Molecular characterization of the GTF2A-1 antisense long non coding RNA
Gtf2A-1'in antisens uzun kodlamayan RNA'sının moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 492567
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 54
Özet
Apoptoz, kontrollü hücre ölümü demektir ve hücre içi dengelerin sağlanması ve hücrelerin normal gelişimi konusunda çok önemli roller oynar. Apoptoz mekanizmasının bir şekilde düzgün çalışmadığı durumlar genel olarak hastalık durumlarıdır. Bu hastalıklardan biri de kanserdir. Apoptozun indüklenmesi, bu kanser hücrelerini bireydeki diğer dokulara zarar vermeden öldürebilir. Bu sebeple, kanser hücreleri ile mücadelede apoptozun indüklenmesi temelinde yeni metotlar geliştirilmektedir. Geliştirlen yeni metotlardan birisi uzun kodlamayan RNAları (ukmRNA) kullanarak apoptozu indüklemektir. Bazı ukmRNAlar kanser hücrelerinde apoptozu kontrol ederler. Hedefler apoptoz ile ilişkili ukmRNAlar arasından seçilir. Bu ukmRNAların karakterizasyonu ve apoptozla olan ilişkilerinin bulunması, kansere karşı savaşta yeni yöntemler bulunmasını sağlamıştır ve sağlayacaktır. Bu çalışmada, hedef ukmRNA önceki çalışmadan gelen RNA-Sek datası kullanılarak bulunmuştur. İlk olarak HeLa hücrelerinde sisplatin kullanılarak apoptoz tetiklenmiştir. Sonra bu hücrelerden elde edilen RNAlarla yapılan qRT-PCR deneyinde elde edilen sonuç RNA-Sek datasını doğrulamak için kullanılmıştır. Sonrasında hedef ukmRNAya spesifik GapmeR dizayn edilmiştir ve apoptozu tetiklemek için HeLa hücrelerine transfekte edilmiştir. Apoptozun tetiklenmesinden sonra, hücrelerden total RNA ve protein izole edilmiştir. Sonrasında ukmRNA-Sek datasını doğrulamak için qRT-PCR yapılmıştır. Hedef ukmRNAnın farklı apoptoz yolakları ile ilişkisini anlamak için western blot yapılmıştır. Western blot sonuçları GTF2A-1 anti-sens ukmRNAsının susturulması ile indüklenen apoptoz ile sisplatin uygulaması ile indüklenen apoptoz arasında benzerlikler göstermektedir. Western blot sonuçları, sitokrom c proteininin GTF2A-1 anti-sens ukmRNAsının susturulması ile indüklenen apoptoz koşullarında azaldığını göstermesi sebebiyle ilgi çekici bir yerde durmaktadır. Yapılan bu çalışmada; seçilen adayın, yani GTF2A-1 anti-sens ukmRNAsının HeLa hücrelerinde apoptozu kontrol ettiği ve apoptozu hangi yolaklar üzerinden kontrol ettiği, birkaç farklı yolak kontrol edilerek gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
One of the essential events in cell regulation and normal development of an organism is apoptosis. The dysregulation of apoptosis is associated with diseases such as cancer. Apoptosis induction can kill cancer cells without harming the individual. For this purpose, new methods are developed to fight the cancer cells. One of the novel approaches is based on long non-coding RNAs (lncRNAs). LncRNAs are differentially expressed in cancer cells and they regulate and interact essential pathways. The ones related to apoptosis are the targets. In this study, target lncRNA was determined based on RNA-Seq data. Then apoptosis was induced in HeLa cells with cisplatin and qRT-PCR was performed with isolated RNAs from the cells to validate the data with regard to upregulation of GTF2A-1 anti-sense lncRNA in apoptosis. Then GapmeR specific to target lncRNA was designed and transfected into HeLa cells in order to induce apoptosis. After induction of apoptosis, total RNA and protein were isolated from the cells. qRT-PCR was performed to validate the RNA-Seq data. Western blotting was performed in order to characterize the target lncRNA by controlling its effects on different apoptosis pathways. Western blotting results are showing resemblance between GTF2A-1 anti-sense lncRNA silencing-induced apoptosis and cisplatin-induced apoptosis. The western blotting result of Cytochrome c is interesting because its amount is decreased in GTF2A-1 anti-sense lncRNA silencing-induced apoptosis. The candidate, GTF2A-1 anti-sense lncRNA, is directly regulating the apoptosis in HeLa cells and in this study, some of the pathways that are regulated with this lncRNA were shown.
Benzer Tezler
- Molecular characterization of long non coding rnas that mediate apoptosis in human
İnsanda apoptozu düzenleyen uuzun kodlamayan rna'ların moleküler karakterizyonu
OSAMA ABDELHADY BIAOMY SWEEF
Doktora
İngilizce
2020
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Glukansükraz E81'de L933I-L935F mutasyonlarının üretilen glukan ve oligosakkaritlerin karakteristikleri üzerine etkisi
Effect of L933I-L935F mutations in glucansucrase E81 on the characteristics of produced glucans and oligosaccharides
HANDE GÖKCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiYıldız Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENES DERTLİ
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜMEYRA İSPİRLİ
- İnsan PSMD4 geninin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of the human PSMD4 gene
MESUT ACAR
- Molecular characterization of the effects of valdecoxib on colon cancer cell lines (HT29 and SW 620) using ATR-FTIR spectroscopy
Valdekoksib in kolon kanseri hücreleri (HT29 ve SW 620) üzerine olan etkilerinin ATR-FTIR spektroskopisi ile moleküler karakterizasyonu
AYSUN İNAN GENÇ
- Seçilmiş karayemis ( Prunus laurocerasus L.)genotiplerinin SSR markirlari ile genetik karakterizasyonu
Molecular characterization among selected cherry laurel ( Prunus laurocerasus L.)genotypes using SSR markers
HALE ORTA