Türkiye'de infeksiyöz bronşitis viruslarının RT-PCR ile saptanması ve moleküler karakterizasyonu
Molecular detection and characterization of avian infectious bronchitis viruses in turkey by RT-PCR
- Tez No: 443949
- Danışmanlar: PROF. DR. BARIŞ SAREYYÜPOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Çalışmada, Türkiye'nin farklı bölgelerindeki işletmelerde solunum sistemi problemi görülen tavuk sürülerinde İnfeksiyöz Bronşitis'in(IB) teşhisi ve S1 geninin dizilendirilmesine dayalı karakterizasyonu amaçlandı. Türkiye'de solunum sistemi problemleri görülen farklı işletmelerden teşhis amacıyla Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kanatlı Teşhis Laboratuvarı'na 2011-2014 yılları arasında gönderilen materyallerden (trakeal svap,trake, akciğerler, ileo-sekal tonsiller) guanidinium-thiocyanatefenol-kloroformekstraksiyon yöntemi ile RNA ekstraksiyonu gerçekleştirildi. Çalışmada incelenen 200 örneğin 125 tanesi 2011-2012 yılları arasında örneklendi ve -70°C'de donduruldu. Dondurulmuş olan bu örnekler RNA izolasyonu öncesinde embriyolu tavuk yumurtasına (ETY) ekildi, geriye kalan 75 örneğin RNA'sı direkt olarak izole edildi.Örneklerde IBV varlığının ortaya konması için ekstrakte RNA'lar S1 genine spesifik primer çiftlerinin kullanıldığı tek basamaklı nested reverse transcriptase polymerase chain reaction (nested-RT-PCR) tekniği ile araştırıldı. IBV yönünden pozitif örneklerin moleküler karakterizasyonu S1 geninin dizi analizi ile gerçekleştirildi. İncelenen 200 sürüden 41 (%20,5)'inde virüs genetik materyali saptandı, ancak 159 (%79,5) sürüde IBV saptanamadı. Pozitif örnekler dideoksi zincir sonlanma reaksiyonu yöntemiyle dizilendirildi. DNA dizileri NCBI'da bulunan GenBank veritabanında erişimleri olan infeksiyöz bronşitis virüslerinin tümüyle kıyaslanmak için BLAST programıyla incelendi. IBV izolatları arasındaki genetik ilişkiyi ortaya koymak için S1 genine ait nükleotid dizileri kullanılarak filogenetik ağaç oluşturuldu. İzolatlar %82 benzerlikle 2 ana gruba ayrıldı veörneklerin 14 tanesi %98-99 oranında (KP259312.1) TR8, 8 tanesi %98-99 oranında (EU780077.2) IS/1494/06, 11 tanesi %94-100 oranında (HM131453.1) isolate attenuated IS/1494/06, 2 tanesi %98 oranında (JX173488.1) Eg/CLEVB-2/IBV/012, 6 tanesi %99-100 oranında Mass aşı suşu (HM540074.1) GX-NN1 ile benzer bulundu. Türkiye'de infeksiyöz bronşitis virus suşlarının nested-RT-PCR ile saptanması ve sonrasında S1 geninin dizi analizine dayanan bu tekniğin ülkemizde tavuklarda görülen infeksiyöz bronşitis hastalığının teşhis ve karakterizasyonu ile moleküler epidemiyolojisine yönelik çalışmalarda ve aşı programlarının geliştirilmesinde faydalı olacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
The aim of the research was identification of infectious bronchitis virus in poultry flocks showing respiratory signs raised in different locations in Turkey and characterize the IBV detected strains by sequencing of S1 gene. Samples from different commercial poultry flocks showing respiratory signs and suspected of respiratory infection from all around Turkey were sent to Poultry Diagnostic Laboratories, Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Medicine, Ankara University between 2011-2014. One hundred twenty-five of 200 materials were sampled between 2011-2012 and freezed at -70 °C. These frozen samples were inoculated at 9-11 days old embryonated chicken eggs (ECE) via allantoic route as described in OIE (2008). The rest of the materials (n.75) were directly processed. RNA extractions from all materials were performed from organ samples and tracheal swaps (trachea, lungs, ileo-cecal tonsils) with guanidinium thiocyanate phenol-chloroform extraction method. One step nested-RT-PCR was carried out with spesific primers for S1 gene to screen IBV. Molecular characterization of IBV detected 41 (%20,5) out of 200 samples were analyzed by sequencing of S1 gene. Sequenced samples were analyzed with BLAST by comparison of sequences in GenBank database. It was found that 6 of 41 isolates were vaccine related variants which was %99-100 identical to (HM540074.1) GX-NN1 and the rest were field strains which belong to neighbour countries, respectively; 19 of 41 isolates were %94-100 identical to Israil variants (EU780077.2) IS/1494/06, and (HM131453.1) isolate attenuated IS/1494/06, 2 of 41 were %98 identical to (JX173488.1) Eg/CLEVB-2/IBV/012. Fourteen of 41 isolates were %98-99 identical to (KP259312.1) TR8 Turkish variants which were circulating in Turkey since 2013. Nested RT-PCR detection and molecular characterization of IBV is thought to be an useful method for the futher molecular epidemiological studies of IBV and to evaluate and perform more effective vaccine programs in Turkey.
Benzer Tezler
- Tavuklarda infeksiyöz bronşitis virusunun (IBV) RT-PCR ile saptanması, izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve antikor yanıtının araştırılması
Isolation, molecular characterization, detection by real-time RT-PCR and antibody response investigation of infectious bronchitis virus (IBV) in chickens
UTKU YUSUF ÇİZMECİGİL
Doktora
Türkçe
2018
Veteriner Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiViroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN YILMAZ
- Türkiye'de yayılış gösteren Cistus L. (Cistaceae) cinsinin tavuk koronavirüsüne karşı antiviral etkilerinin araştırılması
Investigation of the antiviral effects of the Cistus LK(cistaceae) genus, which is spread in Turkey against the chicken corona virus
FEYRUZ BOZOĞLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NALBANTSOY
- Türkiye'de saptanan infeksiyöz bursal hastalığı virus suşlarının RFLP ile moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of infectious bursal disease virus trains detected in Turkey by RFLP
BARIŞ SAREYYÜPOĞLU
Doktora
Türkçe
2003
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜJGAN İZGÜR
- Karadeniz'de avlanan balıklarda infeksiyöz pankreotik nekrozis (IPN), viral hemorajik septisemi (VHS) ve infeksiyöz hematopoetik nekrozis (IHN) virüs enfeksiyonlarının epidemiyolojisi
Epidemiology of infectious pancreatic necrosis (IPN), viral hemorrhagic septicemia (VHS) and infectious hematopoetic necrosis (IHN) virus infections in fish caught in Black sea
FATİH DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiVeterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HARUN ALBAYRAK
- Alabalıklarda infeksiyöz pankreatik nekroz virüsü (ıpnv), infeksiyöz hematopoietik nekroz virüsü (IHNV), viral hemorajik septisemi virüsü (vhsv) varlığının araştırılması ve IPNV izolatlarının VP2 ve VP5 gen bölgelerindeki varyasyonlarına göre virülenslerinin incelenmesi
Detection of infectious pancreatic necrosis virus (IPNV), SHSV (viral hemorrhagic septicemia virus),ihnv (infectious hematopoietic necrosis virus)in trout and virulence based on VP2, VP5 gene regions
AYŞE GÜL BÜYÜKEKİZ
Doktora
Türkçe
2017
Veteriner HekimliğiUludağ ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SONER ALTUN