Geri Dön

Farklı klinik numunelerden izole edilen e. coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem, kinolon, kolistin direncinin araştırılması ve karbapenem dirençli suşlarda multipleks pcr yöntemi ile kpc, ndm, vım, oxa-48, ımp-1 genlerin tespiti

An investigation of carbapenem, quinolone and colistin resistance in e. coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical samples and detection of kpc, ndm, vim, oxa-48, imp-1 genes by multiplex pcr in carbapenem-resistant strains.

PDF İndir

  1. Tez No: 494712
  2. Yazar: ÖZGE ALKAN BİLİK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: E. coli, Klebsiella pneumoniae, Karbepenem dirençli Enterobacteriaceae, Multiplex PCR, OXA-48, NDM, VIM, IMP-1, MHT, KDT, E.coli, Klebsiella pneumoniae, Carbepenem resistance Enterobacteriaceae, Multiplex PCR, OXA-48, NDM, VIM, IMP-1, MHT, CDT
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Harran Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Amaç: Karbapenem dirençli Enterobacteriaceae (KDE) sınırlı tedavi seçenekleri ile ciddi ve hayatı tehdit eden enfeksiyonlara neden olur. Karbapenem direncinin en sık nedeni karbapenem hidrolizi yapan karbapenemazlardır. A sınıfı (KPC), B sınıfı (IMP, VIM, NDM) ve D sınıfı (OXA-48) karbapenemazlar en sık saptananlardır. Bu çalışma ile Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde çeşitli klinik örneklerden izole edilen E. coli ve K. pneumoniae suşlarında bazı antibiyotik direnç oranlarını belirlemek, fenotipik ve moleküler yöntemlerle karbapenem direnç mekanizmalarını göstermek amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışma, retrospektif veri analizi ve karbapenem direnç mekanizmalarının gösterilmesi olmak üzere iki aşamada planlandı. Çalışmanın retrospektif ayağında; Temmuz 2016- Temmuz 2017 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi klinik ve yoğun bakımlardan bakteriyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 922 E. coli ve 564 K. pneumoniae izolatı olmak üzere toplam 1486 izolatın antibiyotik duyarlılık profilleri incelendi. İkinci aşamada, PhoenixTM 100 (Becton-Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile karbapenemlerden biri veya birkaçına orta dirençli veya dirençli bulunan izolatlardan 15 E. coli, 74 K. pneumoniae olmak üzere toplam 89 KDE izolatı çalışmaya dahil edildi. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile de değerlendirildi. Karbapenemazların fenotipik yolla saptanması için Modifiye Hodge testi, kombinasyon disk testi (KDT) ve çift disk sinerji testi çalışıldı. KPC, NDM, VIM, OXA-48 ve IMP-1 karbapenemaz genlerini saptamak için Xpert Carba-R (Cepheid, ABD) multiplex PCR sistemi kullanıldı. Bulgular: Ertapenem, imipenem, meropenem, siprofloksasin ve kolistin direnci E. coli suşlarında sırasıyla %20,9, %7,4, %6,7, %52,4 ve %2,7 olarak; K. pneumoniae suşlarında ise sırasıyla %52,8, %38,4, %32,8, %63,3 ve %23,2 olarak saptandı. Toplam 193 (% 20,9) E. coli ve 298 (% 52,8) K. pneumoniae izolatı karbapenemlerden en az birine dirençliydi. KDE görülme oranı erkek hastalarda kadınlara göre; yoğun bakım hastalarında da klinik hastalarına göre ve K. pneumoniae izolatlarında E. coli izolatlarına göre anlamlı olarak yüksek bulundu (p<0,05). KDE'lerin 65'inde (%73) tek başına OXA-48 geni, 4'ünde (%4,5) tek başına NDM geni, 6'sında (%6,7) OXA-48 ve NDM geni, 1'inde (%1,2) ise OXA-48, VIM ve IMP-1 genleri birlikteliği saptandı. On üç (%14,6) KDE izolatında ise OXA-48, NDM, VIM, IMP-1 ve KPC genlerinden hiçbiri saptanmadı. Karbapenemaz üreticilerini saptamada MHT duyarlılığı %93, özgüllüğü %100 olarak bulundu. OXA-48 üreticilerini saptamada MHT duyarlılığı %94 ve özgüllüğü %82 iken NDM geni için sırasıyla %90, %22 olarak tespit edildi. KDT'nin duyarlılığı %80, özgüllüğü %85 olarak bulundu. İzolatların 74'ünde (% 83,1) KDT'de gözlemlenen sinerji, saptanan direnç mekanizması ile uyumluydu. BD Phoenix sistemi, karbapenemaz üreticilerini tanımlamada Xpert Carba-R PCR ile % 86 uyumlu bulundu. Sonuç: Moleküler yöntemlerin çalışılamadığı durumlarda karbapenemaz varlığını öngörmede MHT; karbapenemaz tipini öngörmede kombinasyon disk testi, otomatize sistem ve antibiyotik direnç profilleri kullanılabilir.

Özet (Çeviri)

Aim: Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) cause serious and life-threatening infections with limited treatment options. The most common causes of carbapenem resistance are carbapenemases, which hydrolyze carbapenems. Class A (KPC), class B (IMP, VIM, NDM), and class D (OXA-48) carbapenemases are the leading ones. We aimed to determine some antibiotic resistance rates and to show carbapenem resistance mechanisms by phenotypic and molecular methods in E. coli and K. pneumoniae strains isolated from various clinical specimens in Dicle University Hospital. Material and Method: The study was conducted at Dicle University Hospital and scheduled in two stages: retrospective data analysis and demonstration of carbapenem resistance mechanisms. Antibiotic susceptibility profiles of a total of 1486 (922 E. coli and 564 K. pneumoniae) strains were retrospectively studied during July 2016 and July 2017. The isolates sent to the bacteriology laboratory were from inpatients of various clinical specimens including clinicals and intensive care units. In the second stage, 89 CRE isolates (15 E. coli, 74 K. pneumoniae) which were resistant or moderately resistant to one or more of the carbapenems with the Phoenix ™ 100 (Becton-Dickinson, USA) automated system were included. Antibiotic susceptibilities of isolates were also assessed by Kirby-Bauer Disc Diffusion Method. Modified hodge test (MHT), combination disc test (CDT) and double disc synergy tests were performed to detect carbapenemase as phenotypically. Xpert Carba-R (Cepheid, USA) multiplex PCR system was used to detect carbapenemase genes, KPC, NDM, VIM, OXA-48 and IMP-1. Findings: Ertapenem, imipenem, meropenem, ciprofloxacin and colistin resistance were found to be 20.9%, 7.4%, 6.7%, 52.4% and 2.7% respectively in E. coli strains, whereas in K. pneumoniae strains, 52.8%, 38.4%, 32.8%, 63.3% and 23.2%, respectively. A total of 193 (20.9%) E. coli and 298 (52.8%) K. pneumoniae were resistant to at least one of the carbapenems. The incidence of CRE was significantly higher in male patients than in women; in the intensive care patients than other inpatients. CRE rates were higher in K. pneumoniae isolates compared to E. coli isolates (p<0.05). OXA-48 gene alone was found in 65 (73%) isolates, NDM gene alone in 4 (4.5%), OXA-48 and NDM genes altogether in 6 (6.7%), OXA-48, VIM and IMP-1genes were found together only in one (1.2%) CRE isolate. None of the OXA-48, NDM, VIM, IMP-1 and KPC genes were detected in the rest thirteen (14.6%) CRE isolates. The sensitivity and specificity were calculated for the modified Hodge test. They were found to be respectively 93% and 100% for carbapenemase producing isolates; 94% and 82% for OXA-48 producers; 90% and 22% for NDM producers. The sensitivity and specificity of CDT were determined. They were 80% and 85% respectively. 74 of the isolates (83,1 %), the synergy observed in combination disc tests was compatible with the resistance mechanism detected. BD Phoenix system was found as 86% compatible with Xpert Carba-R PCR to identify carbapenemase producers. Conclusion: MHT can be used to predict the presence of carbapenemase whereas combination disc testing, automated systems and antibiotic resistance profile for carbapenemase typing when molecular methods are not available.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    1021939

    Klebsiella pneumoniae'nin farklı kapsüler tiplerine özgü faj türevli depolimeraz proteinin tanımlanması ve antimikrobiyal etkinliğinin değerlendirilmesi

    Identification of phage-derived depolymerase protein specific to different capsular types of Klebsiella pneumoniae and evaluation of its antimicrobial efficacy

    SEZİN ÜNLÜ ÇELEBİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    MikrobiyolojiBaşkent Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYLİN ÜSKÜDAR GÜÇLÜ

  2. Tez No

    781132

    Detection of antibiotic resistance genes among Enterobacteriaceae isolated from clinical and different sites closed of Iraqi hospitals

    Irak hastanelerinin yakınındaki klinik ve farklı bölgelerden izole edilen Enterobacteriaceae'lerde antibiyotik direnç genlerinin tespiti

    RASHA ALI HUSSEIN AL-KHAFAJI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEHRA KARAHAN

    PROF. DR. LABEEB AHMED KADHİM JEWAD AL-ZUBAIDI

  3. Tez No

    745948

    Hastane kaynaklı klebsiella pneumoniae'ya yönelik inaktif ve rekombinant aşı denemeleri

    Inactive and recombinant vaccine trials for hospital acquired klebsiella pneumoniae

    AYŞEGÜL İLBAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Veterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASLI SAKMANOĞLU

  4. Tez No

    591989

    Gram negatif bakterilerde çeşitli toksin ve beta laktamaz direnç genlerinin sıklığı ile çeşitli antimikrobiyallere duyarlılıkları

    Frequency of various toxin and beta lactamase resistance genes in gram negative bacteria and susceptibilities to antimicrobials

    İPEK YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiHatay Mustafa Kemal Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİZAMİ DURAN

  5. Tez No

    781557

    Microbial and antimicrobial study of bloodstream infection of recovered COVID-19 patients

    İyileşmiş COVID-19 hastalarının kan dolaşımı enfeksiyonunun mikrobiyal ve antimikrobiyal çalışması

    OMAR HUSSEIN ALI ALI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    MikrobiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ RAMAZAN SERDAR ESMER

    PROF. DR. HADEEL MİZHER YOUNIS

Geri Dön