Meta-analysis of gene expression reversals in ageing brain
Gen anlatım geri dönüşlerinin yaşlanan beyinde meta-analizi
- Tez No: 442175
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 128
Özet
Beyin yaşlanması, bilişsel kabiliyetler, histoloji ve anatomide yıkıcı değişimlerle karakterize edilir. Buna karşın, beyin yaşlanması altında yatan moleküler yapı, kısmen yaşlanma sürecinin stokastik ve heterojen yapısından dolayı, az anlaşılmıştır. Bu çalışmada, 22 beyin bölgesini kapsayan 1,015 örnek içeren yayınlanmış mikrodizin çalışmaları kullanılarak, yaşlanmada yaşanan gen anlatım değişimleri, doğum sonrası gelişime kıyasla analiz edilmiştir. Yaşlanan prefrontal kortekste çok sayıda gene ait mRNA miktarının ergenlik öncesi seviyeye döndüğüne dair gözlem, bir çok beyin bölgesinde yaygın olarak gözlemlenmiştir. Buna ek olarak, fonksiyonel analiz, gen anlatım geri dönüşlerinin tutarlı olarak çalışılan tüm beyin bölgelerinde nöronal / sinaptik gen anlatımında düşüşle ilişkili olduğunu, dolayısıyla da bilişsel kabiliyetlerde düşüş gibi yaşlanma ile ilişkili fenotiplerle ilişkili olabileceğini göstermiştir. Regülasyon analizi, gelişimde anlatımı artan, yaşlanmada ise anlatımı düşen genlerin bir takım trans-regülatörlerle ilişkili olduğunu göstermiştir; buna karşın gelişimde azalıp, yaşlanmada artan anlatıma sahip genlerle ilişkili herhangi bir potansiyel trans-regülator bulunamamıştır. Genel olarak, sonuçlar yaşlanmanın stokastik doğasından dolayı meta-analizin yaşlanma çalışmaları için kritik olduğunu ve yaşlanmada yaşanan gen anlatım değişimlerinin gelişimde yaşanan değişimler bağlamında incelenmesinin yaşlanmanın moleküler mekanizmalarının keşfi için umut verici olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Brain ageing is characterised by disruptive changes in cognitive abilities, histology, and anatomy. The underlying molecular nature of brain ageing, on the other hand, is little understood, partly due to the stochastic and heterogeneous nature of ageing process. In this study, using published microarray studies spanning 22 brain regions with 1,015 samples, gene expression changes in ageing are analysed in comparison to those in postnatal development. A previous observation that mRNA abundance of a large number of genes in the ageing prefrontal cortex reverses toward pre-adolescent levels, is shown to be a widespread phenomenon across different brain regions. Furthermore, functional analysis reveals that gene expression reversals are consistently associated with decline in neuronal / synaptic gene expression across all studied brain regions, and thus may be linked to ageing-related phenotypes such as decline in cognitive functions. Regulatory analysis show that the genes increasing in expression in development and decreasing in expression in ageing are associated with several trans-regulators, whereas there is no consistent association with any potential trans-regulator for the genes decreasing in expression in development and increasing in expression in ageing. Overall, the results show that meta-analysis is crucial for ageing studies due to the stochastic nature of ageing and that studying gene expression change in ageing in the context of changes in development is a promising approach to discover the molecular mechanisms of ageing.
Benzer Tezler
- Testis transcriptome evolution among hominids
Hominidler arası testis transkriptom evrimi
EKİN SAĞLICAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoistatistikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
- Meta-analysis of gene expression heterogeneity in brain development and aging
Beyin gelişimi ve yaşlanmasında gen anlatımı heterojenliğinin meta-analizi
ULAŞ IŞILDAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SOMEL
- An SSX4 knock-in cell line model and in silico analysis of gene expression data as two approaches for investigating mechanisms of cancer/testis gene expression
Kanser-testis gen ifadesi mekanizmalarının araştırılması için iki yaklaşım: SSX4 model hücre hattının oluşturulması ve gen ifade verilerinin in silico analizi
DUYGU AKBAŞ AVCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ O. GÜRE
- Defining novel cancer genes, SAGE tags and co-regulated regions of the human genome evolving from the search and identification of novel Wnt/TCF/beta-catenin targets
Wnt/TCF/beta-catenin yolağında hedef taramalarından başlayarak yeni kanser genlerinin ve insan genomu üzerinde birlikte hareket eden bölgelerin tanımlanması
ERŞEN KAVAK
Doktora
İngilizce
2009
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. AHMET KOMAN
- Analysis of differentially expressed genes in breast cancer: BRCA1-induced gene expression profiles and meta-analysis gene signature
Meme kanserinde farklılaşmış ifade gösteren genlerin analizi: BRCA1 tarafından indüklenen gen ifade profilleri ve meta-analiz gen imzası
BALA GÜR DEDEOĞLU
Doktora
İngilizce
2009
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IŞIK G. YULUĞ