Apomikt Boechera türlerinde CENH3 geninin karekterizasyonu
Characterization of the CENH3 gene in apomict Boechera species
- Tez No: 457117
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 53
Özet
Bu tezde, apomikt ve seksüel Boechera türlerinde CENH3 (sentromer spesifik H3 varyantı) gen yapısı ve gametofit ve tohum gelişimi sırasındaki anlatımı araştırılmıştır. CENH3 geni sentromere özgü bir histon varyantı kodlar. Bu protein hücre bölünmesi sırasında kromozomların ayrılmasında rol alır. Çalışmada, Boechera türlerine ait CENH3 gen dizileri nükleotid veri bankalarından elde edilmiştir. Bu diziler daha sonra, çeşitli biyoinformatik araçlar ile analiz edilmiş ve proteinin moleküler ağırlığı, 3D görüntüsü ve hücre lokalizasyonu belirlenmiştir. Daha sonra, CENH3 ile benzerlik gösteren diğer türlerdeki protein dizileri kullanılarak UPGMA ve Neighbour Joining yöntemleriyle filogenetik ağaç çizilmiştir. Ayrıca, dizilerden gene özgü primerler seçilmiştir. Çalışmada, CENH3 geninin Boechera türlerinde açmamış tomurcuk ve baklalarındaki anlatımları gerçek zamanlı (real-time) polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) tekniği ile incelenmiştir. Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonunda apomikt türlerde, CENH3 geninin mRNA anlatımının daha fazla olduğu gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
In this thesis, the structure and expression levels of CENH3 gene during seed and gametophyte development of apomict and sexual Boechera species were investigated. CENH3 gene encodes a centromere specific histone 3 (H3) variant. This protein has a role in chromosome segragation during cell division. The nucleotide sequences of CENH3 genes from Boechera species were obtained from the nucleotide databases. The 3D structure, molecular weight and localizations in cell of the CENH3 protein were determined by various bioinformatic tools. Then, a phylogenetic tree was drawn with the 'UPGMA' and 'Neighbour Joining' methods using the orthologs proteins by Geneious R8. Also, the gene specific primers were designed. The expressions in the un-opened bud and young siliques from Boechera species were investigated with real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) technique. The results showed the levels of CENH3 mRNAs were increased in apomicts.
Benzer Tezler
- Apomikt ve seksüel boechera türlerinde SWI1/DYAD geni ve ifadesinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization and expression patterns of SWI1/DYAD gene in apomictic and sexual boechera species
GÖZDE NİŞLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN
- Apomikt ve seksüel boechera türlerinde DNA metiltransferaz genlerinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of DNA methyltransferases gene in apomict and sexual boechera species
ŞEBNEM GÜNEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN
- Apomikt Boechera holboellii (hornem.) A. Löve ve D.Löve türünde DYAD gen ortoloğunun karekterizasyonu
Characterization of DYAD orthologs in apomict Boechera holboellii
FATİH SEZER
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEMAL MELİH TAŞKIN
- Seksüel ve apomikt Boechera türlerinde parental etiketli bazı genlerin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of some parentally imprinted genes in sexual and apomict Boechera species
ASLIHAN ÖZBİLEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN
- Doğal Apomikt arabis türlerinden FIS geninin (fertilization independent seed) karakterizasyonu
Characterization of the FIS gene (fertilization independent seed) of naturel Apomict arabis species
SİBEL YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEMAL MELİH TAŞKIN