Primer immün yetersizliklerde genetik alt yapının yeni nesil dizileme yöntemi ile belirlenmesi
Identification of genetic background in primary immunodeficiencies with next generation sequencing
- Tez No: 482777
- Danışmanlar: PROF. MÜGE SAYİTOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Genetik, Allergy and Immunology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Primer immün yetersizlikler (PİY), 100'den fazla hastalığı kapsayan ve immün sistem üyelerinin yokluğu ya da fonksiyon kaybı ile karakterize nadir hastalıklar grubudur. PİY'lerin Avrupa sıklığı 1/10.000 olarak kabul edilirken ülkemizde yapılan çalışmalar mevcut akraba evlilikleri nedeniyle sıklığının beklenenden fazla olduğunu göstermektedir. Bu çalışma ile PİYlerin en yaygın grubu olan primer antikor yetersizlikleri (PAY) ve en ağır seyirli grubu ağır kombine immün yetersizliklerde (AKİY) hastalık ile ilişkili olduğu bilinen genleri kapsayan genetik tanı panelleri geliştirilmiş ve toplam 112 hasta (PAY:64, AKİY:48) yeni nesil dizileme (YND) panelleri ile dizilenmiştir. Tespit edilen varyantlar Sanger dizileme ile doğrulanmış ve ailesel kalıtımları incelenmiştir. AKİY hastalarının %58'inde ve PAY hastalarının %14,2'sinde hastalık ile ilişkili varyantlar tespit edilmiştir. Bulunan varyantların 11 tanesi ilk defa bu çalışma ile gösterilmiştir. AKİY panelinde en sık varyant tespit edilen genler RAG1, RAG2 ve ADA genleri, PAY panelinde ise BTK geni olmuştur. Hastalar alt gruplarına göre incelendiğinde, NK (natural killer) lenfopenisi ile seyreden AKİY hastalarında panel ile tanı koyma başarısı %90 iken, NK eksikliği görülmeyen grupta tanı başarısı %39,3'tür. PAY hasta grubunda ise en yüksek varyant belirleme başarısı agammaglobulinemilerde (%31,5) olmuştur. Eş zamanlı kantitatif PZR ile varyant bulunan hastalarda TREC (T hücre dairesel DNA artığı) ve KREC (B hücre dairesel DNA artığı) analizleri yapılmış ve hastaların immünfenotipleri ile benzer sonuçlar elde edilmiştir. Bu çalışma ile YND teknolojisinin primer immün yetersizlik gibi heterojen hastalıklarda hızlı, özgün ve düşük maliyetli bir tanı yöntemi olarak kullanılabileceği gösterilmiştir. Ayrıca elde edilen sonuçlar ile ülkemizdeki varyant ve gen dağılımları geniş bir hasta grubunda gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Primary immune deficiencies (PID) are a group of rare diseases, which are including more than 100 clinical phenotypes, characterized by the defects in the development or function of the cells. The prevalence of PID is 1/100.000 in Europe but the high rate of consanguinity marriages in Turkey results in a high prevalence of autosomal recessive inherited diseases like PID. In this study, we designed targeted next generation sequencing (NGS) panels for severe combined immunodeficiency (SCID) and primary antibody deficiency (PAD) and screened 112 patients (48 SCID and 64 PAD) in total. The mutations were confirmed by Sanger sequencing and familial segregations were also investigated. We detected genetic variations in 58% of the SCID and in 14,2% of the PAD patients. 11 pathogenic variants were identified for the first time with this study. RAG1, RAG2 and ADA genes in SCID panel, BTK gene in PAD panel were the most common mutated genes. In SCID panel, we were able to diagnose 90% of patients with NK (natural killer) lymphopenia and 39,3% of patients with normal NK levels. In PAD panel, the highest mutation rate was detected in the aggammaglobulinemia patients (31,5%). T cell receptor excision circle (TREC) and Kappa-deleting recombination excision circle (KREC) expressions were performed by quantitative real time PCR to verify the effects of the variants. Targeted NGS screening is an accurate, low-cost and useful method to evaluate the diagnosis and successful management of heterogeneous diseases such as PIDs. Moreover, gene and variant distributions of PIDs have been shown in a large group of patients in our country.
Benzer Tezler
- Yaygın değişken immün yetersizlik (CVID) hastalarında CD19, ICOS, TACI, BAFF-R gen mutasyonlarının araştırılması
CD19,ICOS,TACI,BAFF-R genes mutations analyse in common variable immundeficiency patients
SINEM SISKO
- Çocuk yoğun bakım ünitesinde intravenöz immünglobulin kullanımı ve endikasyonlarının değerlendirilmesi
Evaluation of intravenous immunoglobulin use and indications in the pediatric intensive care unit
EYLÜL ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN AĞIN
- Primer immün yetersizlik hastalarında metilasyon profillerinin incelenmesi
Examination of methylation profiles in primary immunodeficiency patients
BEGÜM IŞIKGİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Allerji ve İmmünolojiİstinye ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNEM FIRTINA
- Primer immün yetersizlik hastalarında belirlenen yeni varyantların validasyonu
Validation of new variants identified in primer immune deficiency patients
MERVE SARITAŞ
- Primer immün yetersizlik tanılı hastalarda hematolojik bulgular
Hematologic findings in patients diagnosed with primary immunodeficiency
LEYLA ASGAROVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Allerji ve İmmünolojiİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP KARAMAN
DOÇ. DR. ESRA YÜCEL