Geri Dön

Defining novel cancer genes, SAGE tags and co-regulated regions of the human genome evolving from the search and identification of novel Wnt/TCF/beta-catenin targets

Wnt/TCF/beta-catenin yolağında hedef taramalarından başlayarak yeni kanser genlerinin ve insan genomu üzerinde birlikte hareket eden bölgelerin tanımlanması

PDF İndir

  1. Tez No: 245848
  2. Yazar: ERŞEN KAVAK
  3. Danışmanlar: PROF. AHMET KOMAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Moleküler Tıp, Biotechnology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 112

Özet

Wnt sinyal yolağı embryo gelişimi sırasında kilit noktalarda görev yapmakta olup, bu yolağın yersiz aktivasyonu tümör oluşumuna yol açabilmektedir. ß-catenin molekülü Wnt yolağının sitoplazmik bir elemanı olup, Wnt sinyallerinin iletiminde merkezi bir öneme sahiptir. Bu tezin ilk kısmında Wnt sinyal yolağı aktif olan hücrelerle aktif olmayan hücreler birbirleriyle karşılaştırılmıştır. Bir karaciğer kanseri hücresi olan Huh7 hücrelerinde Wnt sinyal yolağı yapay olarak normalden fazla aktifleştirildiğinde bu hücreler, farede daha agresif ve daha büyük tümörler oluşturmaktadırlar. Wnt aktiviteleri ve tümör oluşturma yetenekleri farklı olan Huh7 hücrelerinin, gen anlatımının seri analizi (serial analysis of gene expression - SAGE) ve mikrodizin yongaları metodlarıyla karşılaştırılmaları yapılmıştır. Bu karşılaştırma sonrasında, bilgisayar destekli promotör analizinin de yardımıyla Wnt sinyal yolağının muhtemelen hedeflediği moleküller belirlenmiştir. Belirlenen aday moleküller arasından BRI3 ve HSF2 genlerinin Wnt hedefi olduğu lüsiferaz raporlama metodu, kromatin imuno çöktürme metodu ve polimerizasyon zincir reaksiyonu gibi metodlarla doğrulanmıştır. Çalışmanın birinci kısmında yapılan SAGE ve mikrodizin yongası analizi sırasında oluşan gen listelerinin farklı listelerle karşılaştırılarak listedeki genlerden çalışılabilir bir alt küme oluşturma ihtiyacı doğmuştur. Bu ihtiyaç çerçevesinde, Wnt hedefi adaylarından hangilerinin kanser oluşum sürecinde de önemli olacağını bulmak için literatürde yayınlanmış 49 farklı tümör tipine ait SAGE ve mikrodizin yongası datası analiz edilmiştir. Bu analize kanserlerde ortak gen anlatım kalıpları (common gene expression patterning in tumors ? COGENT) adı verilmiştir. COGENT analizi sayesinde bir genin çok kanser tipinde değişmesinin o gen için belirleyici bir özellik olduğu gösterilmiştir. Eğer bir gen daha fazla kanser tipinde değişiyorsa, o zaman büyük ihtimalle o genle alakalı daha fazla kanser yayını vardır. Fakat, aynı zamanda çok kanserde değişen ve hakkında hiç kanser yayını, hatta hiç yayın olmayan genler de vardır.

Özet (Çeviri)

The Wnt signaling pathway is involved in many differentiation events duringembryonic development and can lead to tumor formation after aberrant activation of itscomponents. beta-catenin, a cytoplasmic component, plays a major role in the transduction ofcanonical Wnt signaling. The first part of this study aimed at identifying novel genes that areregulated by active beta-catenin/TCF signaling in hepatocellular carcinoma-derived Huh7 cellswith high (transfected) and low ß-catenin/TCF activities. High TCF activity Huh7 cells led toearlier and larger tumor formation when xenografted into nude mice. SAGE (Serial Analysisof Gene Expression), genome-wide microarray and in silico promoter analysis were performedin parallel, to compare gene expression between low and high ß-catenin/TCF activity clones,and also those that had been rescued from the xenograft tumors. SAGE and genome-widemicroarray data were compared and contrasted. BRI3 and HSF2 were identified as noveltargets of Wnt/beta-catenin signaling after combined analysis and confirming experimentsincluding qRT-PCR, ChIP, luciferase assay and lithium treatment. In the course of analyzingSAGE and microarray data of Huh7 cells, we felt the need to overlay this data with differentdata sources. Starting with this motivation in the second part of the study, we performed thefirst meta-analysis of SAGE and microarray data together, which we termed common geneexpression patterning (COGENT). By using COGENT data, we introduced the ?being multicancer?concept for genes being differentially expressed in several types of tumors. There arenot only multi-cancer genes but also multi-cancer co-regulated regions (RIDGEs) on thegenome. ?Multi-cancerness? of a gene correlates well with the number publications statingthat gene in a cancer context, its rank within a single study and the number of its orthologs.There are many multi-cancer genes which have not been related to tumorigenesis as yet. Inaddition, there are 81 tumor associated RIDGEs (TA-RIDGEs) on the human genome whichchange similarly in multiple types of tumors. 28 per cent of TA-RIDGEs are paralog clustersand 45 per cent of TA-RIDGEs are specifically associated with tumorigenic changes but notwith changes among normal tissues (NA-RIDGEs). 41 per cent of NA-RIDGEs and 43 percent of TA-RIDGEs are significantly associated with GC rich regions on the genome.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    434056

    Exploration of methylation-driven mechanisms in cancer

    Kanserde gözüken metilasyon sebepli değişimlerin araştırılması

    BUĞRA ÖZER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    BiyoistatistikSabancı Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN

    PROF. DR. İSMAİL ÇAKMAK

  2. Tez No

    607117

    Telomeraz geni promotöründe mutasyon içeren tiroid kanser hücrelerinin epigenetik ilaçlarla hedeflenmesi

    Targeting thyroid cancer cells harboring telomerase gene promoter mutations with epigenetic drugs

    SEVİM DALVA AYDEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Eczacılık ve FarmakolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA CENGİZ YAKICIER

    DR. ÖĞR. ÜYESİ CEMALİYE AKYERLİ BOYLU

  3. Tez No

    752917

    Targeting bag-1S/C-raf interaction for therapeutic intervention in cancer

    Bag-1S/C-raf etkileşiminin kanserde terapötik bir yaklaşım olarak kullanılmak üzere hedeflenmesi

    ÖZGE TATLI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  4. Tez No

    490289

    Computer vision and machine learning based adaptable conversion method for any light microscope to automated cell counter by trypan blue dye-exclusion

    Bilgisayarlı görme ve makine öğrenme'ye dayalı olarak trapan mavisi boya dışlama tabanlı ışık mikroskoplarının otomatize hücre sayarına uyarlanabilir dönüşüm yöntemi

    AKIN ÖZKAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAtılım Üniversitesi

    Yazılım Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SULTAN BELGİN İŞGÖR

    YRD. DOÇ. DR. GÖKHAN ŞENGÜL

  5. Tez No

    702932

    -sA biçimbiriminin betimlenmesinde ve öğretilmesinde yöntemsel sorunlar

    The methodological problems in defining and teaching of -sA morpheme

    YELİZ KAPUCU KÖSE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Eğitim ve ÖğretimDokuz Eylül Üniversitesi

    Türkçe ve Sosyal Bilimler Eğitimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CANER KERİMOĞLU

Geri Dön