Molecular characterization of long non coding rnas that mediate apoptosis in human
İnsanda apoptozu düzenleyen uuzun kodlamayan rna'ların moleküler karakterizyonu
- Tez No: 616716
- Danışmanlar: PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 151
Özet
Apoptoz, gelişim ve doku homeostazı için gerekli olan programlı bir ölüm formudur.Apoptoz, çok çeşitli biyolojik süreçlerde önemli bir rol oynayan ve apoptozda düzenleyici rolleresahip olan, ancak büyük ölçüde bilinmeyen uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA) gibi proteinkodlamayan ve kodlayan genler tarafından düzenlenir. Bu çalışmada, apoptozda farklı seviyedeifade edilen lncRNA'ların tanımlanması ve karakterize edilmesi amaçlandı. lncRNA'larıtanımlayabilmek için model sistem olarak HeLa hücreleri kullanıldı. Toplam RNA izole edildive NGS ile derin sekanslama yapıldı. OmicsBOX kullanılarak apoptoz tetiklenmiş olan HeLahücrelerinde lncRNA'ların farklı seviyelerdeki ifadeleri belirlendi. Gen Seti ZenginleştirmeAracı (GSEA) ile uzun kodlamayan RNA'lar ve bu uzun kodlamayan RNA'ları hedef alanmiRNA'lar profillendi. lncRNA'lar ve miRNA'lar arasındaki ilişkiyi yeniden yapılandırmak içinCytoscape yazılımı kullanıldı. MikroRNAlar (miRNA) ve onların hedeflediği uzun kodlamayanRNA'lar RT-qPCR kullanılarak doğrulandı. miR-519d-3p'nın aşırı ifadesinin RAB22A-202,PARD3-211 ve AC027237.1-210 lncRNA'ların aşağı regülasyona neden olduğu bulundu. Bununyanı sıra, miR-124-3p aşırı ifadesi APEX2-202 ve CD59-209 ifade seviyelerini aşağı yönlüregüle eder. GTF2A1-AS, TNFRSF10B-AS ve CAMTA1-DT lncRNA'larının çekirdektekonumlandığı, poli-A kuyrukları olmadığı ve TATA içermeyen promotör genlere ait olduğubulundu. TNFRSF10B-AS RNA'sının 0.99 kodlama potansiyeline sahip olduğu belirlendi veYüksek-skorlu Segment Çifti'ne (HSP) hizalama Q9UBN6 proteinine hit verdiğini ortayaçıkardı. TNFRSF10B-AS'in bir proteine bağlandığı (25 kDa) ChIRP deneyi ile açığa çıkarıldı. miR-519d-3p ve miR-124-3p lncRNA'ların hedefleriyle apoptoz koşulları altındamiRNA-aracılı lncRNA degradasyon modeliyle etkileşime girer. TNFRSF10B-AS, proteinpartneri ile etkileşerek apoptoz sırasında çekirdekte muhtemel bir düzenleyici göreve sahiptir.
Özet (Çeviri)
Apoptosis is an evolutionarily form of programmed cell death for development and tissue homeostasis. Apoptosis is regulated by protein-coding genes and plays an important role in a wide range of biological processes. We aimed to identify and characterize differentially expressed lncRNAs in apoptosis. HeLa cells were used as a model system to identify the lncRNAs. The total RNAs was subjected to deep sequencing by next-generation sequencing. OmicsBOX Bioinformatics tools were used for differential expression analysis of lncRNAs that are apoptosis-induced. Gene set enrichment analysis (GSEA) was used to profile the miRNAs targeting lncRNAs. Cytoscape software was used to reconstruct lncRNA-miRNA targeting networks. RT-qPCR was used to validate miRNAs and their targets of lncRNAs and it was found that the overexpression of miR-519d-3p causes downregulation of lncRNAs RAB22A-202, PARD3-211, and AC027237.1-210. Also, the overexpression of miR-124-3p down-regulates the expression level of APEX2-202 and CD59-209. GTF2A1-AS, TNFRSF10B-AS, and CAMTA1-DT were detected in the nucleus and have no poly (A) tail and they belong to TATA-less promoter genes. TNFRSF10B-AS has a coding probability of 0.99 and alignment to High-scoring Segment Pair (HSP) clarifies one hit to Q9UBN6 protein. ChIRP clarifies that TNFRSF10B-AS binds to a protein (25 kDa). miR-519d-3p and miR-124-3p interact with lncRNA targets by miRNA-mediated lncRNA degradation pattern under apoptosis conditions. TNFRSF10B-AS has a putative regulatory function in the nucleus during apoptosis via binding specifically to the ribonucleoprotein partner.
Benzer Tezler
- EGFR odaklı meme kanseri tedavilerinde mikroRNA ifadesinin belirlenmesi
microRNAs as responsive elements in breast cancer cell lines during EGFR targeted therapies
EMİNE EZEL ÇİLEK
Doktora
Türkçe
2017
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
- Hepatit B hastalarında prognoz biyobelirteci olarak kullanılabilecek uzun kodlanmayan RNA'ların araştırılması
Investigation of LONG NON-coding RNAS that could be used as a prognostic biomarker in hepatitis B patients
HİLAL BAŞYEĞİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUNDE YILMAZ SÜSLÜER
- Molecular characterization of the GTF2A-1 antisense long non coding RNA
Gtf2A-1'in antisens uzun kodlamayan RNA'sının moleküler karakterizasyonu
MURAT CANER YARIMÇAM
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyokimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Characterization of molecular-level changes due to MicroRNA-125b expression in breast cancer cells by spectroscopic and chemometric analysis techniques
Meme kanseri hücrelerinde MikroRNA-125b ifadesinin moleküler düzeyde neden olduğu değişimlerin spektroskopik ve kemometrik analiz teknikleri ile karakterizasyonu
NİHAL ŞİMŞEK ÖZEK
Doktora
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERİDE SEVERCAN
DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Hepatosellüler kanserde önemli bir LncRNA olan MIR100HG'nin transkripsiyonel regülasyonu
Transcriptional regulation of MIR100HG, an important LncRNA, in hepatocellular cancer
AYLİN TÜRKOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Moleküler TıpBalıkesir ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERAY KÖÇKAR