Scytalidium thermophilum katalazı yanal kanalının katalitik aktivitedeki rolünün araştırılması
Investigation of lateral channel in catalytic activity of Scytalidium thermophilum catalase
- Tez No: 455541
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YONCA YÜZÜGÜLLÜ KARAKUŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Katalazlar en çok çalışılan enzim gruplarından biridir. Katalaz enziminin en önemli görevi hidrojen peroksiti, oksijen ve suya parçalamasıdır. Katalazlar filogenetik olarak üç gruba ayrılırlar. Bunlar; hem/demir içeren monofonksiyonel katalazlar, katalaz-peroksidazlar ve mangan içeren katalazlardır. Scytalidium thermophilum, hem/demir grubu içeren monofonksiyonel katalaz ailesine dâhil olan, hidrojen peroksidi su ve oksijene parçalanmasının yanısıra hidrojen peroksit yokluğunda herhangi bir kofaktöre ihtiyaç duymadan farklı özellikte fenolik bileşikleri okside etme yeteneğine sahip CATPO olarak isimlendirilen bir enzim üretmektedir. Katalaz üzerinde yapılan çalışmalarda aktif bölgeye uzanan üç kanalın varlığından söz edilmektedir. Bu kanalların görevleri, aktif bölgeye çeşitli substratların ve ürünlerin giriş-çıkışını sağlamaktır. Bu çalışmadaki amaç, üç kanaldan biri olan yanal kanalın katalitik aktivitedeki rolünü araştırmak üzere mutasyon çalışmaları gerçekleştirmek ve yapılan değişikliklerin spektroskopik ve yapısal olarak değerlendirilmesidir. Bu amaçla toplam 16 farklı CATPO mutasyonu gerçekleştirilmiştir. Yapılan spektroskopik çalışmalar sonucunda, yanal kanal girişinde bulunan Val228'in ‶hem″ oksidasyonunda rol oynadığı ve katalaz aktiviteyi önemli ölçüde negatif yönde etkilediği gözlenmiştir. Yanal kanalın iç kısmında yapılan değişiklikler ise katalaz aktivite yerine ikincil fenol oksidaz aktiviteyi etkilemiş olup, oksidatif aktivite kanal çapının daralmasıyla azalmıştır.
Özet (Çeviri)
Catalases are one of most studied groups of enzymes. Their main function is the decomposition of hydrogen peroxide into oxygen and water. Catalases are phylogenetically grouped into three families. These are the monofunctional heme-containing catalases, the catalase-peroxidases and the manganese catalases. Scytalidium thermophilum produces a monofunctional-like heme-containing catalase named as CATPO that exhibits oxidase activity in the the absence of hydrogen peroxide or any other cofactor used additional to its main function. Studies on catalase enzyme structure indicated the presence of three channels connecting the protein surface to the active site. These channels are proposed to be the routes by which the various substrates and products enter and exit the active site. The aims of this study are to perform mutation and analyze the resultant changes spectroscopically and structurally in order to investigate the role of the lateral channel in catalytic activity. For this reason, 16 mutant variants of CATPO have been generated in total. The spectroscopic studies revealed that Val228, presented in the entrance of lateral channel, plays a role in heme oxidation and significantly affects the catalytic activity in a negative maner. On the other hand, modifications in the interior of the lateral channel residues have effect on phenol oxidase activity rather than catalase and this secondary oxidative activity decreases with reducing channel diameter.
Benzer Tezler
- Scytalidium thermophilum çift aktiviteli katalaz-fenol oksidazın (CATPO) katalitik etkinliğinin arttırılması
Increasing the catalytic effectiveness of a bifunctional catalase-phenol oxidase (CATPO) from Scytalidium thermophilum
ÇİĞDEM AKÇAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyokimyaKocaeli ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YONCA YÜZÜGÜLLÜ KARAKUŞ
- Functional and structural analysis of catalase-phenol oxidase from Scytalidium thermophilum
Scytalidium thermophilum katalaz-fenol oksidazının fonksiyonel ve yapısal analizi
YONCA YÜZÜGÜLLÜ
Doktora
İngilizce
2010
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİCHAEL J. MCPHERSON
PROF. DR. ZÜMRÜT B. ÖGEL
- Scytalidium thermophilum katalaz-fenol oksidaz enzimi ana kanal yapısının katalitik aktivitedeki rolünün araştırılması
The role of Scytalidium thermophilum catalase-phenol oxidase enzyme to investigate catalytic activity of the main channel structure
MELİS ZENGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyokimyaKocaeli ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SEVGİ TÜRKER KAYA
- Characterization and analysis of the antioxidant capacity of functional phenolics oxidized by Scytalidium thermophilum catalase phenol oxidase (CATPO)
Scytalidium thermophilum katalaz fenol oksidazı (KATFO) tarafından okside olan fonksiyonel fenoliklerin karakterizasyonu ve antioksidan kapasitelerinin belirlenmesi
ULVİYE BETÜL SÖYLER
Doktora
İngilizce
2012
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL
YRD. DOÇ. DR. İLKAY ŞENSOY
- Cloning of the Scytalidium thermophilum bifunctional catalase/phenol oxidase gene and expression in Aspergillus sojae
Scytalidium thermophilum çift aktiviteli katalaz/fenoloksidaz geninin klonlanması ve Aspergillus sojae'de heterolog ifadesi
HATİCE ÖZLEM ERÇİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK BAKIR
PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL