Pridoksin ve trimethoprim moleküllerinin ab-initio HF ve yoğunluk fonksiyonu teorisi (DFT) ile konformasyon analizi ve titreşim frekans ve kiplerinin incelenmesi
Investigations of vibrational frequencies and modes of pyridoxine and trimethoprim molecules and conformational analysis by ab-initio HF and density functional theory (DFT) methods
- Tez No: 442518
- Danışmanlar: PROF. DR. KUBİLAY KUTLU, PROF. DR. SEVİM AKYÜZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Moleküler Tıp, Biophysics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 166
Özet
Pridoksin B6 vitaminin doğal yollarla oluşan formlarından bir tanesidir. Pridoksin amino asitlerin metobolizması ve emilmesi için gereklidir. Bu molekül vücuttaki birçok kimyasal olayda diğer enzimlerle birlikte hareket eden bir koenzimdir. Protein metobalizması için, vücuttaki yağın enerjiye çevrilmesi ve homosistein seviyelerini düşürerek dolaşımını artırmak için gereklidir. Pridoksin eksikliği anemi, sinir hasarı, nöbet, cilt problemleri ve ağızda yaralara neden olabilir. Trimetoprim idrar yolları enfeksiyonlarına neden olan bakterileri ortadan kaldırır. Bakteriyel enfeksiyonları ve ishali tedavi etmek için kullanılır. Bu tezde, pridoksin ve trimethoprim moleküllerinin mümkün olan konformerlerini belirlemek için pridoksin molekülünün dört ve trimethoprim molekülünün beş torsiyon açısı için potansiyel enerji yüzey analizi taraması yapılmıştır. Pridoksin ve trimethoprim moleküllerinin en düşük enerjili geometrisi, titreşim frekans ve kipleri Gaussian 09 programı kullanılarak Ab-Initio HF/6-311++G(d,p) ve DFT/B3LYP/6-311++G(d,p) teori düzeylerinde hesaplanmıştır. Harmonik ve anharmonik titreşim dalgasayıları ve IR şiddetleri geometri optimizasyonu ile aynı teori düzeyinde hesaplanmıştır. Pridoksin ve trimethoprim moleküllerinin hidrojen bağı etkileşmelerini incelemek için moleküllerin su kompleksleri DFT/B3LYP/6-311++G(d,p) teori düzeylerinde çalışılmıştır. Çalışmanın deneysel kısmında, Bruker Tensor FT-IR spektrometre ve Bruker MultiRam FT-Raman spektrometre kullanılarak moleküllerin spektrumları çekilmiştir. Deneysel dalga sayısı değerleri ile teorik dalga sayısı değerleri karşılaştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
Pyridoxine is one of the naturally occurring forms of vitamin B6. Pyridoxine is essential for the absorption and metabolism of amino acids. It is a coenzyme that acts with other enzymes, in a lot of chemical processes in the body. It is necessary for proteins metabolism, for the body to convert fats to energy, to improve circulation by lowering the levels of homocysteine. Lack of pyridoxine may cause anemia, nerve damage, seizures, skin problems, and sores in the mouth. Trimethoprim eliminates bacteria that cause urinary tract infections. It is used to treat bacterial infections and diarrhea. In this thesis, the possible stable conformers of free molecule were searched by means of potential energy surfaces scan studies through four dihedral angles for pyridoxine and five dihedral angles for trimethoprim. The lowest energy geometry, vibrational frequencies and modes of pyridoxine and trimethoprim were calculated by using Gaussian 09 software with Ab-Initio HF/6-311++G(d,p) and DFT/B3LYP/6-311++G(d,p) level of theory. The harmonic and anharmonic vibrational wavenumbers and IR intensities were calculated at the same theory levels used in geometry optimizations. In order to investigate the hydrogen bonding interaction of pyridoxine and trimethopim, hydrogen bonded complexes of the molecules were studied by DFT/B3LYP/6-311G++(d,p) level of theory. In the experimental part of this study, Bruker Tensor FT-IR spectrometer and Bruker MultiRam FT-Raman spectrometer were used to determine the experimental vibrational spectra of the molecules. The experimental wavenumbers were compared with those of calculated.
Benzer Tezler
- Kuru baklagiller ve glütensiz un kullanilarak hazirlanan türk mutfak kültüründe çok tüketilen bazi tariflerinB 1 , B 2 ve B 6 vitamin içerikleri açisindandeğerlendirilmesi
Evaluation of some recipes prepared by usinglegumes and gluten-free flour, consumed muchin turkish culinary culture in terms of vitaminB1, B2 and B6 contents
FATMA GÖRAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Beslenme ve Diyetetikİstanbul Sabahattin Zaim ÜniversitesiBeslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA YAMAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ HALİME UĞUR
- Edirne ili kentsel ve kırsal alanında yaşayan adolesan erkeklerde nutrisyonel durum değerlendirilmesi
Evaluation of the nutritioanal status of male adolescents, living in rural and urban areas of Edirne
ÇAĞRI TURAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıTrakya ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. NACİ ÖNER
- Üriner sistem taş hastalığında metabolik değerlendirme ve metaflaksinin taş nüksünün önlenmesindeki rolü
Başlık çevirisi yok
TARIK ESEN
- Türkiye'de yetiştirilen hünnap meyvesinin bileşimi ve meyvenin kurutulması sırasında bileşiminde meydana gelen değişimler
Composition of the jujube fruit grown in Turkey and changes in the composition of the jujube fruit during drying
FATMA YAŞA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Gıda MühendisliğiPamukkale ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇETİN KADAKAL
- Arı sütünün kurutularak depolanması sırasında bazı kimyasal değişimlerin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
ASİYE BAYRAKTAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1990
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ABDURRAHMAN ASLAN