Geri Dön

Akciğer kanserinde moleküler tedavi hedeflerinin saptanması amaçlı ve yeni nesil dizileme tabanlı tanı kiti

Next generation sequencing based diagnosis kit for determining the molecular targets of therapy in lung cancer

  1. Tez No: 485162
  2. Yazar: TEVFİK HATİPOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FATMA AJLAN TÜKÜN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 68

Özet

Akciğer kanseri tüm dünyada kanser nedenli ölümler arasında erkeklerde birinci kadınlarda ikinci sırada yer almaktadır. Her yıl dünya genelinde yaklaşık 1,5 milyon ölüme neden olan akciğer kanseri küçük hücreli ve küçük hücreli dışı akciğer kanseri olmak üzere iki gruba ayrılmaktadır. Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) tüm akciğer kanseri vakalarının yaklaşık olarak %80'ini oluşturmaktadır. KHDAK tedavisinde cerrahi, radyoterapi ve kemoterapi yanında son yıllarda moleküler düzeyde hedefe yönelik tedavi yöntemleri gelişmektedir. KHDAK tedavisinde yol gösterici olan mutasyonların tek seferde ve az miktarda DNA örneği ile saptanması bu nedenle önem kazanmıştır. Bu tez çalışmasının amacı küçük hücreli dışı akciğer kanseri için moleküler tedavi hedefi olan mutasyonların tümünün tanınmasına yönelik yöntem geliştirilmesidir. Bu amaç doğrultusunda; gen bölgelerinin çoğaltılmasına yönelik primerler tasarlanmış ve belirlenen mutasyon bölgelerinin multipleks PCR yöntemi ile çoğaltılması ve barkodlama işlemi sonrasında yeni nesil dizileme platformu Illumina MiSeq ile dizileme çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak KHDAK ile ilişkili olan EGFR, KRAS, AKT1, HER2, PIK3CA, BRAF, MEK1 ve ALK genlerinde bulunan nokta mutasyonların genomik DNA üzerinden ve ALK, ROS1 ve RET genlerinin oluşturdukları füzyonların mRNA'dan elde edilecek cDNA üzerinden multipleks PCR yöntemi ile saptanmasını sağlayacak yeni nesil dizileme tabanlı tanı yöntemi geliştirilmiştir.

Özet (Çeviri)

Lung cancer is the leading cause of cancer death among men and the second among women world wide. Each year lung cancer causes 1.5 million deaths. Lung cancer is classified as small cell lung cancer and non small cell lung cancer. About %80 of lung cancer are non small cell lung cancer (NSCLC). In the treatment of NSCLC, the molecular targeted therapy approach is developing in recent years in addition to the surgical, radiotherapy and chemotherapy approaches. For this reason determining the NSCLC related mutations all at once with a small amount of DNA sample is gaining importance. The aim of this thesis is to develop a novel method in order to screen the target mutations in molecular therapy of non small cell lung cancer. With this perspective primers were designed in order to amplify these gene regions, and after amplification with multiplex PCR method and barcoding process, sequencing was performed with the next generation sequencing platform Illumina MiSeq. As result, a diagnosis method based on next generation sequencing that determines the NSCLC related point mutations of EGFR, KRAS, AKT1, HER2, PIK3CA, BRAF, MEK1 and ALK genes from genomic DNA and fusions of ALK, ROS1 and RET genes from mRNA originated cDNA has been developed.

Benzer Tezler

  1. Identification and investigation of cell types and cell-to-cell communication in non-small cell lung cancer

    Küçük hücre dışı akciğer kanserinde hücre tiplerinin ve hücre-hücre etkileşimlerinin belirlenmesi ve araştırılması

    CEMAL YILDIZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyomühendislikGebze Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR PİR

  2. Küçük hücreli dışı akciğer kanserinde cisplatin direnci gelişiminde rol oynayan genetik faktörlerin CRISPR-CAS9 tabanlı tüm genom tarama sistemiyle belirlenmesi

    Determination of genetic factors role in the development of cisplatin resistance in non-small cell lung cancer by CRISPR-CAS9 based whole genome screening system

    HALE GÜLER KARA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Tıbbi BiyolojiEge Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BUKET KOSOVA

  3. Dört farklı kansere ait transkriptom verisinin in silico karşılaştırılması ve pankreas kanserine özgü biyobelirteç adaylarının belirlenmesi

    In silico comparison of transcriptomic data of four different cancers and determination of specific biomarker candidates for pancreatic cancer

    SIDIKA ÖZTOP

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    OnkolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoinformatik Ana Bilim Dalı (Disiplinlerarası)

    DOÇ. DR. CEREN SUCULARLI

  4. Genetic and epigenetic targets in liver cancer

    Karaciğer kanserinde genetik ve epigenetik hedefler

    HALUK YÜZÜGÜLLÜ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Genetikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK

  5. Dynamic mapping of protein interactions in cancer

    Kanserde protein etkileşimlerinin dinamik haritalanması

    GİZEM GÜLFİDAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA