Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten ve üretmeyen ekstra intestinal patojenik escherichia coli suşlarında moleküler karakterizasyonu, fimh genotiplemesi ve filogenetik gruplaması
Molecular characterization, fimh genotyping and phylogenetic grouping of extend spectrum beta lactamase (ESBL) producing and non producing extra intestinal pathogenic escherichia coli (expec)
- Tez No: 453502
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMİNE ARSLAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Escherichia coli (E. coli) en yaygın çalışılan gram negatif bakterilerden biridir. Bu tür hem insanda hem de çoğu hayvanda intestinal ve ekstraintestinal enfeksiyonlara neden olmaktadır. Hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlarda etken olarak önemli rol oynayan Gram-negatif bakterilerde antibiyotiklere karşı direnç giderek artmaktadır. Bu direncin en sık nedenlerinden biri de beta-laktamaz (GSBL) enzim üretimidir. Toplum kökenli enfeksiyonların çoğunluğunu da GSBL pozitif E. coli'nin etken olduğu üriner sistem enfeksiyonları oluşturmaktadır. Bu çalışmada Konya bölgesindeki hastanelerdeki klinik materyallerden izole edilen 106 GSBL üreten ve üretmeyen ekstraintestinal patojenik E. coli (ExPEC) suşlarının hem fenotipik olarak hem de genotipik olarak karakterizasyonu, antibiyotik duyarlılıkları, filogenetik gruplarının belirlenmesi ve patojenin kolonizasyonunu sağlayan adeziyon genlerinden fimH geninin genotiplemesi amaçlanmıştır. Çift disk sinerji yöntemi ile fenotipik GSBL'ler belirlenirken blaTEM, blaCTX-M, blaOXA, blaSHV genlerinin multipleks PZR ile varlığına dayanarak genotipik GSBL'ler tesbit edilmiştir. Filogenetik gruplama chuA, yjaA ve TspE4C2 markır genlerinin multipleks PZR'ı ile yapılmıştır. fimH genotiplemede PZR ile genin varlığı belirlenerek dizi analizi yapılmıştır. Çalışılan 106 E. coli izolatının 22'si fenotipik, 70'i genotipik olarak GSBL pozitif olduğu belirlenmiştir. Antibiyotik duyarlılık testine göre suşlar en çok imipenem (% 99.05) ve piperasilin/tazobaktam'a (% 100) duyarlı iken, en yüksek oranda ampisiline (% 61.32) ve klindamisin'e (% 100) dirençlidirler. Hem GSBL üretenlerde hem de GSBL üretmeyenlerde çoğunun B2 filogenetik grubunda, en azının ise B1 grubunda olduğu görülmüştür. Çalışılan toplam 106 ExPEC izolatlarının 95'inde (% 89.62), üropatojenik E. coli (UPEC)'lerin (%90.32) fimH varlığı tesbit edilmiştir. Bu sonuçlar basit, hızlı moleküler tekniklerin E. coli'lerin etkili tedavisinde ve aşı jeliştirme çalışmalarında kullanılabileceğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Escherichia coli (E. coli) is one of the most commonly studied gram-negative bacteria. This type of infection is caused both intestinal and extraintestinal infections, both in humans and most animals. Resistance to antibiotics is gradually increasing in Gram-negative bacteria, which play an important role in infections stemmed from hospital and community. One of the most common causes of this resistance is beta-lactamase (ESBL) enzyme production. The majority of community-acquired infections are caused by urinary tract infections, which are caused by ESBL-positive E. coli. In this study, it is aimed to identify genotypically the phimothymic and genotypic characterization of 106 ESBL producing and non-producing extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) strains isolated from the clinical materials in hospitals in Konya region by determining phylogenetic groups and pathogen colonization. When phenotypic ESBLs are being identified by double disk synergy method, based on the presence of the blaTEM, blaCTX-M, blaOXA, blaSHV genes by multiplex PCR, genotypic ESBLs have been identified. Phylogenetic grouping was performed by multiplex PCR of chuA, yjaA and TspE4C2 marker genes. In fimH genotype, sequence analysis was performed by determining the presence of the gene by PCR. Among the 106 E. coli isolates that were studies, 22 were phenotypic, 70 were genotypically determined to be ESBL positive. According to the antibiotic susceptibility test, strains were most susceptible to imipenem (99.05%) and piperacillin / tazobactam (100%) but mostly resistant to ampicillin (61.32%) and clindamycin (100%) resistance. Most ESBL producers and non-ESBL producers were found to be in the B2 phylogenetic group and the least in the B1 group. In 95 of total 106 ExPEC isolates tested (89.62%) the presence of uropathogenic E. coli (UPEC) (90.32%) fimH was detected. These results have shown that simple, rapid molecular techniques can be used in the effective treatment of E. coli and vaccine development studies.
Benzer Tezler
- Pediatrik yaş grubunda gram negatif bakterilerde genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (gsbl) üretimine katkıda bulunan risk faktörlerinin araştırılması
Investigation of risk factors contributing to extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) production in gram-negative bacteria in pediatric age group
EBUBEKİR AKYÜZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKırıkkale ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BANU ÇELİKEL ACAR
- SBÜ Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi enfeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji kliniğinde yatarak takip edilen komplike ve komplike olmayan piyelonefrit olgularında eşlik eden risk faktörlerinin, izole edilen etkenlerin, direnç profillerinin ve ampirik tedavi uygunluğunun prospektif olarak değerlendirilmesi
Prospective evaluation of risk factors, isolated pathogens, resistance profiles, and empirical treatment suitability in complicated and uncomplicated pyelonephritis cases followed up in the department of infectious diseases and clinical microbiology at HSU Ankara training and research Hospital
GÜLŞAH GELİŞİGÜZEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
UZMAN ŞERİFE ALTUN DEMİRCAN
- İdrar kültürlerinden izole edilen escherichia coli suşlarında p fimbria varlığı ve antibakteriyellere karşı duyarlılıklarının incelenmesi
The investigation of p fimbriae presence in escherichia coli strains isolated from urine samples and their antibacterial resistance
EMEL İNEGÖL PAYKOÇ
Doktora
Türkçe
2016
MikrobiyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
- Escherichia coli ve klebsiella pneumoniae izolatlarına karşı plazomisin ve diğer aminoglikozidlerin etkinliklerinin karşılaştırılması
Comparison of activity of plazomicin and other aminoglycosides against escherichia coli and klebsiella pneumoniae isolates
GİZEM İNCE
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
MikrobiyolojiBaşkent ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN CENK MİRZA
- Klinik örneklerden izole edilen klebsiella suşlarının antibiyotiklere duyarlılıkları
Antibiotic susceptibility of klebsiella strains isolated from clinical specimens
EBRU KIRAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAfyon Kocatepe ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZAFER ÇETİNKAYA