In silico screening of potent HIV-1 integrase inhibitors for the treatment of human immunodeficiency virus (HIV)
İnsan immünyetmezlik virüsü (HIV) tedavisine yönelik in silico taramayla potansiyel integraz inhibitörlerinin bulunması
- Tez No: 504267
- Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
Bu araştırmanın amacı, AIDS olarak bilinen insan bağışıklık sistemine etki eden, duraksamayan ve depresif bir hastalığa neden olan HIV-1'in tedavisi için potansiyel inhibitörleri elde etmektir. HIV-1 integraz inhibitörleri, HIV-1 enfeksiyonunun tedavisinde çok önemlidir. İntegraz enziminin (IN) inhibe edilmesi HIV-1 virüsünün çoğalma işleminin sonlandırılmasına neden olur. Böylece yaşam döngüsüne son verir. Bu inhibitörleri elde etmek için bilgisayar destekli in silico yaklaşım kullanılmıştır. Temelde, Otava Kimya Kütüphanesi tarandı ve inhibitör tasarımında kullanılan sistematik yaklaşımlar uygulandı, böylece dört güçlü integraz inhibitörü bulundu. İnhibitörlerin enzime bağlanma değerleri PyRx ve AutoDock 4.2 doklama programları kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmada bir kimyasalın güçlü bir inhibitör olabilmesi için hesaplanan serbest bağ enerjisi = -8.00 kcal / mol veya daha az olması ve integrazın aktif bölgesinde bulunan 3 önemli amino asidinden herhangi biri ile de etkileşimde bulunması kriterine uyulmuştur. Discovery Studio Visualizer, inhibitörlerin yapısını çizmekte, inhibitörü komplekslerinin resimlerini üretmekte, enzim ve inhibitör arasındaki etkileşimin türünü belirlememizi sağlayan 2D ve 3D yapıları görüntülemek için kullanıldı. Elde edilen dört güçlü inhibitörden, kendimizin tasarladığı moleküllerden (Ki= 652.83 nanomolar bir ve bağlanma serbest enerjisi -8.44kcal / mol), kalan üç inhibitörde, Otava Kimya Kütüphanesi'nde tarandı ve Otava koduyla parantez içerisinde listelenmiştir. Bunların inhibisyon sabiti ve bağlanma enerjileri sırasıyla; 107320240, Ki=131.7nm, -9.39kcal/ mol; 109750115, Ki= 44.19nm, -10.03kcal / mol; 111150115 Ki = 395.19nm, -8.74kcal / mol olarak bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
The purpose of this research is to obtain potent inhibitors for the treatment of HIV-1, which causes a ceaseless and depressive disease of the human immune system known as AIDS. HIV-1 integrase inhibitors are very essential in the treatment of HIV-1 infection. Inhibiting the enzyme integrase (IN) results in the termination of the HIV-1 replicative process, thus, putting an end to its life cycle. The in silico approach was employed for the purpose of obtaining these inhibitors. Basically, the Otava's chemical library was screened as well as a systematic approach of designing an inhibitor was employed, thus, leading to the yielding of four potent IN's inhibitors. The potency of inhibitors was measured through two docking programs, namely PyRx and AutoDock 4.2. For a chemical structure to be considered as a potent inhibitor for this study, it must generate a calculated free energy of binding = negative 8.00 kcal/mol or less and also interact with any of the three key important amino acids of IN. The Discovery Studio Visualizer was used to draw the structure of inhibitors at the same time generating pictures of enzyme inhibitor complexes, displaying 2D and 3D structures which enable us to determine the type of interaction between the enzyme and the inhibitor. Of the four potent inhibitors obtained, one was designed and yielded an estimated inhibition constant (Ki) of 652.83 nanomolar and a free energy of binding negative 8.44kcal/mol. The remaining three inhibitors were screened from the OTAVA's chemical library, listed in parenthesis with OTAVA's code, Ki and binding energy respectively; (107320240=131.7nm, -9.39kcal/mol; 109750115=44.19nm, -10.03kcal/mol; 111150115=395.19nm, -8.74kcal/mol).
Benzer Tezler
- In silico screening of potent histon demethylase1 (lsd1) enzyme inhibitor
In silico taramayla güçlü potansiyel histone demethylase 1 (lsd1) inhibitörlerinin bulunması
MARYAM MUHSIN TAHER AL-RIKABI
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilim ve TeknolojiKadir Has ÜniversitesiBiyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- In silico screening of tangible-potential inhibitor of methionine aminopeptidase 2 for the treatment of cancer
Başlık çevirisi yok
JACKSON WEAKO
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiKadir Has ÜniversitesiHesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- In silico screening of multi target drug for alzheimer'sdisease and parkinson's disease using pharmacophore-baseddrug discovery approach
Alzheimer'ın çoklu hedef ilaçlarının siliko taramasında hastalığı ve farmakofor esaslı Parkinson hastalığı ilaç keşfi yaklaşımı
SARAH RAJI
- In silico design of hERG non-blocker compounds with retained pharmacological activity using multi-scale molecular modeling applications
hERG bloker olmayan farmakolojik aktivitesi korunmuş bileşiklerin çok boyutlu moleküler modelleme uygulamaları ile in siliko tasarımı
GÜLRU KAYIK
Doktora
İngilizce
2017
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURCAN TÜZÜN
DOÇ. DR. SERDAR DURDAĞI
- Yeni anti-inflamatuar ilaçların tasarımına yönelik, COX-1/COX-2 selektif ve COX-2/5-LOX dual inhibitörlerinin hesaplamalı yöntemlerle incelenmesi
Computational investigation of selective COX-1/COX-2 selective ve COX-2/5-LOX dual inhibitors for designing new anti-inflammatory drugs
FATMA AKSAKAL
