Antepfıstığı türlerinde Alternaria yanıklık etmeni Alternaria spp.'nin popülasyon genetik analizleri
Population genetic analysis of Alternaria spp. causing Alternaria blight in Pistacia species
- Tez No: 457039
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. HİLAL ÖZKILINÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Alternaria, Genetik varyasyon, Sekans analizi, Eşey tipi, Alternaria, Genetic variation, Sequence analysis, Mating type
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Alternaria alternata ve A. tenuissima, Alternaria cinsi içerisinde alternata-tür grubunda yer alan ve geniş bir konukçu aralığına sahip fungal patojenlerdir. Bu patojenler, Antepfıstığı ve yabani akrabalarını içeren Pistacia türlerinde“Alternaria yanıklık”hastalığına yol açmaktadır. Patojen popülasyonların genetik yapılarının bilinmesi, bitki hastalıklarıyla mücadele için oldukça önemlidir. Bu açıdan ülkemizde Antepfıstığı ve yabani akrabalarında Alternaria yanıklık etmeni Alternaria spp. patojenlerinin Güneydoğu Anadolu ve Ege/Marmara Bölgeleri'ndeki popülasyonlarının genetik çeşitliliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu kapsamda 4 farklı konukçuya (Pistacia vera, P. terebinthus, P. lentiscus, P. atlantica) ait 50 izolat seçilmiş, OPA1.3 anonim DNA bölgesi ve protein kodlayan Alternaria major allergen a1 (Alt_a_1), endopolygalacturonase (EndoPG), histon-3 genlerine ait sekans verileri elde edilmiştir ve bu veriler üzerinden Neighbour-Joining ve Maksimum Parsimony ağaçları çıkarılmıştır. Yaygın klonal yapı ile beraber çeşitli dallanmalar görülmüş, ancak filogenetik açıdan kuvvetle ayrılan hatlar bulunmamıştır. Ayrıca aseksüel üreme yapısına rağmen MAT1 lokusunda farklı eşey tiplerini temsil eden Mat1.1 ve Mat1.2 genlerinin 1:1 oranındaki dağılımı da bu popülasyonlardaki genetik çeşitliliğe işaret eden diğer bir kanıt olmuştur. Mevcut genetik çeşitlilik ile coğrafik lokasyon veya konukçu gibi patojen orijin kaynakları arasında ilişki görülmemiştir. Ayrıca, EndoPG üzerinde TaqI restriksiyon kesim bölgelerine göre A. alternata/A. tenuissima ve Alternaria Yanıklık hastalığıyla ilgili diğer bir yakın tür olan A. arborescens'in ayrılabildiği tespit edilmiştir. Bu çalışma, TÜBİTAK-TOVAG 112O554 projesi desteği ile gerçekleştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Alternaria alternata and A. tenuissima, within alternata-species group of Alternaria genus, are fungal pathogens showing a broad host-range. These pathogens cause“Alternaria blight”disease on Pistacia species including pistachio and its wild relatives. It is important to know about population genetic structures of pathogens to manage plant diseases. Thus, it is aimed to investigate population genetic variations of Alternaria spp. from pistachio and its wild relatives from Southeastern and Aegean/Marmara Regions of Turkey. Fifty isolates from four host species (Pistacia vera, P. terebinthus, P. lentiscus, P. atlantica) were sequenced for OPA1.3 (an anonymous DNA region) and three protein-coding genes, Alternaria major allergen a 1 (Alt_a_1), endopolygalacturanase (EndoPG), histon-3, and Neighbour-Joining and Maksimum Parsimony trees were obtained based on sequence data. Besides dominantly clonal structure, some genetic clusters were visualized, but none of these branches were supported as a divergent phylogenetic lineage. In addition to that, even though asexuality, 1:1 ratio of Mat1.1 and Mat1.2 genes, which indicate different mating types at Mat1 locus, is another evidence for genetic variability within populations. There was no relation about these genetic variabilities and pathogen origin sources such as geographic region or host species. Furthermore, it is found that A. alternata/A. tenuissima and A. arborescens which is another closely related species causing Alternaria blight could be distinguished based on a TaqI restriction site in the EndoPG region. This study was supported by TUBITAK-TOVAG 112O554 project.
Benzer Tezler
- Pistacia türlerinde in vitro sürgün ucu aşılama
In vitro shoot tip grafting in Pistacia species
HAKAN TÖREMEN
- Menengiç tohumlarından yağ eldesi: Sulu ekstraksiyona enzim ve yüzey aktif madde etkisi
Oil extraction from terebinth seeds: Effect of enzyme and surfactant on the aqueous extraction
HÜLYA SİDAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLDEM ÜSTÜN
- Bazı Pistacia türlerinde tohum çimlenmesi ve çöğür gelişimi üzerine değişik uygulamaların etkileri
Effects of different applications on seed germination and seedling growth of some Pistacia sp.
HALİL YAŞAR
- Development of SSR markers by next generation sequencing in pistacia, genetic linkage mapping and QTL analysis using an inter-specific F1 population
Yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak pistacia türlerinde SSR markörlerin geliştirilmesi ve türlerarası F1 populasyonu kullanılarak genetik haritalama ve QTL analizleri
ELMIRA ZIYA MOTALEBIPOUR
Doktora
İngilizce
2017
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Bazı meyve türlerinde aşılı kök çelikleri ile fidan üretim olanakları
Some fruits species grafted root cutting with seedling production possibilities
YAKUP KADİR KÖMÜR
Doktora
Türkçe
2019
ZiraatBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURAN KARADENİZ