Karbapenemaz oluşturan enterobacteriaceae'lerin hızlı teşhisi için cihaz geliştirme
Device development studies for rapid detection of carbapenemase-producing enterobacteriaceae
- Tez No: 501096
- Danışmanlar: PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Mikrobiyoloji, Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
Son yıllarda bakterilerin karbapenemaz üretiminin yaygınlaşması sonucunda kullanımda olan karbapenem grubu antibiyotiklerin hemen hepsine direnç gelişmesine yol açmıştır. Bu durum hastanede yatmakta olan hastalarda ciddi tedavi zorluklarına neden olmaktadır. Karbapenemazlar, beta-laktamlara karşı direnç kazandırdığı için karbapenemaz üreten bakterilerin yayılımı önemli bir klinik sorun haline gelmiştir. Bu tez çalışmasının amacı; özellikle hastane enfeksiyonlarına neden olan dirençli bakterilerin tanımlanması ve karbapenemaz tayini için hızlı sonuç verebilecek, ucuz, kullanımı kolay, taşınabilir, dış ülkelere bağımlı olmayan, yerli bir cihaz geliştirmek amacıyla bir ön çalışma gerçekleştirmektir. Bunun için deneyler pek çok sakkaritin (monosakkarit, disakkarit ya da trisakkarit) bulunduğu bir U tabanlı plak içerisinde gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızda ATCC-BAA-1705 Klebsiella pneumoniae ve ATCC-BAA-2340 Escherichia coli standart suşları kullanıldı. Ayrıca İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda hemokültür örneklerinden izole edilen Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecium, Pseudomonas aeruginosa izolatları dahil edildi. Çalışmamızda glukoz, laktoz, sukroz, mannitol, mannoz, rafinoz, ksiloz, trehaloz, sellobiyoz ve adonitol olmak üzere on farklı sakkarit ve sakkarit alkolleri kullanıldı. Bizim bu çalışmamız ile kullandığımız karbapenemaz yapan bakterilerin (ATCC-BAA-1705, ATCC-BAA-2340) varlığının hızlı tespiti ile hastanelerde tarama testleri ve sürveyans çalışmaları yapılabilecektir. Çalışmamızda kullanılan karbapenem dirençli bakteri kökenlerinde karbapenemaz varlığı fenotipik olarak gösterilmiştir. Cihaz geliştirmeye yönelik ön çalışmamızda kullandığımız yöntem ile karbapenemaz varlığı ortalama 2-3 saat arasında saptanmış, bakterilerin identifikasyonu ise ortalama 4 saat içerisinde tamamlanmıştır. Bu veriler diğer çalışmalarla uyumludur. Bizim yöntemimizin antimikrobiyal tedavi seçeneklerini neredeyse sıfıra indiren karbapenem dirençli bakterilerin identifikasyonunun ve karbapenemaz varlığının dışarıya bağımlı olmadan, kendi laboratuvar şartlarımızda, daha ucuz ve hızlı tespit edilmesinin akılcı antibiyotik kullanımına katkı sağlayacağı açıktır. Bu ön çalışma bize göstermektedir ki bu çalışmalar tamamlandığında geliştirilecek olan cihaz umut vaat etmektedir.
Özet (Çeviri)
In recent years, the carbapenem group, which is the result of the widespread use of carbapenemase production by bacteria, has led to almost complete resistance to antibiotics. This causes serious treatment difficulties in hospital patients. The release of carbapenemase-producing bacteria has become an important clinical problem as carbapenemases have provided resistance to beta-lactams. The aim of this thesis is carry out a preliminary study to develop a device for rapid identification of pathogenic bacteria and detection of carbapanemase. carbapenemase-producing bacteria has become an important clinical problem as carbapenemases have provided resistance to beta-lactams. For this, experiments were carried out in a plate containing several saccharides (monosaccharide, disaccharide or trisaccharide). In our study, ATCC-BAA-1705 Klebsiella pneumoniae and ATCC-BAA-2340 Escherichia coli standard strains were used. Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecium, and Pseudomonas aeruginosa strains isolated from hemoculture samples in the Central Microbiology Laboratory of Istanbul University Cerrahpaşa School of Medicine Hospital were also included. Ten different saccharides and saccharide alcohols were used in our study, including glucose, lactose, sucrose, mannitol, mannose, raffinose, xylose, trehalose, cellobiose and adonitol. Screening tests and surveillance studies in hospitals can be performed with the rapid detection of the presence of carbapenemase-producing bacteria (ATCC-BAA-1705, ATCC-BAA-2340) in our study. Carbapenemase production is phenotypically demonstrated in carbapenem resistant bacterial strains used in our study. With the method used for device development our preliminary study, carbapenemase was detected between 2-3 hours on average and the identification of the bacteria was completed within 4 hours on average. This data is consistent with other studies. It is clear that our method will contribute to the rational use of antibiotics for the identification of carbapenem resistant bacteria, which have almost eliminated the antimicrobial treatment options, and the cheaper and faster detection of carbapenemase activity in our own laboratory conditions, without being dependent externally. This preliminary work shows us that the device to be developed promises hope.
Benzer Tezler
- İnvazif enfeksiyonlara neden olan genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) oluşturan Enterobacteriaceae izolatlarının hızlı teşhisi için DNA aptamerlerinin geliştirilmesi
Development of DNA aptamers for rapid diagnosis of extensive spectrum beta-lactamase (ESBL) producing Enterobacteriaceae isolates which causes invasive infections
HATİCE NUR HALİPÇİ TOPSAKAL
Doktora
Türkçe
2018
BiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASHABİL AYGAN
PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
- Karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenemaz varlığının MALDI-TOF MS (matrix assisted laser desorption ionization – time of flight mass spectrometry) ile araştırılması ve real-time PCR yöntemi ile karşılaştırılması
Investigation of the presence of carbapenemase in carbapenem-resistant klebsiella pneumoniae strains by MALDİ-TOF MS (matrix assisted laser desorption ionization – time of flight mass spectrometry) and comparison with real-time PCR method
MELİKE YAŞAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA FERİHA ÇİLLİ
- Karbapenem dirençli enterobacteriaceae ile rektal kolonizasyon oluşumuna antibiyotik kullanımının etkisi ve karbapenemaz varlığının araştırılması
The effect of antibiotic usage in rectal colonization with carbapenem resistant enterobacteriaceae and the investigation of the carbapenemas
ŞİRİN HEKİMOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNAY TUNCER ERTEM
- Hastane infeksiyonu olan hastalarda intestinal kolonizasyon ile infeksiyon etkeni olan mikroorganizma arasındaki ilişkinin araştırılması
To investigate the association between the intestinal colonisation and the microorganisms that caused infection for the patients with nosocomial infections
ZUHAL AVCI YEŞİLBAĞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. ATAHAN ÇAĞATAY
- Hastanede yatan hastaların, klinik örneklerinde üreyen enterobactericeae türlerinin klinik ve mikrobiyolojik özellikleri ve karbapenem direnç risk faktörlerinin araştırılması
Research of clinical and microbiological characteristics and carbapenem resistance risk factors of enterobactericeae species isolated in clinical samples of hospitalized patients
ÜMMÜGÜLSÜM BATIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALPAY ARI