Evaluation of effects of the drug treatments on biological networks
İlaç tedavilerinin biyolojik ağlara etkisinin değerlendirilmesi
- Tez No: 491102
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ZERRİN IŞIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Hesaplamalı bir yöntemin geliştirilmesi ilaç tedavisinden beklenecek sonuçları bulmaya ve laboratuvar deneyleri öncesinde hücrenin davranışlarını gözlemlemeye yardımcı olabilir. Bu tez bir hastanın lenfoma tedavisi için ilaç tedavisi almadan önce hastanın hücresel tepkisini daha iyi anlamak için biyoenformatik yöntemlerle ilaç tedavisinin etkilerini hesaplamayı amaçlar. Bu hesaplamalı biyoenformatik yöntemler, biyoloji, bilgisayar bilimleri, matematik ve mühendislik gibi temel bilimsel alanlardan oluşur. Bu hesaplama, gen ekspresyon verileri ile temsil edilen bir ilaç tedavisinin etkilerini nicel olarak değerlendirmek için çeşitli biyolojik ağlar üzerinde gerçekleştirilmiştir. Bu etkilenen biyolojik ağlar, KEGG sinyal ağları ve lenfoma hücrelerinde uygulanan 14 farklı ilacın gen ekspresyon verileri birleştirilerek oluşturulmuştur. Bu sinyalizasyon ağlarının analizi sonuçlarımız, en çok etkilenen proteinlerin verilen ilaçların doğrudan protein hedefleri değil, ağın dış kısımlarındaki diğer proteinler olduğunu göstermiştir. Ek olarak, istatistiksel açıdan önemli proteinler genel olarak sinyal ağlarının merkezinde bulunmuş ve bu proteinlerin birbirlerine fazla sayıda bağ ile bağlı olduğu görülmüştür. Yaygın olarak birkaç ilacın tedavisi sonrası etkilenen ve istatistiksel olarak anlamlı olan bazı proteinlerin, kanserle ilişkili hücresel aktiviteleri olduğu literatürde de doğrulanmıştır. Aynı zamanda ilaçlar arası benzerlikler, istatistiksel açıdan önemli proteinlerin ortaklığına göre gözlemlenmiştir ve çıkan sonuçlar yapılan benzer çalışmalar ile doğrulanmıştır.
Özet (Çeviri)
Developing a computational method can assist to figure out the expected results of a drug treatment and observe cell behaviors before doing the wet-lab experiments. This thesis aims to calculate the effects of a drug treatment with bioinformatics methods to better understand the cellular response of a patient even before s/he undertakes a drug treatment for lymphoma. This computational method consists of fundamental scientific domains such as biology, computer science, mathematics, and engineering. This calculation can be performed over a variety of biological networks to numerically interpret the changes of a drug treatment which are represented by gene expression data. The affected biological networks are constructed by integrating the KEGG signaling networks and gene expression data of 14 separate drugs treated on lymphoma cancer cells. Our studies on signaling networks showed that the highest influenced proteins are not drug targets; some other proteins, which are in the periphery parts of the networks, have changed importantly because of the drug treatments. Additionally, statistically significant proteins are generally located at the center of the signaling networks and highly connected to other proteins in the subsequent levels. We confirmed some proteins, which were mostly influenced by the drug treatment and having cancer related cellular activities based on a literature validation. In addition, similarities between drugs were observed according to statistically significant intersection of proteins, and these results were confirmed by similar studies.
Benzer Tezler
- Molecular effects of plant-based drugs on breast cancer by mapping transcriptome data on protein-protein interactions
Transkriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanmasıyla bitkisel ilaçların meme kanserine moleküler etkilerinin araştırılması
RONALD REGAN ODONGO
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoistatistikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASUMAN DEMİROĞLU ZERGEROĞLU
DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Tek A'lı çekirdeklerin taban-durum manyetik momentlerinin sinirsel-bulanık sistemiyle belirlenmesi
Determination of the ground-state magnetic moments of odd mass nuclei using neuro-fuzzy system
BÜRUCE ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN YAKUT
- Preparation, characterization and in vitro evaluation of multifunctional magnetic nanoparticles for targeted cancer therapies
Çok fonksiyonlu manyetik nanoparçacıkların hedef kanser tedavisinde kullanılabilmesi için hazırlanması, karakterizasyonu ve in vitro çalışmaları
MAİDE GÖKÇE BEKAROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEVİM İŞÇİ TURUTOĞLU
- Sistemik konvansiyonel ve/veya biyolojik ajan tedavisi alan 65 yaş ve üzeri orta-şiddetli psöriasis hastalarının demografik özellikleri ve tedavi yanıtlarının değerlendirilmesi
Evaluation of demographic characteristics and treatment response of moderate-to-severe psoriasis patients aged 65 years and older receiving systemic conventional and/or biological agent therapy
TAHA YİĞİT BAŞAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
DermatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiDermatoloji Ana Bilim Dalı
DR. ZEYNEP TOPKARCI
- Tıbbi laboratuvarlarda ağır metal / eser element testlerine ait numune alma tüplerinin karşılaştırma ölçümlerinin değerlendirilmesi
Evaluation of comparison measurements of sampling tubes for heavy metal / trace element tests in medical laboratories
VOLKAN KINACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Halk SağlığıYozgat Bozok Üniversitesiİş Sağlığı ve Güvenliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VUGAR ALİ TÜRKSOY