Biochemical and molecular characterization of plant growth promoting putative endophytic bacterium isolated from in vitro cultures of Photinia X fraseri Dress.
İn vitro kültürden izole edilen alev ağacıyla ilişkili bitki büyümesini teşvik eden endofitik bakterinin biyokimyasal ve moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 484536
- Danışmanlar: PROF. DR. YELDA ÖZDEN ÇİFTÇİ, DR. ÖZLEM AKKAYA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Botanik, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Botany, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 149
Özet
Alev ağacı (Photinia X fraseri Dress.) her mevsim yeşil, ticari öneme sahip odunsu bir süs bitkisidir. Bir mikroorganizma, yüzey sterilasyonu yapılmış bitki materyalinden ya da bitki içinden ekstraksiyonla kazanılıyorsa endofitik olarak değerlendirilmekte olup; endofitik organizmaları patojenlerden ayıran en temel özellik konakçı üzerinde herhangi zararlı bir etki göstermemeleridir. Gebze Teknik Üniversitesi (GTU), Bitki Biyoteknolojisi Laboratuvarında, alev ağacı bitki doku kültürü çalışmalarının dördüncü yılında, bitki büyümesini teşvik eden endofitik olabilecek bir bakterinin varlığı saptandı. Tez kapsamında in vitro koşullarda alev ağacı bitkisinden izole edilen endofitik bakterinin tanımlanması ile gösterdiği olumlu etkinin kaynağının açığa çıkarılmasına yönelik mikrobiyolojik, biyokimyasal ve moleküler analizler yapılmıştır. Yapılan standart biyokimyasal testler ile bu bakterinin sporsuz, Gram negatif, çubuk şekilli olduğu, streptomisin, tetrasiklin, nalidiksik asit, polimiksin B, spektinomisin ve eritromisin antibiyotiklerine hassas olduğu, GA3 ve indol asetik asit ürettiği ve ayrıca nitrojeni fikse etme yeteneğine sahip olduğu belirlenmiştir. Yapılan moleküler analizlerle bakteride oksin, sitokinin ve virülens genlerinin control mikroorganizmalara göre farklı büyüklükte olsalar da bulunduğu saptanmıştır. Alev ağacı mikrogövdelerinin saf olarak izole edilen bakteri kültürü ile inoküle edildiğinde periyodik altkültürlemeye gereksinim duymaksızın 25 °C'ta 16 aya kadar saklanabildikleri görülmüştür. Sonuçların değerlendirilmesi ile, bitki doku kültüründe yararlı bakteri varlığının alt kültürleme süresini uzattığı ve bu sayede bitkiciklerin besi ortamına dışarıdan herhangi bir katkı yapılmaksızın uzun süre canlılıklarını koruyabildikleri belirlenmiştir. Dolayısıyla, doku kültürü ortamında yararlı bakteri varlığı; alt kültürleme sıklığını azaltmakta, iş gücü, materyal ve enerji kaybını önlemektedir. Bu bağlamda, bu tez endofitik bakteri-bitki iş birliğinden yararlanılması açısından önem taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
Fraser photinia“Red Robin”(Photinia X fraseri) is an evergreen, ornamental hybrid shrub and has a commercial significance. The microshoots of fraser photinia are used routinely for the optimization of long-term storage techniques. A microorganism is considered endophytic if it is obtained by extraction from surface sterilized plant material or plant. The most basic property that distinguishes endophytic organisms from pathogens is that they do not have any harmful effect on the host. In the Gebze Technical University (GTU), Plant Biotechnology Laboratory, the presence of beneficial bacterium in plant tissue culture was detected during the micropropagation of photinia. In the scope of the thesis, microbiological, biochemical and molecular analyzes have been carried out for identification and detection of positive effects of this endophytic bacterium isolated from in vitro cultures of fraser photinia microshoots. It has been determined by standard biochemical tests that this bacterium is capable of producing GA3 and indole acetic acid, is sensitive to streptomycin, tetracycline, nalidixic acid, polymyxin B, spectinomycin and erythromycin antibiotics, is spore-free, Gram negative, rod-shaped, and also has the ability to fix nitrogen. Molecular analysis revealed that the auxin, cytokinin, nitrogen fixing, and virulence genes in the bacteria were present in different sizes according to the control microorganisms. It has been shown that fraser photinia microshoots can be stored at 25 °C for up to 16 months without subculturing or transferring a fresh medium when inoculated with putative endophytic bacterial culture. With the presence of this bacterium subculture period was extended which means that the plants can protect their vitality for a long time without adding any external additives to the medium and reduce labour, material and energy loss. In this context, this thesis is important in terms of utilization of endophytic bacterium-plant colloboration.
Benzer Tezler
- Amasya ilinde yetiştirilen soğanlarda görülen dip çürüklüğü etmeni Fusarium oxysporum f.sp. cepae'nin karakterizasyonu ve bitki gelişimini teşvik eden kökbakterileri ile biyolojik mücadelesi
Characterization of basal rot disease agent Fusarium oxysporum f.sp. cepae observed growing onions in Amasya and biological control by plant growth promoting rhizobacteria
İDRİS BEKTAŞ
Doktora
Türkçe
2017
BiyomühendislikKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA KÜSEK
- Cloning of a cDNA encoding laccase from coriolopsis polyzona MUCL 38443 and expression in Pichia pastoris
Coriolopsis polyzona MUCL 38443'ten lakkaz kodlayan bir cDNA'nın klonlanması ve Pichia pastoris'te ifade edilmesi
ORKUN PİNAR
Doktora
İngilizce
2017
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Puccinella distans L. (Jacq). parl. bitkisinin rizosferinden ekstremofilik bakterilerin izolasyonu ve moleküler tanımlanması ile pgpr özelliğine sahip olanların biyokömür ortamında ekmeklik buğday (Triticum avestivum L.) gelişimi üzerine etkisi
Isolation and molecular identification of extremophilic bacteria with pgpr characteristics from the rhizosphere of Puccinella distans L. (Jacq). parl., and their impact on the growth of bread wheat (Triticum aestivum L.) in a biochar
NOYAN EKEN
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiSelçuk ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDOĞAN EŞREF HAKKI
- Effects of metal and metal oxide nanoparticles on secondary metabolite synthesis, seed germination, biochemical and molecular characterization of Digitalis ferruginea subsp. ferruginea
Metal ve metal oksit nanoparçacıkların Digitalis ferruginea subsp. ferruginea bitkisinde sekonder metabolit sentezi, tohum çimlenmesi, biyokimyasal ve moleküler karakterizasyonlar üzerindeki etkileri
DIPUL KUMAR BISWAS
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SONGÜL GÜREL
- Development of a novel exo-polygalacturonase for agricultural applications
Tarımsal uygulamalar için yeni bir ekzo-poligalakturonaz geliştirilmesi
ERSİN KARATAŞ
Doktora
İngilizce
2021
BiyokimyaGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BARIŞ BİNAY