Geri Dön

Patateste patates Y virüsü ırklarının tanılanması ve virüs miktarının kantitatif real time RT-PCR ile belirlenmesi

Identification of potato Y virus strains and measurment of virus quantity by real time RT-PCR

  1. Tez No: 483476
  2. Yazar: VİLDAN BOLAT
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 95

Özet

Patates bitkisi yumrularıyla vejetatif olarak üretildiği için virüsler gibi yumru ile taşınan hastalıklardan önemli ölçüde etkilenmektedir. Tohumluk yumru üretiminde en önemli virüs etmeni Potato virus Y (PVY)'dir. PVY ırklarına bağlı olarak, tohumlukların özelliklerini yitirmesine ve % 50–80 arasında verim kaybına neden olmaktadır. Virüs ile mücadelede virüsün ırklarının bilinmesi, özellikle tohumluk yumru üretiminde damızlıklıların doğru, hassas ve hızlı teşhis yöntemleri ile test edilmesi oldukça önem taşımaktadır. Bu amaçla, PVY'nin ırklarını belirlemede Immunocapture- revers trancription- multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (IC-RT-multipleks PCR) sistemi Niğde ilinden temin edilen toplam 54 PVY izolatına uygulanmıştır. Analiz sonucunda 17 adet PVYNW (B), 7 adet PVYNW (B), 1 adet PVYNTN (B) ırkları tespit edilmiştir. Ayrıca, 2 adet PVYNTN+PVYNW karışık ırk enfeksiyonu belirlenmiştir. İzolatların büyük bir çoğunluğunda (30 adet) 278 bp seviyesinde atipik amplikonlar elde edilmiştir. PVY'nin farklı ırklarında başarı ile uygulanabilen real-time PCR sistemi geliştirmek amacıyla IC-RT- SyberGreen (SYBR) real time PCR sistemi PVY F/R primerleri kullanılarak uygulanmıştır. IC-RT-SYBR real time PCR Niğde ilinden temin edilen farklı PVY ırklarına uygulandığında, tüm örneklerde PVY teşhisinde başarılı olmuştur. Ayrıca IC-RT-SYBR kantitatif real time PCR sistemi kurulmuştur. En düşük ve en yüksek ölçüm sonuçları alınmıştır. Desire ve Nectar çeşidi tohumluk yumrularda PVY taraması ve virüs miktarı tayini çalışmarında kantitatif real time PCR başarılı bir şekilde kullanılabilmiştir.

Özet (Çeviri)

Since the potato plant is vegetatively produced by the tubers, it is significantly affected by tuber-borne diseases such as viruses. The most important virus in the production of seed tubers is Potato virus Y (PVY). According to PVY strains, it causes loss of seed characteristics and yield loss of 50-80%. In management of virus diseases, detection of virus strains and availability of accurate, sensitive and rapid diagnostic methods, has an imporant role in poducing virus free seed tuber. For this purpose, Immunocapture-reverse trancription-multiplex polymerase chain reaction (IC-RT-multiplex PCR) system for determining strains of PVY has been applied to a total of 54 PVY isolates from Niğde. As a result, 17 PVYNW (B), 7 PVYNW (B) and 1 PVYNTN (B) strains were detected. In addition, two PVYNTN + PVYNW mixed race infections were identified. In a large majority of isolates (30), 278 bp atypical amplicons were obtained. In order to develop a real-time PCR system that can be successfully applied in different strains of PVY, the IC-RT-SyberGreen (SYBR) real time PCR system was applied using PVY F / R primers. When IC-RT-SYBR real time PCR was applied to different PVY strains from Niğde province, PVY was successfully diagnosed in all cases. In addition, the IC-RT-SYBR quantitative real-time PCR system was established and the minimum and maximum titer quanities were measured. Quantitative real time PCR was successfully used in the detection of PVY screening and virus quantitation in seeds of Desire and Nectar species.

Benzer Tezler

  1. Solanaceae familyasındaki bazı kültür bitkilerinde potato virus Y (PVY)'nin ırklarının belirlenmesi ve karakterizasyonu

    Identification and characterization of potato virus Y (PVY) strains in some Solanaceous plants

    AYŞE ÇANDAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    ZiraatEge Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA GÜMÜŞ

  2. Kırgızistan'da yetiştirilen patates yumrularında patates Y virüsü enfeksiyon durumu üzerine araştırmalar

    Research on the potato virus Y infection in potato tubers grown in kyrgyzstan

    NURDINBEK TEMIRBEK UULU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi

    Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE

  3. Phenotypic and genotypic characterization of potato virus y (PVY) resistance on potato varieties and crosses; study of transmission ability of some PVY strains by aphids

    Patates çeşit ve melezlerinde patates y virüsü (PVY) dayanıklılığının fenotipik ve genotıpik karakterizasyonu ve bazı PVY ırklarının yaprak bitleri ile taşınma durumunun araştırılması

    MAHMOOD AYYAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    ZiraatNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi

    Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE

  4. Effects of potato virus Y infection at different growth stages on yield of local tomato genotype Sazlıca

    Farklı gelişim dönemlerinde patates Y virüsü enfeksiyonunun yerel çeşit Sazlıca domatesi verimi üzerine etkileri

    MUSADIK ABDULLAHI AHMED

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    ZiraatNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi

    Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNUR ELÇİ

  5. Domateste patates Y virüsü (PVY) dayanıklılığının genetiği

    The genetics of potato virus Y (PVY) resistance in tomato

    EMİNUR BARUTÇU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    BiyolojiPamukkale Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. FEVZİYE ÇELEBİ TOPRAK