Geri Dön

In silico screening of potent histon demethylase1 (lsd1) enzyme inhibitor

In silico taramayla güçlü potansiyel histone demethylase 1 (lsd1) inhibitörlerinin bulunması

PDF İndir

  1. Tez No: 619693
  2. Yazar: MARYAM MUHSIN TAHER AL-RIKABI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilim ve Teknoloji, Science and Technology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 61

Özet

Histon lisinspesifik demetilaz (LSD1) histon demetilasyon düzenleyen ana enzimlerden biridir, farklı epigenetik süreçleri düzenler örneğin DNA çoğaltma ve transkript ve gen susturma. Ayrıca, son çalışmalarda birçok hastalığın gelişmesinde LSD1 doğrudan ama belirsiz bir bağlantı yapmış, viral enfeksiyonlar, nörodejeneratif hastalıklar ve en yaygında kanser. LSD1 enziminin seviyesi yüksek ekspresyonu gözlemlenen kanser türleri (AML), meme kanseri, akciğer kanseri ve prostat kanseri. bu gözlemler sonuconda iki LSD1 inhibitörleri gelişmiştir yol açtı; Tranylcypromine and 2-[4-methoxy-phenyl] Cyclopropylamine fakat ikiside enzime karşı düşük seçicilik gösterdiler. bu sebeple bu çalışma birçok diğer çalışmalar ile birlikte solo odaklanan daha seçici ve potansiyeli yüksek özgün LSD1 inhibitörleri tasarlamak için yeni geliştirilen bilgisayar destekli ilaç tasarım (in silico) yöntemi kullanılır. Çalışmada Zinc 15 veri bankasında bulunan 40.000 bileşik kullanılmıştır hazırlanan ve iki aşamada yerleştirildi, PyRx (autodockVina) sonra ilk değerlendirmeden geçtiğinde bileşikler daha fazla yerleştirildi. Autodock 4 programı kullanılarak sonucunda bağlanma enerjileri -8.00 kcal\mol 'dan daha iyi 24 bileşik elde edilebilmiştir. Sonradan, enzimi bağlayıcı cebinde ligand etkileşimleri daha fazla görüntü ve araştırma için Discovery Studio Visualizer programı kullanılarak enzim – ligand kompleksi 2D ve 3D diyagramı resimleri oluşturuldu.

Özet (Çeviri)

Histone lysine specific demethylase (LSD1) is one of the main enzymes which regulates histone demethylation which in return regulates different epigenetic processes such DNA replication and transcription also gene silencing. Moreover, recent studies have made a direct yet unclear link between LSD1 and the development of several diseases such viral infections, neurodegenerative diseases and most commonly cancer. An overexpression of the enzyme has been observed in different types of cancer including; acute myeloid leukemia (AML), breast cancer, lung cancer and prostate cancer. This observation led to the development of two LSD1 inhibitors; Tranylcypromine and 2-[4-methoxy-phenyl] Cyclopropylamine yet both have demonstrated low selectivity against the enzyme therefore this study along with many others solo focus on finding more potent LSD1 inhibitors through applying newly developed computer aided drug design (in silico) approaches. In this study Zinc15 database was screened in order to obtain pre-synthesized potential lead compounds. 40 thousand compounds were obtained, prepared and docked in two phases, firstly with PyRx autodock vina software and afterwards the compounds that have passed the first evaluation were further docked in autodock4 software and a total of 24 compounds have shown potential with a binding energy of -8.00 kcal/mol and less. Later on, Discovery Studio Visualizer software was used to generate 2D and 3D diagram pictures of the enzyme – ligand complex to further display and investigate the ligand interactions in the enzymes binding pocket.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    700371

    Designing of selective and potent inhibitors against histone deacetylase enzymes (HDAC6 VE HDAC10) via in silico screening and molecular modeling techniques for the treatment of cancer

    Kanser tedavisi için siliko tarama ve moleküler modelleme teknikleri ile histon deacetilaz enzimlerine (HDAC6 VE HDAC10) karşı seçici ve etkili inhibitörlerin tasarlanması

    NAZ MİNA MERT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyomühendislikKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  2. Tez No

    514422

    Targeting cancer epigenetic modifiers: The design of isoform-selective histone deacetylase inhibitors

    Kanser epigenetik modifiye edicilerin hedeflenmesi: İzoforma özel seçimli histon deasetilaz inhibitör dizaynı

    ABDULLAHİ İBRAHIM UBA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyokimyaKadir Has Üniversitesi

    Biyoenformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  3. Tez No

    504267

    In silico screening of potent HIV-1 integrase inhibitors for the treatment of human immunodeficiency virus (HIV)

    İnsan immünyetmezlik virüsü (HIV) tedavisine yönelik in silico taramayla potansiyel integraz inhibitörlerinin bulunması

    AUGUSTINE S. SAMORLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Tıbbi BiyolojiKadir Has Üniversitesi

    Biyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  4. Tez No

    467699

    In silico screening of tangible-potential inhibitor of methionine aminopeptidase 2 for the treatment of cancer

    Başlık çevirisi yok

    JACKSON WEAKO

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyolojiKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  5. Tez No

    551186

    In silico screening of multi target drug for alzheimer'sdisease and parkinson's disease using pharmacophore-baseddrug discovery approach

    Alzheimer'ın çoklu hedef ilaçlarının siliko taramasında hastalığı ve farmakofor esaslı Parkinson hastalığı ilaç keşfi yaklaşımı

    SARAH RAJI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Eczacılık ve FarmakolojiKadir Has Üniversitesi

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

Geri Dön