Geri Dön

Scytalidium thermophilum katalazı yanal kanalının katalitik aktivitedeki rolünün araştırılması

Investigation of lateral channel in catalytic activity of Scytalidium thermophilum catalase

PDF İndir

  1. Tez No: 455541
  2. Yazar: SİNEM BALCI
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YONCA YÜZÜGÜLLÜ KARAKUŞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 99

Özet

Katalazlar en çok çalışılan enzim gruplarından biridir. Katalaz enziminin en önemli görevi hidrojen peroksiti, oksijen ve suya parçalamasıdır. Katalazlar filogenetik olarak üç gruba ayrılırlar. Bunlar; hem/demir içeren monofonksiyonel katalazlar, katalaz-peroksidazlar ve mangan içeren katalazlardır. Scytalidium thermophilum, hem/demir grubu içeren monofonksiyonel katalaz ailesine dâhil olan, hidrojen peroksidi su ve oksijene parçalanmasının yanısıra hidrojen peroksit yokluğunda herhangi bir kofaktöre ihtiyaç duymadan farklı özellikte fenolik bileşikleri okside etme yeteneğine sahip CATPO olarak isimlendirilen bir enzim üretmektedir. Katalaz üzerinde yapılan çalışmalarda aktif bölgeye uzanan üç kanalın varlığından söz edilmektedir. Bu kanalların görevleri, aktif bölgeye çeşitli substratların ve ürünlerin giriş-çıkışını sağlamaktır. Bu çalışmadaki amaç, üç kanaldan biri olan yanal kanalın katalitik aktivitedeki rolünü araştırmak üzere mutasyon çalışmaları gerçekleştirmek ve yapılan değişikliklerin spektroskopik ve yapısal olarak değerlendirilmesidir. Bu amaçla toplam 16 farklı CATPO mutasyonu gerçekleştirilmiştir. Yapılan spektroskopik çalışmalar sonucunda, yanal kanal girişinde bulunan Val228'in ‶hem″ oksidasyonunda rol oynadığı ve katalaz aktiviteyi önemli ölçüde negatif yönde etkilediği gözlenmiştir. Yanal kanalın iç kısmında yapılan değişiklikler ise katalaz aktivite yerine ikincil fenol oksidaz aktiviteyi etkilemiş olup, oksidatif aktivite kanal çapının daralmasıyla azalmıştır.

Özet (Çeviri)

Catalases are one of most studied groups of enzymes. Their main function is the decomposition of hydrogen peroxide into oxygen and water. Catalases are phylogenetically grouped into three families. These are the monofunctional heme-containing catalases, the catalase-peroxidases and the manganese catalases. Scytalidium thermophilum produces a monofunctional-like heme-containing catalase named as CATPO that exhibits oxidase activity in the the absence of hydrogen peroxide or any other cofactor used additional to its main function. Studies on catalase enzyme structure indicated the presence of three channels connecting the protein surface to the active site. These channels are proposed to be the routes by which the various substrates and products enter and exit the active site. The aims of this study are to perform mutation and analyze the resultant changes spectroscopically and structurally in order to investigate the role of the lateral channel in catalytic activity. For this reason, 16 mutant variants of CATPO have been generated in total. The spectroscopic studies revealed that Val228, presented in the entrance of lateral channel, plays a role in heme oxidation and significantly affects the catalytic activity in a negative maner. On the other hand, modifications in the interior of the lateral channel residues have effect on phenol oxidase activity rather than catalase and this secondary oxidative activity decreases with reducing channel diameter.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    419785

    Scytalidium thermophilum'dan ksi̇lanaz üreti̇mi̇ni̇n opti̇mi̇zasyonu, endüstri̇yel uygulamalar i̇çi̇n saflaştirilmasi ve karakteri̇zasyonu

    Optımızatıon of xylanase productıon from scytalıdıum thermophılum, purıfıcatıon and characterızatıon for ındustrıal applıcatıons

    NESLİHAN ÖZBEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyolojiKaramanoğlu Mehmetbey Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. DİDEM SUTAY KOCABAŞ

  2. Tez No

    255456

    Functional and structural analysis of catalase-phenol oxidase from Scytalidium thermophilum

    Scytalidium thermophilum katalaz-fenol oksidazının fonksiyonel ve yapısal analizi

    YONCA YÜZÜGÜLLÜ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİCHAEL J. MCPHERSON

    PROF. DR. ZÜMRÜT B. ÖGEL

  3. Tez No

    166993

    PCR cloning and heterologous expression of scytalidium thermophilum laccase gene in aspergillus sojae

    Scytalidium thermophilum lakkaz geninin PCR tekniği ile klonlanması ve Aspergillus Sojae'de heterolog ekspresyonu

    GÜLDEN KOÇLAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖĞEL

    PROF. DR. UFUK BAKIR

  4. Tez No

    27970

    Erzurum il sınırları içerisindeki bazı ilçe ve köylerde bulunan sığır ve koyun ahırlarındaki gübrelerin termifil ve termotole rant mikrofungus florası üzerine bir araştırma

    Başlık çevirisi yok

    SELAMİ YEŞİLYURT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Veteriner HekimliğiAtatürk Üniversitesi

    Fen Bilimleri Eğitimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMET HASENEKOĞLU

  5. Tez No

    153425

    Utilization of Scytalidium Thermophilum phenol oxidase in biorganic syntheses

    Scytalidium Thermophilum fenol oksidazının biyoorganik sentezlerde kullanılması

    YELDA KAPTAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜMRÜT ÖGEL

    PROF. DR. UFUK BAKIR

Geri Dön