Geri Dön

Molecular effects of plant-based drugs on breast cancer by mapping transcriptome data on protein-protein interactions

Transkriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanmasıyla bitkisel ilaçların meme kanserine moleküler etkilerinin araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 580209
  2. Yazar: RONALD REGAN ODONGO
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ASUMAN DEMİROĞLU ZERGEROĞLU, DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biyomühendislik, Biostatistics, Biology, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 91

Özet

Meme kanseri kadınlarda en sık rastlanan kanserdir. Moleküler karsinogenez bilgisindeki gelişmeler ve çeşitli tedavi seçenekleri bulunmasına rağmen hala dünya çapında ölümlerin önemli nedenleri arasında yer almaktadır. Redüksiyonizm, baskın ilaç tasarımı ve değerlendirme yaklaşımıdır, ancak bu tip kanserlerdeki moleküler karmaşıklık sistemdeki tüm moleküler bileşenler için sağlam ve bütünsel bir yaklaşımı gerektirmektedir. Bu kapsamda, sistem farmakolojisi global moleküler resmin belirlenmesinde tercih edilen bir yöntem haline gelmektedir. Karsinogenez, normal hücre büyüme kontrol mekanizmalarının genetik mutasyonlar ve epigenetik düzensizlikler aracılığıyla geçersiz sayılmasıyla ilişkilidir. Hücresel sinyal yolakları bu tür deregülasyonların temel hedeflerinden biridir. Sinyal ağındaki tek bir proteini hedeflemek hastalığın ilerleyişini iyileştirmede önemli ölçüde başarısız olmuştur ve onkogenik sinyal yollarındaki çoklu hedefleri olan ürünler tercih edilmektedir. Öte yandan, çoklu bileşenleri hedef aldığı bilinen bitkisel kaynaklı ilaçlar anti-kanser alternatifler olarak önem kazanmaktadır. Bu nedenle bu tezde, transkriptom ifade verilerinden ilaca spesifik protein-protein etkileşim modüllerini alt ağları oluşturmak için bir ağ farmakoloji yaklaşımı uygulanmış ve bunlar bozulan sinyal ileti yollarını açığa çıkarmak amacıyla kullanılmıştır. Bitkisel kaynaklı ilaçlar olan actein, indole-3-carbinol, Kushen enjeksiyonu bileşiği ve Withaferin A ile muamele edilen üç tip meme kanserini incelemek amacıyla KeyPathwayMiner ve bir dizi biyoinformatik araç kullanılarak etkileşim modülleri elde edilmiştir. Çok hedefli yaklaşıma uygun olarak bu çalışma, MDA-MB-157 hücre hattı hariç, bu ilaçların çeşitli karsinogenez işlemlerini düzenleyen çoklu onkogenik sinyal ileti ağlarını hedeflediğini göstermektedir. Alt ağ analizi yaklaşımındaki yenilik, biyolojik önemi ortaya çıkarmak için alanlı değişen genlerin tespit edilmesi yerine birbiriyle etkileşen ve alanlı değişen proteinler grubunun dikkate alınmasıdır. Bu kapsamlı analiz, daha akıllı deney dizaynları için öncü olabilir ve sinyal ileti yolaklarında ilaçların etki mekanizmasını detaylandırabilir.

Özet (Çeviri)

Breast cancer is the second most commonly diagnosed cancer in females. Despite improvements in knowledge of molecular mechanisms of carcinogenesis and availability of treatment options, it's still the major contributor of fatalities globally. Reductionism is the dominant drug design and evaluation approach, however, the molecular complexity in cancer requires robust and holistic approaches to account for all the molecular players. Thus, systems pharmacology is increasingly being preferred. Carcinogenesis overrides normal cellular growth control mechanisms through genetic and epigenetic dysregulations. Cell signaling pathways is one of the main targets of such deregulations. Exquisitely targeting single proteins in signaling networks has largely failed to improve disease prognosis and compounds with multiple targets in perceived oncogenic signaling pathways are preferred. Fortunately, plant-based drugs, known to simultaneously target multiple ligands, are increasingly gaining attention as anti-cancer alternatives. Here, a systems pharmacology approach was applied to extract drug-specific subnetworks. KeyPathwayMiner was used to map transcriptome data on PPIN. Subsequently, a set of bioinformatics tools were used to infer perturbed signal transduction pathways. Three breast cancer subtypes under actein, indole-3-carbinol, compound kushen injection and Withaferin A plant-based drugs were studied. In line with multi-target approach, this work shows that, with the exception of MDA-MB-157 cell line, these compounds/formulations target multiple oncogenic signal transduction networks regulating various carcinogenesis processes. The novelty in subnetwork approach is the reliance on interconnected entities over differentially expressed genes to infer biological context. This holistic approach could inform smarter experimental designs and drug mechanism of action from enriched signaling pathways.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    411856

    Akut myeloblastik lösemide CD87 (uPAR) ekspresyonu ve klinik önemi

    Clinical significance of CD87 (uPAR) expression in acute myeloblastic leukemia

    FUNDA CERAN

    Tıpta Yan Dal Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    HematolojiSağlık Bakanlığı

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLSÜM ÖZET

  2. Tez No

    411864

    Samsun ili buğday üretim alanlarında enfeksiyon oluşturan bakteriyel etmenlerin belirlenmesi

    Determination of bacterial agents in wheat production areas in samsun province

    ARMAĞAN ÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HASAN MURAT AKSOY

  3. Tez No

    411910

    Beyin antioksidan enzimlerinin tip1 diyabet ile değişimi: resveratrol'ün etkileri

    Changes in brain antioxidant enzymes with type 1 diabetes: effects of resveratrol

    DİLAN KONAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyolojiKaramanoğlu Mehmetbey Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. GÖKHAN SADİ

  4. Tez No

    411944

    Deri ve yumuşak doku enfeksiyonu etkeni olan toplum ve hastane kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarının antimikrobiyal duyarlılık durumlarının ve panton valentıne leukocıdın toksini sıklığının araştırılması

    Investigation of panton valentine leukocidin toxin frequency and antimicrobial susceptibilities of community and hospital acquired staphylococcus aureus isolates related with skin and soft tissue infections

    TÜLİN DEMİR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. NİLAY ÇÖPLÜ

  5. Tez No

    411956

    Varikosele bağlı testiküler disfonksiyonun patofizyolojisinde TRAIL ve resptörlerinin rolü

    Role of TNF-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) in the pathogenesis of varicocele-induced testicular dysfunction

    ORÇUN ÇELİK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    ÜrolojiAkdeniz Üniversitesi

    Üroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMAİL TÜRKER KÖKSAL

  6. Tez No

    411987

    Klon ve normal sığır embriyo plasentalarında insülin benzeri büyüme faktör-ı (IGF-I), vasküler endotelyal büyüme faktör (VEGF) ve nöronal hücre adhezyon molekül (NCAM) ekspresyonun immunositokimyasal ve moleküler tekniklerle incelenmesi

    Evaluation of expression of insulin-like growth factor-i (IGF-I), vascular endothelial growth factor (VEGF) and neuronal cell adhesion molecule (NCAM) by immunocytochemical and molecular techniques in cloned and normal bovine placentas

    FATİH KARAKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiKocaeli Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKKI DALÇIK

    PROF. DR. SEZEN ARAT

Geri Dön