Geri Dön

Klinik örneklerden izole edilen mikobakteri suşlarının hsp65 pcr-rflp yöntemi ile identifikasyonu

Identification of mycobacterial strains isolated from clinical specimens via hsp65 pcr-rflp method

  1. Tez No: 476374
  2. Yazar: AYŞE BARIŞ
  3. Danışmanlar: UZMAN DR. BANU BAYRAKTAR
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: PCR-RFLP, hsp65, M. tuberculosis complex, Non Tuberculous Mycobacteria
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bakanlığı
  10. Enstitü: İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 82

Özet

ÖZET Barış A. (2010). Klinik örneklerden izole edilen Mikobakteri suşlarının hsp65 PCR-RFLP Yöntemi ile identifikasyonu. Sağlık Bakanlığı Şişli Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji ve Klink Mikrobiyoloji Laboratuvarı. Tıpta Uzmanlık Tezi. İstanbul. Mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanması, patojen olan türlerin patojen olmayanlardan ayrımı, uygun tedavi rejiminin seçimi ve epidemiyolojik verilerin toplanması için önemlidir. Geleneksel yöntemler ile laboratuar tanısı zaman alıcı ve zahmetli olan mikobakterilerin identifikasyonu için daha hızlı, duyarlı ve güvenilir yöntemlere gereksinim duyulmaktadır. Bu çalışmanın amacı mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanmasında hsp65 PCR-RFLP yönteminin, rutin laboratuar kullanımı için uygunluğunun belirlenmesidir. Şişli Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda Ocak 2007-Aralık 2009 tarihleri arasında izole edilen 141 mikobakteri suşunun identifikasyonu, biyokimyasal yöntemlerden MGIT PNB, niasin, nitrat redüktaz deneyleri ve moleküler yöntemlerden hsp65 PCR-RFLP yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Mikobakteri kültürü yapılması istenen 1632 hastanın klinik örnekleri MGIT ve LJ besiyerlerine ekilmiş ve 141 hastadan ardışık olarak mikobakteri üretilmiştir. MGIT kültür yöntemi ile izole edilen 141 suşun ancak 120' si (%85) LJ besiyerinde üretilebilmiştir. Kültüründe üreme saptanan 141 örneğin %33' ünde Ehrlich- Ziehl-Neelsen (EZN) ve Auromine-Rhodamine yöntemleri ile aside dirençli basil saptanmıştır. Kültürde üreyen mikobakterilerin identifikasyonu amacıyla konvansiyonel yöntemler uygulanarak 138 suş M. tuberculosis kompleks (MTBC), 3 suş tüberküloz dışı mikobakteri (NTM) olarak saptanmıştır. Moleküler yöntemlerden hsp65 PCR-RFLP yöntemi kullanılarak 137 suş MTBC, 4 suş NTM olarak saptanmıştır. Moleküler yöntem ile NTM olarak tanımlanan 4 suşun birinde PNB duyarlı olarak saptandığı için konvansiyonel yöntem ile MTBC olarak değerlendirilmiştir. Tüberküloz dışı mikobakterilerin hsp65 PCR-RFLP yöntemi ile identifikasyonunda 1 suş M. abcessus, 3 suş M. avium kompleks olarak tanımlanmıştır. Çalışmamızda NTM' ler de dahil mikobakterilerin identifikasyonuna olanak sağlayan Hsp65 PCR-RFLP yönteminin, kliniğe hızla bilgi vermek açısından, ucuz, kolay ve rutin kullanıma uygun bir yöntem olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler : PCR-RFLP, hsp65, M. tuberculosis complex, Tüberküloz dışı mikobakteriler

Özet (Çeviri)

ABSTRACT Baris A. (2010) Identification of Mycobacterial strains isolated from clinical specimens via hsp65 PCR-RFLP method. Health Ministry the Sisli Etfal Training and Research Hospital Microbiology and Clinical Microbiology Laboratory. Thesis for specialisation in medicine. Istanbul Mycobacterial identification to the species level is important for, discrimination of a nonpathogenic species from pathogenic species, selecting proper treatment regimen and collecting epidemiological data. Because the conventional methods for mycobacterial identification are time consuming and labor intensive, there is a need for rapid, sensitive and reliable methods. The aim of this study was to determine whether species identification of mycobacteria using hsp65 PCR-RFLP serves as routine application in a laboratory. A total of 141 mycobacterial isolates were obtained from 1632 patients submitted to the Şişli Etfal Training and Research Hospital, Microbiology and Clinical Microbiology Laboratory between January 2007 and December 2009. Species identification was performed for all isolates using conventional biochemical methods including MGIT PNB, niacin, nitrate reductase assays and hsp65 PCR-RFLP. Mycobacterial culture requested clinical samples belonged 1632 patients were inoculated MGIT and LJ medium and of them 141 mycobacteria were isolated by MGIT culture consequitively. 120 (85%) out of 141 strains were also showed growth in LJ medium. Acid-fast bacilli was detected in 33% of the mycobacterial culture positive samples with Ehrlich-Ziehl-Neelsen (EZN) and Auromine-Rhodamine stains. 138 Mycobacterium isolates obtained from clinical specimens were identified as M. tuberculosis complex (MTBC) and three as NTM according to conventional methods. By using the PCR-RFLP as a molecular method, 137 strains were identified as MTBC and 4 strains were identified as NTM. One of four strains identified as NTM by molecular methods was evaluated as MTBC by conventional methods, since PNB was detected as susceptible. By the identification of non-tuberculous mycobacteria with hsp65 PCR-RFLP method, 1 strain was identified as M. abcessus and 3 strains were identified as M.avium complex. In our study, it has been showed that hsp65 PCR-RFLP method enable the identification of the mycobacteria including the NTM. Moreover it is a cheap, easy and convenient method for routine use in clinical microbiology laboratories.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    501786

    Klinik örneklerden izole edilen tüberküloz dışı mikobakteri TDM suşlarının tanımlanmasında MALDI-TOF MS yönteminin yeri

    Place of MALDI-TOF MS method in the identification of non-tuberculous mycobacteria strains isolated from clinical samples

    MELDA DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DİLEK ŞATANA

  2. Tez No

    230288

    Yöremizde izole edilen mikobakteri suşlarının anti-tüberküloz ilaçlara karşı in-vitro duyarlılığının araştırılması

    Investigation of in vitro susceptibilities of mycobacteria strains isolated in our region against anti-tuberculosis

    HAKAN İGAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    MikrobiyolojiAtatürk Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. AYŞE ESİN AKTAŞ

  3. Tez No

    272659

    Klinik örneklerden izole edilen mikobakterilerin iki farklı yöntemle tanımlanması

    Identification of the mycobacteria isolated from clinical samples with two different methods

    FİGEN KAYSERİLİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    MikrobiyolojiAtatürk Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ESİN AKTAŞ

  4. Tez No

    812645

    Klinik örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks türlerinin gyrB PCR-RFLP Yöntemi ile belirlenmesi

    Identification of Mycobacterium tuberculosis complex strains isolated from clinical specimens via gyrB PCR-RFLP method

    ALPER TOGAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BANU BAYRAKTAR

  5. Tez No

    412480

    İzoniazide dirençli mycobacterium tuberculosis suşlarında minimal inhibitör konsantrasyonun ve gen mutasyonlarının belirlenmesi

    Defining of gene mutations and minimal inhibitor concentrations in isoniazide resistant mycobacterium tuberculosis strains

    ESRA YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MELTEM UZUN

Geri Dön