Patateste patates Y virüsü ırklarının tanılanması ve virüs miktarının kantitatif real time RT-PCR ile belirlenmesi
Identification of potato Y virus strains and measurment of virus quantity by real time RT-PCR
- Tez No: 483476
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Patates bitkisi yumrularıyla vejetatif olarak üretildiği için virüsler gibi yumru ile taşınan hastalıklardan önemli ölçüde etkilenmektedir. Tohumluk yumru üretiminde en önemli virüs etmeni Potato virus Y (PVY)'dir. PVY ırklarına bağlı olarak, tohumlukların özelliklerini yitirmesine ve % 50–80 arasında verim kaybına neden olmaktadır. Virüs ile mücadelede virüsün ırklarının bilinmesi, özellikle tohumluk yumru üretiminde damızlıklıların doğru, hassas ve hızlı teşhis yöntemleri ile test edilmesi oldukça önem taşımaktadır. Bu amaçla, PVY'nin ırklarını belirlemede Immunocapture- revers trancription- multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (IC-RT-multipleks PCR) sistemi Niğde ilinden temin edilen toplam 54 PVY izolatına uygulanmıştır. Analiz sonucunda 17 adet PVYNW (B), 7 adet PVYNW (B), 1 adet PVYNTN (B) ırkları tespit edilmiştir. Ayrıca, 2 adet PVYNTN+PVYNW karışık ırk enfeksiyonu belirlenmiştir. İzolatların büyük bir çoğunluğunda (30 adet) 278 bp seviyesinde atipik amplikonlar elde edilmiştir. PVY'nin farklı ırklarında başarı ile uygulanabilen real-time PCR sistemi geliştirmek amacıyla IC-RT- SyberGreen (SYBR) real time PCR sistemi PVY F/R primerleri kullanılarak uygulanmıştır. IC-RT-SYBR real time PCR Niğde ilinden temin edilen farklı PVY ırklarına uygulandığında, tüm örneklerde PVY teşhisinde başarılı olmuştur. Ayrıca IC-RT-SYBR kantitatif real time PCR sistemi kurulmuştur. En düşük ve en yüksek ölçüm sonuçları alınmıştır. Desire ve Nectar çeşidi tohumluk yumrularda PVY taraması ve virüs miktarı tayini çalışmarında kantitatif real time PCR başarılı bir şekilde kullanılabilmiştir.
Özet (Çeviri)
Since the potato plant is vegetatively produced by the tubers, it is significantly affected by tuber-borne diseases such as viruses. The most important virus in the production of seed tubers is Potato virus Y (PVY). According to PVY strains, it causes loss of seed characteristics and yield loss of 50-80%. In management of virus diseases, detection of virus strains and availability of accurate, sensitive and rapid diagnostic methods, has an imporant role in poducing virus free seed tuber. For this purpose, Immunocapture-reverse trancription-multiplex polymerase chain reaction (IC-RT-multiplex PCR) system for determining strains of PVY has been applied to a total of 54 PVY isolates from Niğde. As a result, 17 PVYNW (B), 7 PVYNW (B) and 1 PVYNTN (B) strains were detected. In addition, two PVYNTN + PVYNW mixed race infections were identified. In a large majority of isolates (30), 278 bp atypical amplicons were obtained. In order to develop a real-time PCR system that can be successfully applied in different strains of PVY, the IC-RT-SyberGreen (SYBR) real time PCR system was applied using PVY F / R primers. When IC-RT-SYBR real time PCR was applied to different PVY strains from Niğde province, PVY was successfully diagnosed in all cases. In addition, the IC-RT-SYBR quantitative real-time PCR system was established and the minimum and maximum titer quanities were measured. Quantitative real time PCR was successfully used in the detection of PVY screening and virus quantitation in seeds of Desire and Nectar species.
Benzer Tezler
- Solanaceae familyasındaki bazı kültür bitkilerinde potato virus Y (PVY)'nin ırklarının belirlenmesi ve karakterizasyonu
Identification and characterization of potato virus Y (PVY) strains in some Solanaceous plants
AYŞE ÇANDAR
- Kırgızistan'da yetiştirilen patates yumrularında patates Y virüsü enfeksiyon durumu üzerine araştırmalar
Research on the potato virus Y infection in potato tubers grown in kyrgyzstan
NURDINBEK TEMIRBEK UULU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Phenotypic and genotypic characterization of potato virus y (PVY) resistance on potato varieties and crosses; study of transmission ability of some PVY strains by aphids
Patates çeşit ve melezlerinde patates y virüsü (PVY) dayanıklılığının fenotipik ve genotıpik karakterizasyonu ve bazı PVY ırklarının yaprak bitleri ile taşınma durumunun araştırılması
MAHMOOD AYYAZ
Doktora
İngilizce
2017
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Effects of potato virus Y infection at different growth stages on yield of local tomato genotype Sazlıca
Farklı gelişim dönemlerinde patates Y virüsü enfeksiyonunun yerel çeşit Sazlıca domatesi verimi üzerine etkileri
MUSADIK ABDULLAHI AHMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNUR ELÇİ
- Domateste patates Y virüsü (PVY) dayanıklılığının genetiği
The genetics of potato virus Y (PVY) resistance in tomato
EMİNUR BARUTÇU
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
BiyolojiPamukkale ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. FEVZİYE ÇELEBİ TOPRAK