Mining the Toxoplasma gondii genome for microRNA regulatory patterns
Toxoplasma gondii genomundan düzenleyici microRNA şablonlarının çıkarılması
- Tez No: 473181
- Danışmanlar: DOÇ. DR. JENS ALLMER, PROF. DR. BİLGE KARAÇALI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 59
Özet
Toxoplasma gondii, doğuştan aktarıldığında zeka geriliği, körlük ya da psiko-motor performansında düşüşlere sebebiyet vermektedir. İnsanları bu parazitten korumak adına aşı çalışmaları yapılmış, fakat başarılı olunamamıştır. Bu yüzden, mikroRNA düzenlemeleriyle Toxoplasma gondii'yle ilgili daha çok bilgi sağlanması amaçlanmıştır. MikroRNAların, haberci RNA'ları düzenleyerek protein oluşturmalarını engelledikleri bilinmektedir. Bu düzenleme, farklı biyolojik yolaklarda farklı etkilere sebebiyet vermiştir. Bu çalışmada, Toxoplasma gondii genomu, deneysel olarak doğrulanmıs¸ mikroRNA'ları da göz önünde bulundurularak, öncü ve olgun mikroRNA'ların tahmininde kullanılmıştır. Bu, Toxoplasma gondii'nin bilinen genleriyle, mikroRNA hedeflemesi açısından da incelenmiştir. Bu organizmanın RNA dizileme verisi, gen ve olası mikroRNA ifadeleri incelenmek üzere elde edilmiş ve analiz edilmiştir. Gen ifadesi analizi, hedefleme tahminleriyle birleştirilerek mikroRNA - gen etkileşimleri çıkartılmıştır. Gen ifadesi analizi, Toxoplasma gondii'nin iki gelişme safhası olan tachyzoite ve bradyzoite arasında gen, mikroRNA veya etkileşim ifade farklılıklarının olmadığını göstermiştir. Bu sonuçlar etkileşimlere eklenerek yukarı ve aşağı düzenlemeler belirlenmiştir. Sonrasında bu etkileşimler, kesişim noktalarından bağlanarak mikroRNA düzenleyici ağı oluşturulmuştur. Bu ağ, aynı büyüklükteki rastlantısal ağlarla karşılaştırılmıştır. Biyolojik ağın daha büyük kliklere sahip olduğu görülmştür. Bu bilgi gelecek çalışmalarla, Toxoplasma gondii'nin hayati yolaklarını hedefleyecek ilaç oncüleri yaratılması için incelenebilir
Özet (Çeviri)
Toxoplasma gondii is a parasite that causes mental retardation, blindness or nearblindness, and decreased psycho-motor performance if the patient is congenitally infected. There have been efforts to vaccinate humans against this parasite, yet it was not achieved. Therefore, a better understanding of Toxoplasma gondii can be provided by examining its microRNA regulation. MicroRNAs are known to regulate messenger RNAs and prevent translation. This results in different effects in different biological pathways. In this study, the Toxoplasma gondii genome was used to predict precursor and mature microRNAs, while experimentally validated microRNAs were taken into consideration. This was further explored in terms of microRNA targeting, with the known genes of Toxoplasma gondii. Furthermore, RNA Sequencing data of this organism was obtained and analysed in terms of gene expression and possible microRNA expression outcomes. Combining gene expression analyses with targeting predictions, it was possible to create a microRNA - gene interaction network. Gene expression analyses showed that there was no differentially expressed genes, microRNAs or interactions between two developmental stages of Toxoplasma gondii, tachyzoite and bradyzoite. This result was added to interactions to determine up and down regulations. Then, all of these interactions were connected where they intersect, to create a regulation network of microRNAs. This network was further explored and compared to random networks of the same size. It was seen that the biological network contains many larger sized cliques. This knowledge can be further analysed in future work, to create drug leads that will target vital pathways of Toxoplasma gondii.
Benzer Tezler
- Plasmodium vivax laktat dehidrogenaz enzimindeki aktif bölge halkasının ve kofaktör bağlanma bölgesinin diğer apikompleksan laktat dehidrogenaz enzimleri ile karşılaştırmalı analizi
Comparative analysis of active site loop and cofactor binding site of Plasmodium vivax lactate dehydrogenase enzyme with other apicomplexan lactate dehydrogenase enzymes
VENHAR ÇELİK
- Etibakır A.Ş. Küre bakır madeni yer altı üretim yönteminin teknik ve ekonomik açıdan irdelenmesi
Investigating the underground mining method of Etibakir CO. Küre copper mine technically and economically
ALPER GÖNEN
Doktora
Türkçe
2010
Maden Mühendisliği ve MadencilikDokuz Eylül ÜniversitesiMaden İşletme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL KÖSE
- CBS tabanlı maden ruhsat bilgi sisteminin oluşturulması
Creating the mining licence information system based on geographical information system (GIS)
ZEYNEP ACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Maden Mühendisliği ve MadencilikDokuz Eylül ÜniversitesiMaden İşletme Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞATAY PAMUKÇU
- Veri madenciliği: Öğrenci verileri üzerinde uygulamaları
Data mining: The application on students data
ABDULLAH BAYKAL
