Geri Dön

Evaluation of effects of the drug treatments on biological networks

İlaç tedavilerinin biyolojik ağlara etkisinin değerlendirilmesi

  1. Tez No: 491102
  2. Yazar: SEÇKİN ERCE
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ZERRİN IŞIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 90

Özet

Hesaplamalı bir yöntemin geliştirilmesi ilaç tedavisinden beklenecek sonuçları bulmaya ve laboratuvar deneyleri öncesinde hücrenin davranışlarını gözlemlemeye yardımcı olabilir. Bu tez bir hastanın lenfoma tedavisi için ilaç tedavisi almadan önce hastanın hücresel tepkisini daha iyi anlamak için biyoenformatik yöntemlerle ilaç tedavisinin etkilerini hesaplamayı amaçlar. Bu hesaplamalı biyoenformatik yöntemler, biyoloji, bilgisayar bilimleri, matematik ve mühendislik gibi temel bilimsel alanlardan oluşur. Bu hesaplama, gen ekspresyon verileri ile temsil edilen bir ilaç tedavisinin etkilerini nicel olarak değerlendirmek için çeşitli biyolojik ağlar üzerinde gerçekleştirilmiştir. Bu etkilenen biyolojik ağlar, KEGG sinyal ağları ve lenfoma hücrelerinde uygulanan 14 farklı ilacın gen ekspresyon verileri birleştirilerek oluşturulmuştur. Bu sinyalizasyon ağlarının analizi sonuçlarımız, en çok etkilenen proteinlerin verilen ilaçların doğrudan protein hedefleri değil, ağın dış kısımlarındaki diğer proteinler olduğunu göstermiştir. Ek olarak, istatistiksel açıdan önemli proteinler genel olarak sinyal ağlarının merkezinde bulunmuş ve bu proteinlerin birbirlerine fazla sayıda bağ ile bağlı olduğu görülmüştür. Yaygın olarak birkaç ilacın tedavisi sonrası etkilenen ve istatistiksel olarak anlamlı olan bazı proteinlerin, kanserle ilişkili hücresel aktiviteleri olduğu literatürde de doğrulanmıştır. Aynı zamanda ilaçlar arası benzerlikler, istatistiksel açıdan önemli proteinlerin ortaklığına göre gözlemlenmiştir ve çıkan sonuçlar yapılan benzer çalışmalar ile doğrulanmıştır.

Özet (Çeviri)

Developing a computational method can assist to figure out the expected results of a drug treatment and observe cell behaviors before doing the wet-lab experiments. This thesis aims to calculate the effects of a drug treatment with bioinformatics methods to better understand the cellular response of a patient even before s/he undertakes a drug treatment for lymphoma. This computational method consists of fundamental scientific domains such as biology, computer science, mathematics, and engineering. This calculation can be performed over a variety of biological networks to numerically interpret the changes of a drug treatment which are represented by gene expression data. The affected biological networks are constructed by integrating the KEGG signaling networks and gene expression data of 14 separate drugs treated on lymphoma cancer cells. Our studies on signaling networks showed that the highest influenced proteins are not drug targets; some other proteins, which are in the periphery parts of the networks, have changed importantly because of the drug treatments. Additionally, statistically significant proteins are generally located at the center of the signaling networks and highly connected to other proteins in the subsequent levels. We confirmed some proteins, which were mostly influenced by the drug treatment and having cancer related cellular activities based on a literature validation. In addition, similarities between drugs were observed according to statistically significant intersection of proteins, and these results were confirmed by similar studies.

Benzer Tezler

  1. Molecular effects of plant-based drugs on breast cancer by mapping transcriptome data on protein-protein interactions

    Transkriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanmasıyla bitkisel ilaçların meme kanserine moleküler etkilerinin araştırılması

    RONALD REGAN ODONGO

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyoistatistikGebze Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASUMAN DEMİROĞLU ZERGEROĞLU

    DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR

  2. Tek A'lı çekirdeklerin taban-durum manyetik momentlerinin sinirsel-bulanık sistemiyle belirlenmesi

    Determination of the ground-state magnetic moments of odd mass nuclei using neuro-fuzzy system

    BÜRUCE ÖZTÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN YAKUT

  3. Preparation, characterization and in vitro evaluation of multifunctional magnetic nanoparticles for targeted cancer therapies

    Çok fonksiyonlu manyetik nanoparçacıkların hedef kanser tedavisinde kullanılabilmesi için hazırlanması, karakterizasyonu ve in vitro çalışmaları

    MAİDE GÖKÇE BEKAROĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEVİM İŞÇİ TURUTOĞLU

  4. Sistemik konvansiyonel ve/veya biyolojik ajan tedavisi alan 65 yaş ve üzeri orta-şiddetli psöriasis hastalarının demografik özellikleri ve tedavi yanıtlarının değerlendirilmesi

    Evaluation of demographic characteristics and treatment response of moderate-to-severe psoriasis patients aged 65 years and older receiving systemic conventional and/or biological agent therapy

    TAHA YİĞİT BAŞAR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    DermatolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Dermatoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ZEYNEP TOPKARCI

  5. Tıbbi laboratuvarlarda ağır metal / eser element testlerine ait numune alma tüplerinin karşılaştırma ölçümlerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of comparison measurements of sampling tubes for heavy metal / trace element tests in medical laboratories

    VOLKAN KINACI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Halk SağlığıYozgat Bozok Üniversitesi

    İş Sağlığı ve Güvenliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. VUGAR ALİ TÜRKSOY