Array-CGH ile tespit edilen kopya sayısı değişikliklerinin doğrulanmasında kantitatif PCR yönteminin kullanılması
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 464056
- Danışmanlar: PROF. DR. FERDA EMRİYE PERÇİN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 121
Özet
İnsan genomunda yaklaşık 3,2 milyar nükleotid bulunmaktadır. Bireylerin genomları arasında, farklı büyüklüklerde değişiklikler olabilmektedir. Bu değişiklikler, insanların birbirinden farklı özelliklere sahip olmasını sağladığı gibi, hastalıklara da neden olduğu bilinmektedir. Tek nükleotid değişikliklerine tek nükleotid polimorfizmi (Single nucleotide polymorfism-SNP), kısa (2-50 baz) delesyon ve insersiyonlara indel, kromozom bölümlerinin 50 bazdan büyük değişikliklerine ise kopya sayısı değişimi (Copy Number Variation, CNV) adı verilmektedir. CNV'lerin hastalıklardaki önemi anlaşıldıkça bunları saptamaya yönelik yöntemler de gelişmeye başlamıştır. CNV araştırmalarında, genom boyu veya hedefe yönelik yöntemler kullanılmaktadır. Array tabanlı komperatif genomik hibridizasyon (Array CGH) ve tek nükleotid polimorfizm (Single Nucleotide Polymorphisim, SNP) array, genel isimlendirme olarak kromozomal mikroarray, entelektüel yetersizlik, gelişme geriliği ve çoklu konjenital anomalisi olan hastalarda ilk seçenek tanı testi olarak önerilmektedir. Günümüzde CNV saptamada kullanılan standart metod, array-CGH'dir ancak teknik nedenlerden kaynaklanan yanlış pozitif sonuçlar nedeniyle, yanlış tanıya yönlendirebilmektedir. Bu nedenle, fenotipik etkisi olduğu düşünülen değişikliklerin güvenilir bir yöntem ile doğrulanması gerekmektedir. Bu tez çalışmasında hedefe yönelik bir CNV saptama yöntemi olan kantitatif real-time PCR (qPCR)'ın doğrulama çalışmalarında güvenilirliğinin gösterilmesi; ayrıca, doğrulanan spesifik mikrodelesyon/mikroduplikasyon sendromlarının genotip/fenotip korelasyonu yapılarak literatüre katkı sağlanması amaçlanmıştır. Bu araştırma retrospektif bir çalışma olup, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na entelektüel yetersizlik ve/veya çoklu konjenital anomali nedeniyle başvuran, klinik değerlendirme sonucunda Array-CGH uygulanan ve sonuçların doğrulanması için qPCR yöntemi uygulanmış olan 10 hastanın 10 CNV bölgesi değerlendirilmiştir. qPCR çalışmasında 10 CNV'den 2'sinin yanlış pozitif olduğu saptanmış, 8'i başarı ile doğrulanmıştır. Doğrulanan 8 CNV'den 4'ünün ailesel (3'ü anneden 1'i babadan), 4'ünün de novo olduğu görülmüştür. Bu sonuçlar; array CGH'te saptanan ve hastanın kliniği ile ilişkili olabilecek değişikliklerin mutlaka ikinci bir yöntemle doğrulanması gerektiğini ve literatürdeki güvenilirlik çalışmalarıyla birlikte, qPCR'ın bu amaçla güvenle kullanılabilecek bir yöntem olduğunu göstermiştir. Doğrulama çalışmalarının ebeveynlerle birllikte yapılması, CNV'lerin patojenite değerlendirmesine katkıda bulunmuş ve doğru genetik danışma verilmesini sağlamıştır. Bu tez çalışmasında ayrıca doğrulanan mikrodelesyon/ mikroduplikasyonlarda bulunan HTR7, CDC16, OPHN1, GLRA1, ATP6AP2 genleri ile hastaların kliniği arasında genotip/fenotip korelasyonu yapılmış ve literatüre katkı sağlanacağı düşünülmüştür.
Özet (Çeviri)
The human genome contains approximately 3,2 billion nucleotides. There are different size of variations between individuals which are the basis for phenotypic variations or may be the cause for diseases. Single nucleotide changes from the reference genome are called single nucleotide polymorphism (SNP), short (2-50 bases) deletions and insertions are named indels and chromosome changes greater than 50 bases are called copy number variation (CNV). As the importance of CNVs are recognized in diseases, methods for detecting them have increased to develop. Genome-wide or targeted methods are used in CNV studies. Array-based Comperative Genomic Hybridization (Array-CGH) and Single Nucleotide Polymorphism Array (SNP Array), chromosomal microarray as the general name, is suggested as the first choice diagnostic test in patients with intellectual disability, developmental delay and multiple congenital abnormalities. The standard method used in CNV detection today is array-CGH but it may lead to false positive results due to technical reasons. Therefore copy number changes that are thought to heve phenotypic effects need to be confirmed by a reliable method. In this study, it is aimed to demonstrate the reliability of a targeted CNV detection method, quantitative real-time PCR (qPCR) in validation studies and also to contribute to the literature by correlating the genotype / phenotype of specific microdeletion / microduplication syndromes confirmed. This study was a retrospective study evaluating 10 CNV regions of 10 patients who applied to Gazi University Medical Genetics Department due to intellectual disability and / or multiple congenital anomalies. After clinical evaluation, Array-CGH and then qPCR methods were applied to confirm the results. In the qPCR trial, 2 out of 10 CNVs were found to be false positive and 8 were successfully verified. Of the 8 confirmed CNVs, 4 were familial (3 maternal and 1 paternal) and 4 were novo. These results have shown that phenotypically important copy number changes detected in the array CGH should be confirmed with a second method and together with reliability studies in the literature, qPCR is a safe method for this purpose. Verification studies in conjunction with parents has contributed to the pathogenicity assessment of CNVs and provided a more accurate genetic counseling. It is also thought that this study will contribute to the literature with genotype/ phenotype correlation of HTR7, CDC16, OPHN1, GLRA1, ATP6AP2 genes the confirmed microdeletions / microduplications.
Benzer Tezler
- Kronik lenfositik lösemi olgularında 13Q delesyon büyüklüğünün CGH+SNP array yöntemi ile araştırılması
Investigation of 13q deletion size in patients with chronic lymphocytic leukemia by CGH + SNP array method
SEVGİ IŞIK
Doktora
Türkçe
2020
GenetikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEYHAN DURAK ARAS
- Konjenital/idiyopatik skolyozlu hastalarda array tabanlı karşılaştırmalı genom hibridizasyonu ile tüm genom analizi
Whole genome array-cgh analysis of congenital idiopathic scoliosis patients
ALİ GÖKGÖZ
- Array-CGH çalışmasında saptanan kopya sayısı değı̇şı̇mlerı̇nı̇n sınıflandırılması
Classification of Copy Number Changes Detected in the Array-CGH Study
SELEN AYŞE ÇERÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİRSEN KARAMAN
DOÇ. DR. BİLGE ŞADAN SELÇUK
- İskelet displazilerine özgü array-CGH dizaynı ve uygulaması
A custom-mode design and application of array-CGH specific for skeletal dysplasia disorders
HATİP AYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Genetikİstanbul ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SEVEN
- İntrakraniyal anevrizmalarda kopya sayısı varyasyonlarının array CGH yöntemi ile incelenmesi
Investigation of copy number variations in intracranial aneurysms by array CGH method
BETÜL ASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GenetikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN