Geri Dön

OXA-48 direnç geninin tespitinde temosilin disk testi, chromid oxa-48 agar ekimi, immunokromotografik k-set testinin kıyaslanması

Comparison of temocillin disc diffusion assay, K-SET immunochromatographic assay and inoculation in chromid AXO-48 medium for detecting OXA-48 resistance gene

PDF İndir

  1. Tez No: 481044
  2. Yazar: ERKAN SANMAK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. RIZA ADALETİ
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: İstanbul Haydarpaşa Numune Eğt. ve Arş. Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 79

Özet

Klebsiella pneumoniae özellikle nozokomiyal enfeksiyonlarda morbidite ve mortaliteye neden olan bir patojendir. Klebsiella pneumoniae'da karbapenemaz direnci her geçen gün artmaktadır. Ülkemizde görülen karbapenemaz kaynaklı direncin en sık nedeni sınıf D OXA-48 grubundadır. Bu sınıf karbapenemazın saptanmasında altın standart moleküler yöntem olmakla birlikte bu yöntemin pahalı ve zor ulaşılabilir olmasından dolayı moleküler dışı yöntemler ön plana çıkmaktadır. Bu tez çalışmasında OXA-48 direnç geninin tespitinde kullanılan moleküler dışı yöntemlerin duyarlılık ve özgüllüklerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya bir yıllık süreçte klinik örneklerden izole edilen toplam 45 karbapenemaz dirençli Klebsiella pneumoniae suşu dahil edilmiştir. Tüm izolatlarda real time PCR, temosilin disk difüzyon testi, K-SET immunokromotografik yöntem ve ChromID OXA-48 agara ekim yapılmıştır. İstatistiksel Analizler IBM Statististics 20.0 (SPSS) ile yapılmıştır. Test sonuçları duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer, negatif prediktif değer, toplam doğruluk oranı, ROC Curve analizi ile değerlendirilmiştir. K-SET testi karbapenemaz dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarının saptanmasında altın standart test PCR ile %100 uyumlu bulunmuştur. ChromID OXA-48 agar yöntemi ile duyarlılık %100, özgüllük %88.8 olarak tespit edilmiştir. Temosilin disk difüzyon yönteminin ise duyarlılığı %100, özgüllüğü %77.8 bulunmuştur. Test verileri değerlendirildiğinde immunokromotografik K-SET testi en yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahiptir. Diğer testlerin duyarlılıkları %100 olmasına rağmen yanlış pozitifliklerden dolayı özgüllükleri daha düşüktür. K-SET testinin OXA-48'in endemik olarak bulunduğu bölgelerdeki yoğun bakım hastalarının Gram (-) üremelerinde rutine girebileceği kanısındayız. Diğer taraftan ise ChromID OXA-48 agar ve temosilin disk difüzyon testinin KDKP yönünden tarama ve tanı algoritmasında bir basamak olarak kullanılabileceği düşüncesindeyiz. Ancak vaka sayımız kısıtlı olduğundan karbapenem direncindeki diğer mekanizmaları da hızlı ve yüksek doğrulukta ortaya koyacak şekilde geniş kapsamlı çalışmaların yapılması gerekmektedir.

Özet (Çeviri)

Klebsiella pneumoniae is a pathogen that causes morbidity and mortality, especially in nosocomial infections. Carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae increases day by day. Most common cause of carbapenem resistance in our country is in class D OXA-48 group. This class is currently the gold standard molecular method for identification of carbapanemase but because of its cost and access difficulty, non-molecular methods come into prominence. In this thesis study, we aimed to analyze sensitivity and specificity of non-molecular methods which are used to identify OXA-48 resistance gene. The study included 45 carbapenem resistant Klebsiella Pneumoniae strains that were isolated from clinical samples within one year period. Real time PCR, temocillin disc diffusion assay, K-SET immunochromatographic assay and inoculation in ChromID OXA-48 medium were performed with all isolates. Statistical analysis was run with Statistical Package IBM Statistics (SPSS) 20.0. Test results were evaluated according to results of sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, total accuracy rate and ROC curve analysis. K-SET assay was found %100 compatible with gold standard PCR for identification of Klebsiella pneumoniae strains. %100 sensitivity and %88.8 specificity were found with ChromID OXA-48 medium method. Sensitivity and specificity of temocillin disc diffusion assay were found %100 and %77.8, respectively. When test data was evaluated, immunochromatographic K-SET assay had the highest sensitivity and specificity. Even though other tests had %100 sensitivity, their specificities were lower due to false positivity. We believe K-SET assay can be used in routine for Gram (-) bacterial growth of intensive care patients in OXA-48 endemic-regions. On the other side, we think ChromID OXA-48 medium and temocillin disc diffusion assay might be used as a step for algorithm of screening and diagnosis for carbapenem resistant Klebsiella Pneumoniae. However, since our sample is small, further larger studies that will reveal other mechanisms of carbapenem resistance in a faster and more accurate manner are required.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    659271

    Çocuk idrar örneklerinden escherichia coli izolasyonu; genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz pozitif izolatların antibiyotik duyarlılıkları, direnç ile virülens genlerinin analizi ve filogenetik gruplarının belirlenmesi

    Escherichia coli isolation from child urine samples; antibiotic sensitivity of expanded spectrum beta-lactamase positive isolates, analysis of resistance and virulian genes and determination of phylogenetic groups

    HİCRAN ALKAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    MikrobiyolojiKafkas Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİTAT ŞAHİN

  2. Tez No

    858151

    Detection of the OXA 48 gene responsible for carbapenem resistance in uropathogenic Esherichia coli isolated from patients with and without COVID-19 in Iraq

    Irak'ta COVID-19 olan ve olmayan hastalardan izole edilen üropatojenik Esherichia coli'de karbapenem direncinden sorumlu OXA 48 geninin tespiti

    AHMED HAMID SEBT JANABI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞİNASİ AŞKAR

    PROF. DR. TAGHREED KUDUR MOHAMMED

  3. Tez No

    632494

    Klebsiella pneumoniae izolatlarında karbapenem ve kolistin direnç mekanizmalarının moleküler olarak araştırılması

    Molecular investigation of carbapenem and colistin resistance mechanisms in klebsiella pneumoniae isolates

    NESLİHAN GENİŞEL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDicle Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KADRİ GÜL

  4. Tez No

    474578

    Karbapenem dirençli klebsıella pneumonıae ve escherıchıa colı suşlarında blaOXA-48, blaKPC, blaIMP, blaVIM ve blaNDM direnç genlerinin araştırılması

    Investigation of blaOXA-48, blaKPC, blaIMP, blaVIM ve blaNDM resistance genes on carbapenem resistant klebsiella pneumoniae and escherichia coli strains

    AYLİN ÜSKÜDAR GÜÇLÜ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET BAYSALLAR

  5. Tez No

    447290

    Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında direnç genleerinin belirlenmesi ve direnç plazmitlerinin polimeraz zincir reaksiyonu temelli replikon tiplendirmesi

    Characterization of resistance genes and polymerase chain reaction based replicon typing in carbapenem resistant klebsiella pneumoniae, department of clinical microbiology

    FATMA ERDEM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ

Geri Dön