Klon sığır ve jenerasyonlarında mtdna heteroplazmi ve haplotıp analizi
Mtdna heteroplasmy and haplotype analysis on cloned cattle and their generations
- Tez No: 497500
- Danışmanlar: PROF. DR. SEZEN ARAT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Sığır, klonlama, nükleer transfer, klon yavruları, mtDNA, haplotip 2017, 69 Sayfa, Bovine, clonning, nuclear transfer, clone offspring, mtDNA, haplotype 2017, 69 Sayfa
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Namık Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
ÖZET Yüksek Lisans Tezi KLON SIĞIR VE JENERASYONLARINDA mtDNA HETEROPLAZMİ VE HAPLOTIP ANALİZİ Volkan SÖNMEZ Namık Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Sezen ARAT Bugünkü anlamıyla klonlama; klonlanmak istenen bireyin vücut hücresine ait çekirdeğin daha önce çekirdeği çıkartılmış olan yumurta hücresi içinde geriye programlanarak bireyin genetik kopyasının oluşturulması anlamına gelmektedir. Üretilen klonların ve onların yavrularının daha ayrıntılı tanımlanması başarı yüzdesi halen istenilen seviyede olmayan teknolojinin daha anlaşılır ve kontrol edilebilir hale gelmesinde faydalı olacaktır. Bu çalışmanın amacı geriye programlama prosesinde ve daha sonrasında gelişim, performans, verim özellikleri gibi değişik parametrelere etkili olabileceği düşünülen alıcı ve verici hücre arasındaki mtDNA farkının ve bireylerdeki heteroplazminin etkisinin daha iyi anlaşılması amacıyla mtDNA varlığının klonlar ve onların yavrularında izlenmesidir. Bu amaçla çalışmada 5 klon boz sığır (1 erkek, 4 dişi), onların 8 adet (F1 jenerasyonu) yavrusu ve bu yavruların 3 adet (F2 jenerasyonu) yavrusunda D-loop'u da içeren mtDNA gen bölgesi PCR ile çoğaltılmış, enzim kesimi ile haplotip farkı, tek iplikli konformasyon polimorfizmi analizi (Single Strand Conformation Polymorphism-SSCP) ve sekans analizi ile mtDNA heteroplazmisi varlığı belirlenmeye çalışılmıştır. Bu analizler sonucunda bir erkek ve iki dişi klonun ve onların yavrularının kan örneklerinde verici hücreye ait mtDNA varlığı saptanmazken diğer iki dişi klonda heteroplazmi tespit edilmiştir. Ancak kan örneklerinde heteroplazmi tespit edilen bu klon dişilerin doku örneklerinde ve bu klonların yavrularının kan örneklerinde heteroplazmi görülmemiştir. Bu sonuç klonlara hücre kaynaklı mtDNA geçişinin ya hiç olmadığını veya tespit edilemeyecek düzeyde olduğunu ve olsa bile bunun hayvanların, sağlığı, gelişimi ve üremesi üzerinde olumsuz etkisinin dikkate değer olmadığını göstermiştir. Haplotip analizi sonuçları ise klonların bazılarının hücre vericisi ile aynı bazılarının farklı haplotipte olduğunu dolayısı ile haplotip farkının da teknolojinin başarısı için dikkate değer olmadığını göstermiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Master Thesis mtDNA HETEROPLASMY AND HAPLOTYPE ANALYSIS ON CLONED CATTLE AND THEIR GENERATIONS Volkan SÖNMEZ Namık Kemal University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Agricultural Biotechnology Supervisor: Prof. Dr. Sezen ARAT Cloning for today means creating a genetic copy of an individual of which a donor nucleus from a somatic cell of the invidual is taken and reprogrammed into an enucleated oocyte. The identification of the clones and their offspring in details will be useful for understanding and controlling the technology which is not at the desired success level. The aim of this study is to monitor the presence of mtDNA in clones and their offspring in order to understand the difference in mtDNA between recipient and donor cells and the effect of heteroplasmy in individuals, which is thought to be effective for various parameters such as development, performance, yield characteristics in the objective backward programming process and later. For this purpose, mtDNA gene region including D-Loop were amplified by PCR in 5 clone bovine (1 male, 4 female), 8 offspring (F1 generation) and 3 offspring (F2 generation) and the presence of mtDNA heteroplasmy by single strand conformation polymorphism (SSCP) method and haplotype difference by RFLP analysis were determined. The results showed that there is no evidence of donor mtDNA existence in the blood samples of one male and two female clones and their offspring, on the other hand the heteroplasmy is detected in the other two female clones. But heteroplasmy is not observed in the blood samples of the offspring of these female clones that heteroplasmy is detected in the tissue samples of same female clones. The results indicate that either there is no cell mediated mtDNA transition to the clones or it may be very low so that it cannot be detected and even if there is any transition there is no remarkable negative effect on the health, development and reproduction of the animals. The results of the haplotype analysis showed that some of the clones are the same as the cell donor, some are in different haplotypes, and therefore the haplotype difference is not remarkable for the success of the technology.
Benzer Tezler
- Nükleer transfer ile elde edilen klon sığır ve yavrularının mtDNA ve mikrosatellit belirteçlerle karakterizasyonu
Characterization of cloned cattle produced by nuclear transfer and their offsprings by using mtDNA and microsatellit markers
EMEL TÜTEN SEVİM
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoteknolojiNamık Kemal ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEZEN ARAT
- Klon ve normal sığır embriyo plasentalarında insülin benzeri büyüme faktör-ı (IGF-I), vasküler endotelyal büyüme faktör (VEGF) ve nöronal hücre adhezyon molekül (NCAM) ekspresyonun immunositokimyasal ve moleküler tekniklerle incelenmesi
Evaluation of expression of insulin-like growth factor-i (IGF-I), vascular endothelial growth factor (VEGF) and neuronal cell adhesion molecule (NCAM) by immunocytochemical and molecular techniques in cloned and normal bovine placentas
FATİH KARAKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyoteknolojiKocaeli ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKKI DALÇIK
PROF. DR. SEZEN ARAT
- Metisilin dirençli Staphylococcus aureus suşlarının moleküler tiplendirmesi
Molcular typing of methicillin-resistant staphylococcus aureus strains
ZEYNEP ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
MikrobiyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
- Microbial community dynamics during anaerobic digestion of OTC medicated cow manure using DGGE and clone libraries
OTC uygulanmış inek dışkısının anaerobik yıkımında DGGE ve klon kütüphaneleri kullanılarak mikrobiyal komünite dinamikleri
HALİL ÇOBAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHAR İNCE
- İnsan, hayvan ve içme sularından izole edilen hareketli aeromonas suşlarının dna profillerinin karşılaştırılması
Comparison of dna profiles of motile aeromonas strains isolated from human, animal and drinking water
HANİFİ KÖRKOCA
Doktora
Türkçe
2006
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA BERKTAŞ