Constructing reference datasets for evaluating automated compensation algorithms in multicolor flow cytometry
Çokrenkli akış sitometrisinde otomatik dengeleme algoritmalarının değerlendirilmesi için referans veri kümelerinin oluşturulması
- Tez No: 482478
- Danışmanlar: PROF. DR. BİLGE KARAÇALI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Elektrik ve Elektronik Mühendisliği, Biotechnology, Electrical and Electronics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 121
Özet
Bu çalışmada, BD FACSCanto akış sitometrisinde okunan değerlerin simülasyo-nunu yapmak için, belli hedef biyoişaret konsantrasyonuna sahip hücre profilleri oluşturu-larak ve bir akış sitometrisinde yer alan fiziksel olaylar modellenerek, nümerik bir platform oluşturduk. Çalışmanın asıl amacı; prospektif otomatikleştirilmiş dengeleme algoritmalarının değerlendirilebileceği gerçekçi veri setlerinin sağlanabilmesidir. Çalışmamız-da, ilk olarak flüoresan boyalarla boyanmış insan lenfositlerine dayanan, model hücre profillerini oluşturduk. İkinci olarak, bir hücredeki hedef proteinlerine bağlanmış her bir fluorokromun, uyarımından sonra fluoresans süresince yayılan foton sayısını belirlemeye odaklandık. Üçüncü olarak, BD FACSCanto akış sitometrisinin optik kanalının simülasyonunu yaptık ve farklı dedektörlere ulaşan ışınım yoğunluğunu belirlemek için bir stokastik foton sayma yöntemi uyguladık. Daha sonra, ulaşan fotonlara karşılık olarak, her bir hücrenin dedektör tepkilerini, voltaj sinyalleri olarak hesaplamak için bir ön amplifikatör devresini simüle ettik. Bu tamamlanmış platformu kullanarak, FITC ve PE fluorokromlarını kullanarak, + +, + -, - +, - - hücre gruplarını içeren, iki renkli akış sitometrisi veri setlerini oluşturduk. Üretilen veri setlerinin kullanılabilirliğini göstermek için iki farklı doğrusal dengeleme metodu uyguladık ve kompanse edilen veri setlerinin sonuçlarını hem doğrusal hem de logaritmik ölçekte karşılaştırdık. Elde edilen sonuçlar, geliştirilen platformu, dengeleme algoritmalarının doğrulanmasında kullanılmak üzere, gerçekçi çok-renkli akış sitometri veri setleri üretimi için önermektedir.
Özet (Çeviri)
In this thesis, we develop a numerical framework to simulate flow cytometry readings on BD FACSCanto flow cytometer by constructing cell profiles with specific target biomarker concentrations and modelling various physical phenomena involved in a flow cytometer. The principal aim of this thesis is to provide realistic datasets over which prospective automated compensation algorithms can be evaluated. In our study, we have first constructed model cell profiles based on human lymphocytes stained with fluorescent dyes. We secondly focused on determining the number of photons emitted from each fluorochrome-conjugated target proteins in a cell through fluorescence follow- ing excitation. We thirdly simulated the optic channel of BD FACSCanto flow cytometer and implemented a stochastic photon counting method to determine fluorescence inten- sity received in the different detectors. Then, we simulated a pre-amplifier circuit to calculate the detector responses as voltage pulses from each cell in response to received photons. Using the completed platform, we have generated a two-colour flow cytometry dataset including + +, + -, - +, and - - cell groups using FITC and PE fluorochromes. We demonstrated the usefulness of the generated reference datasets by applying two different linear compensation methods and comparing the resulting compensated datasets in both linear and logarithmic scales. These results suggest that the developed platform can be used to generate realistic multicolor flow cytometry datasets that can be used to validate compensation algorithms.
Benzer Tezler
- An evaluation of clustering and districting models for household socio-economic indicators in address based population register system
Adrese dayalı nüfus kayıt sistemi hanehalkı sosyo-ekonomik indikatörlerinin kümeleme ve bölge tasarımı modelleri ile değerlendirilmesi
ŞEYMA ÖZCAN YAVUZOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
CoğrafyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeodezi ve Coğrafi Bilgi Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. H. ŞEBNEM DÜZGÜN
- Investigating risk assessment and role of safety concerns in autonomous vehicle
Otonom araçlarda risk değerlendirmesi ve güvenlik kaygılarının modellenmesi
GÖZDE BAKİOĞLU DOĞANYILMAZ
Doktora
İngilizce
2022
Ulaşımİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAN ATAHAN
- Learning based image and video editing
Öğrenme temelli görüntü ve video düzenleme
LEVENT KARACAN
Doktora
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolHacettepe ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ERKUT ERDEM
- A dynamic risk assessment methodology (Dy-RAM) in port waters
Liman sularında dinamik risk değerlendirme (Dy-RAM) metodolojisi
ÜLKÜ ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2019
Denizcilikİstanbul Teknik ÜniversitesiDeniz Ulaştırma Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KADİR ÇİÇEK
- Ülkemiz yerli enerji kaynaklarının yeni teknolojilerle değerlendirilmesi sonucunda oluşacak sera gazı azaltım potansiyelinin belirlenmesi ve maliyet analizleri
Determination of greenhouse gas mitigation potential resulting from the utilization of our country's domestic energy resources with new technologies and cost analysis
ECE GİZEM ÇAKMAK
Doktora
Türkçe
2024
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN CAN OKUTAN