaşımlar gerektirmektedir.
Özet (Çeviri)
Untreated wastewaters and treated effluents even after final disinfection inhabitate antibiotic resistant bacteria and resistance genes before they are released into surface waters. A correlation between resistant bacteria with antibiotic resistance genes in surface waters has been found. Of particular interest are vancomycin-resistant enterococci (VRE) harboring vanA gene that confers their high-level resistance to glycopeptide antibiotics including teicoplanin. Therefore, in this study, river water samples were analyzed to investigate vancomycin- and teicoplanin-resistant bacterial isolates harboring vanA gene. Out of 290, 18 surface water isolates displayed resistance to both antibiotics. These glycopeptide resistant enterococcal and non-enterococcal isolates, identified by 16S rRNA sequencing, were found to harbor vanA gene with sequence similarities of 58 to 100%. The presence of D-alanine-D-lactate ligase encoded by vanA gene was also shown for all vancomycin- and teicoplanin-resistant isolates through western blotting. The fate of vanA gene in surface waters provides information on the exposure and potential threats of those bacteria for the environment and human health. For this purpose, a 25-mer-oligonucleotide DNA probe based on the 909 bp BamHI-ClaI fragment from Enterococcus faecium plasmids pVEF1 and pVEF2 was also prepared by using Vector NTI Express software. Under the hybridization stringency conditions of 46 °C, 55 % formamide and 0.020 M NaCl, designed vanA probe appeared to be highly specific to vanA-positive Enterococcus faecalis tested. In situ fluorescent hybridizations under the same stringency conditions were also used to monitor the river water samples by using fluorescent microscopy. The results indicated that newly designed vanA-targeted oligonucleotide DNA probe was highly specific and quantitative tool for monitoring vancomycin- and teicoplanin-resistant bacteria in surface waters. Due to reuse of treated wastewater, antibiotic resistant bacteria and resistance genes are being introduced into surface waters and possess human health risks. Therefore, surface waters are not only hot spots for vanA harboring enterococcal isolates but also non-enterococcal ones due to gene dissemination and require special scientific consideration.
Benzer Tezler
- Vana ceketlerinin termal modellenmesi ve ısı kayıplarındaki azalmanın incelenmesi
Thermally analyse of valve jacket?s and examination of heat losses
GÜLTEN KURT
- Hidrolik kumandalı vana tasarımı
Design of the valf with hydraulic control systems
MURAT PİRİNÇCİLER
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Mühendislik BilimleriEge ÜniversitesiMakine Mühendisliği Bölümü
DOÇ. DR. K. TURGUT GÜRSEL
- Vana otomasyonu
Valve automation
ORÇUN DURSUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Makine MühendisliğiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüTasarım ve İmalat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. İLYAS KANDEMİR
- Vanaların akış karakteristiklerinin belirlenmesi
Determination of flow characteristics of valves
UGUR ÇİÇEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Makine MühendisliğiKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OSMAN BABAYİĞİT
- Küresel vananın sonlu elemanlar analiz yöntemi kullanılarak optimize tasarımı
Optimized design of a ball valve using finite element analysis method
TEYMUR MAMMAD
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Makine MühendisliğiSakarya Üniversitesiİmalat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TİJEN ÖVER ÖZÇELİK