Akciğer kanserinde moleküler tedavi hedeflerinin saptanması amaçlı ve yeni nesil dizileme tabanlı tanı kiti
Next generation sequencing based diagnosis kit for determining the molecular targets of therapy in lung cancer
- Tez No: 485162
- Danışmanlar: PROF. DR. FATMA AJLAN TÜKÜN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
Akciğer kanseri tüm dünyada kanser nedenli ölümler arasında erkeklerde birinci kadınlarda ikinci sırada yer almaktadır. Her yıl dünya genelinde yaklaşık 1,5 milyon ölüme neden olan akciğer kanseri küçük hücreli ve küçük hücreli dışı akciğer kanseri olmak üzere iki gruba ayrılmaktadır. Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) tüm akciğer kanseri vakalarının yaklaşık olarak %80'ini oluşturmaktadır. KHDAK tedavisinde cerrahi, radyoterapi ve kemoterapi yanında son yıllarda moleküler düzeyde hedefe yönelik tedavi yöntemleri gelişmektedir. KHDAK tedavisinde yol gösterici olan mutasyonların tek seferde ve az miktarda DNA örneği ile saptanması bu nedenle önem kazanmıştır. Bu tez çalışmasının amacı küçük hücreli dışı akciğer kanseri için moleküler tedavi hedefi olan mutasyonların tümünün tanınmasına yönelik yöntem geliştirilmesidir. Bu amaç doğrultusunda; gen bölgelerinin çoğaltılmasına yönelik primerler tasarlanmış ve belirlenen mutasyon bölgelerinin multipleks PCR yöntemi ile çoğaltılması ve barkodlama işlemi sonrasında yeni nesil dizileme platformu Illumina MiSeq ile dizileme çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak KHDAK ile ilişkili olan EGFR, KRAS, AKT1, HER2, PIK3CA, BRAF, MEK1 ve ALK genlerinde bulunan nokta mutasyonların genomik DNA üzerinden ve ALK, ROS1 ve RET genlerinin oluşturdukları füzyonların mRNA'dan elde edilecek cDNA üzerinden multipleks PCR yöntemi ile saptanmasını sağlayacak yeni nesil dizileme tabanlı tanı yöntemi geliştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Lung cancer is the leading cause of cancer death among men and the second among women world wide. Each year lung cancer causes 1.5 million deaths. Lung cancer is classified as small cell lung cancer and non small cell lung cancer. About %80 of lung cancer are non small cell lung cancer (NSCLC). In the treatment of NSCLC, the molecular targeted therapy approach is developing in recent years in addition to the surgical, radiotherapy and chemotherapy approaches. For this reason determining the NSCLC related mutations all at once with a small amount of DNA sample is gaining importance. The aim of this thesis is to develop a novel method in order to screen the target mutations in molecular therapy of non small cell lung cancer. With this perspective primers were designed in order to amplify these gene regions, and after amplification with multiplex PCR method and barcoding process, sequencing was performed with the next generation sequencing platform Illumina MiSeq. As result, a diagnosis method based on next generation sequencing that determines the NSCLC related point mutations of EGFR, KRAS, AKT1, HER2, PIK3CA, BRAF, MEK1 and ALK genes from genomic DNA and fusions of ALK, ROS1 and RET genes from mRNA originated cDNA has been developed.
Benzer Tezler
- Identification and investigation of cell types and cell-to-cell communication in non-small cell lung cancer
Küçük hücre dışı akciğer kanserinde hücre tiplerinin ve hücre-hücre etkileşimlerinin belirlenmesi ve araştırılması
CEMAL YILDIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR PİR
- Küçük hücreli dışı akciğer kanserinde cisplatin direnci gelişiminde rol oynayan genetik faktörlerin CRISPR-CAS9 tabanlı tüm genom tarama sistemiyle belirlenmesi
Determination of genetic factors role in the development of cisplatin resistance in non-small cell lung cancer by CRISPR-CAS9 based whole genome screening system
HALE GÜLER KARA
- Dört farklı kansere ait transkriptom verisinin in silico karşılaştırılması ve pankreas kanserine özgü biyobelirteç adaylarının belirlenmesi
In silico comparison of transcriptomic data of four different cancers and determination of specific biomarker candidates for pancreatic cancer
SIDIKA ÖZTOP
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
OnkolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoinformatik Ana Bilim Dalı (Disiplinlerarası)
DOÇ. DR. CEREN SUCULARLI
- Genetic and epigenetic targets in liver cancer
Karaciğer kanserinde genetik ve epigenetik hedefler
HALUK YÜZÜGÜLLÜ
Doktora
İngilizce
2010
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Dynamic mapping of protein interactions in cancer
Kanserde protein etkileşimlerinin dinamik haritalanması
GİZEM GÜLFİDAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA