MDR ve XDR acinetobacter izolatlarında OXA gen varlığının gösterilmesi ve suşlar arasındaki klonalitenin araştırılması
MDR ve XDR aci̇netobacter i̇zolatlarinda OXE gen varliğinin gösteri̇lmesi̇ ve suşlar arasindaki̇ klonali̇teni̇n araştirilmasi
- Tez No: 452328
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA ÖZYURT
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: GATA
- Enstitü: Haydarpaşa Eğitim Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 126
Özet
Acinetobacter baumannii özellikle yoğun bakım ünitelerinde uzun süre canlılığını koruyabilen, kolaylıkla çapraz bulaşa yol açıp fırsatçı enfeksiyonlara ve salgınlara sebep olabilen önemli bir patojendir. Geniş spektrumlu bir β-laktam antibiyotik grubu olan karbapenemlerin de dahil olduğu çoklu ilaca direnç göstermesi, bu patojenle olan enfeksiyonların tedavisinde ciddi problemlerin yaşanmasına neden olmaktadır. Karbapenem direnci, sıklıkla OXA-tipi karbapenemazlar ile oluşmaktadır. Acinetobacter izolatlarında OXA-51 benzeri gen bölgesi intrensek olarak saptanırken, OXA-23, OXA-24 ve OXA-58 benzeri gen bölgeleri de buna eşlik edebilmektedir. Hastane enfeksiyonları (HE)'nın yönetiminde epidemiyolojik ilişkilerin ortaya konulması çok önemlidir. Bu amaçla klonal ilişkinin tespitinde kullanılan“Değişimli Alan Jel Elektroforezi (PFGE)”, moleküler epidemiyolojik tiplendirme yöntemleri içinde altın standart olarak kabul edilmiştir. Bu çalışmada, Gülhane Askeri Tıp Akademisi Haydarpaşa Eğitim Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Servisi Bakteriyoloji Laboratuvarı'na Ocak 2012-Aralık 2014 tarihleri arasında, Anestezi ve Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi (AYBÜ)'nden ve Dahiliye Yoğun Bakım Ünitesi (DYBÜ)'nden gönderilen farklı klinik örneklerden HE etkeni olarak izole edilen 100 A. baumannii izolatının, dirençten sorumlu olduğu bilinen gen bölgelerini hedef alan primerlerin kullanıldığı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile OXA-tipi β-laktamazlar açısından taranması ve PFGE yöntemi ile de klonal ilişkinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen izolatların 31 (%31)'i AYBÜ'den, 69 (%69)'u ise DYBÜ'den gönderilen klinik örneklerden HE etkeni olarak izole edilmiştir. İzolatların %57'si solunum sistemi örneklerinden elde edilmiştir. Test edilen tüm antibiyotikler içinde en etkili ajanlar %100 duyarlılık oranı ile kolistin; %93 duyarlılık oranı ile tigesiklin olarak saptanmıştır. İncelenen 100 izolatın tamamında OXA-51 geni, 92 (%92)'sinde OXA-23 geni belirlenmişken; OXA-24 ve OXA-58 genleri ise hiç bir izolatta bulunmamıştır. Çalışmamızda PFGE genotiplerini belirlemek için benzerlik katsayısının sınır değeri %80 olarak belirlenmiş ve çalışılan 100 izolatın 19 farklı küme içinde olduğu saptanmıştır. Alt tip sayısını belirlemek için ise, benzerlik katsayısının sınır değeri %100 olarak belirlenmiş ve izolatların 92 alt tip içinde olduğu görülmüştür. Toplam 19 küme içinde 'J' kümesi, 25 üyesi ve 24 alt tipi ile (J1-J24) en çok saptanan küme olmuştur. Hastanemizde 2012 yılında 'J' klonunun baskın olduğu, 'G' klonunun 2012'nin son aylarında hastanemize girip 2013 yılında baskın hale geldiği, 'A' ve 'R' klonlarının ise çalışmamız kapsamına dahil her üç yılda da (2012-2014) izlendiği ve 'A' klonunun baskın klon olduğu anlaşılmıştır. 'S' ve 'E' klonları ise sadece 2014 yılında DYBÜ'de saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen, which can stay alive especially at intensive care units (ICU) for prolonged periods, easily causing cross contamination and epidemics. Developing multidrug resistance to the antibiotics, including carbapenems, a wide-spectrum β-lactam antibiotic group, causes serious problems in treatment of its infections. Carbapenem resistance generally caused by OXA-type carbapenemases. OXA-51 like gene area are intrinsic while OXA-23, OXA-24 and OXA-58 like gene areas can accompany within Acinetobacter isolates. Demonstration of epidemiological relation in managing hospital infections (HI) is crucial. Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) method, used in determination of clonal relation, is accepted as the gold standard among molecular epidemiological characterization methods. In this study, we aimed to scan OXA-type β-lactameses via multiplex polymerase chain reaction (PCR) method and determine clonal relation via PFGE method on 100 A. baumannii samples, isolated at Gulhane Military Medical Academy, Haydarpasa Training Hospital, Medical Microbiology Service, Bacteriology Laboratory, from 100 different inpatients in Anesthesiology and Reanimation ICU (ARICU) and Internal Medicine ICU (IMICU) between January 2012 to December 2014. Thirty-one samples were isolated from ARICU as HI while remaining 69 sample were from IMICU. 57% of the samples were respiratory system samples. Colistin was the most effective antibiotic with 100% efficiency, followed by tigecyclin with 93% efficiency among tested antibiotics. All isolates possessed OXA-51 gene while 92% had OXA-23 gene. However OXA-24 and OXA-58 genes couldn't detected in any samples. During PFGE genotyping analyses, similarity coefficient was set as 80% and 19 different clusters were determined for 100 samples. In order to determine sub-clusters, similarity coefficient was set as 100% and 92 sub-clusters were detected. Among the clusters, J cluster was the most crowded one with 25 member and 24 sub-cluster (J1-J24). According to our results, J cluster was found as the dominant genotype during 2012 which is replaced with G cluster at the end of 2012 and became dominant at 2013. A and R clones were present during our study's time period (2012-2014) and A cluster was the dominant one among these. S and E clusters were only found at IMICU and only at 2014.
Benzer Tezler
- Acinetobacter baumannii izolatlarında virülans faktörleri ve antimikrobiyal direnç profilleri ile ilişkisi
The relationship between the virulence factors of acinetobacter baumannii isolates and the antimicrobial resistance profiles
NİLÜFER UĞUR ÖZLÜK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
MikrobiyolojiBülent Ecevit ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANAN KÜLAH
- Alt solunum yolu örneklerinden izole edilen acinetobacter spp. izolatlarında biyofilm oluşturma özelliğinin in vitro ortamda saptanması, kolistin ve n- asetilsistein bileşiklerinin biyofilmler üzerine tek başına ve kombine etkilerinin araştırılması
In vitro determination of biofilm-forming properties in acinetobacter spp. i̇solated from lower respiratory tract samples and investigation of alone or combined effects of colistin and n-acetylcysteine on biofilms
ELİF ÇALIŞKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜMMÜ GÜL ERDEM
- 2018-2021 yılları arasında hastanemiz yoğun bakım ünitelerinden gönderilen kan kültürü ve alt solunum yolu örneklerinden izole edilen gram negatif bakterilerin antibiyotik duyarlılık verileri ve direnç profiline COVİD-19 pandemisinin etkisi
The effect of the COVİD-19 pandemic on the antibiotic susceptibility data and resistance profile of gram-negative bacteria isolated from blood cultures and lower respiratory tract samples sent from the intensive care units of OUR hospital between 2018-2021
DİDEM ÖZKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiSağlık BakanlığıTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYFER BAKIR
- Antibacterial and antibiofilm activities of gold and silver nanoparticles against extensively drug-resistant acinetobacter baumannii clinical isolates
Altın ve gümüş nanoparçacıkların genel olarak ilaçlara dirençli asinetobakter baumannıı klinik izolatlarına karşı antibakteriyel ve antibiyofilm etkinlikleri
NABAA ABDULKHALEQ OTHMAN OTHMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SONGÜL ŞAHİN
DR. ÖĞR. ÜYESİ NADHEEMA HAMMOOD HUSSEIN
- Hematolojik maligniteli hastalarda febril nötropenik ataklardaki kan kültür üremelerinin değerlendirilmesi
Research of blood culture results in febrle neutropenic attacks in patients with hematological malignity
NACİYE BETÜL BAYSAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİstanbul Medeniyet ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN ÇAĞ
UZMAN ÖZLEM AYDIN