Isı şoku protein (HSP) ailesi üyelerinin karpuz bitkisinde tespiti, karakterizasyonu ve kuraklık ile sıcaklık streslerinde gen ifade analizleri
Identification, characterization of HSP (heat shock protein) family members in watermelon and analysis of gene expressions under drought and heat stresses
- Tez No: 507339
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kastamonu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
Isı şoku (Hsp) genleri, canlılar için hayati öneme sahip genlerdir. Bu gen ailesi altı sınıfa ayrılır ve tüm canlılarda bulunur. Bu çalışmada karpuz bitkisindeki Hsp gen aileleri biyoinformatik analizler ile belirlenmiş ve incelenmiştir. Bunun yanı sıra genlerin deneysel olarak da kombine kuraklık ve sıcaklık stresleri altındaki ifade profilleri incelenerek biyoinformatik analizler ile elde edilen sonuçlar karşılaştırılmıştır. Karpuz genomunda sHsp ailesine ait 39 gen, Hsp40 ailesine ait 101 gen, Hsp60 ailesine ait 23 gen, Hsp70 ailesine ait 12 gen, Hsp90 ailesine ait 6 gen ve Hsp100 ailesine ait 102 gen bulunmuştur. Bu proteinlere ait elde edilen filogenetik ağaçlarda aynı sınıfta yer alan proteinlerin motif kalıplarının benzer olduğu görülmüştür. Bu genlere ait proteinlerin tahmini üç boyutlu yapıları incelendiğinde hemen hemen tüm ailelerde α-sarmal yapının hakim olduğu belirlenmiştir. Gen ontoloji analizlerinde moleküler fonksiyonlarının çoğunlukla bağlanma olduğu gözlenmiştir. Kombine stres koşulları altında gen ifade seviyelerine gerçek zamanlı PZR ile bakıldığında ise tüm doku örneklerinde (kök, gövde, yaprak, sürgün) çalışılan genlerde genellikle 30. dakikada belirgin olarak bir artış tespit edilmiştir. Bu çalışma, karpuz Hsp'leri için geniş bir bilgi sunmaktadır ve Hsp genleri ile kombine stres arasındaki ilişkiler hakkında bilgi birikimimizi arttırabilir. Sonuç olarak, elde edilen veriler ile çalışmanın daha da ileriki adımlara taşınabileceği ve karpuz yetiştiriciliği için yararlı olabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Heat shock (Hsp) genes have vital importance for organisms. This gene family is divided into six classes and found in all living organisms. In this study, Hsp gene families in watermelon were identified and studied by bioinformatics analysis. Besides, expression profiles of genes under combined drought and heat stress conditions were experimentally analyzed and the results were compared by bioinformatics analyzes. In watermelon genome, 39 gene belonging to sHsp family, 101 gene belonging to Hsp40 family, 23 gene belonging to Hsp60 family, 12 gene belonging to Hsp70 family, 6 gene belonging to Hsp90 family and 102 gene belonging to Hsp100 family were found. It is also seen that the proteins in the same clade in the constructed phylogenetic trees had similar motif patterns. When the estimated three-dimensional structures of proteins belonging to these genes are examined, it has been determined that α-helical structure was dominant in almost all families. In gene ontology analysis, it has been observed that molecular functions of those proteins were mostly by binding. A significant increase was detected usually at 30 minutes in almost all samples (root, stem, leaf, shoot) for studied gene families when real time-PCR was used to assess the gene expression levels under combined stress conditions. This study provides an extensive information for watermelon Hsps and can enhance our knowledge about the relationships between Hsp genes and combined stresses. Consequently, it is thought that this study can be carried forward to further steps and can be beneficial for watermelon breeding.
Benzer Tezler
- Isı şoku protein genlerinin (HSP) bazı populus taksonlarında fonksiyonel genom analizi ve abiyotik stres koşullarında HSP genlerinin ifade seviyelerinin belirlenmesi
Genome-wide survey of heat shock proteins (HSP) and expression analysis of HSP genes under abiotic stress conditions in some populus taxons
ESRA NURTEN YER
Doktora
Türkçe
2017
GenetikKastamonu ÜniversitesiOrman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEZGİN AYAN
DOÇ. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU
- Identification of the interaction partners of anti-apoptotic BAG-1M isoform in breast cancer and breast epithelial cells
Anti-apoptotik BAG-1M izoformunun etkileşim partnerlerinin meme kanseri ve meme epitel hücrelerinde tanımlanması
NİSAN DENİZCE CAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Kabak bitkisinde ısı şoku proteini ve ısı şoku faktörü genlerinin biyoinformatik karakterizasyonu ve farklı abiyotik stres koşullarında ifade profilleri
Bioinformatics characterization of heat shock protein and heat shock factor genes in zucchini and expression profiles in different abiotic stress conditions
KEVSER BETÜL CEYLAN
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU
- Deneysel kriptorşidizm oluşturulmuş sıçanlarda Moringa oleifera lam ekstraktının (MOLE) testis üzerindeki etkisi
Effects of Moringa oleifera lam extract (MOLE) in experimentally induced cryptorchidism rat testis
MUHAMMETNUR TEKAYEV
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Histoloji ve EmbriyolojiGaziantep ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURAY BOSTANCIERİ
YRD. DOÇ. DR. ABU SHAMEEM MD. SAADAT KHANDAKAR
- DNAJC9 geninin meme kanserindeki ifadesi, genetik/ epigenetik alterasyonları ve prognostik değeri
Expression, genetic/epigenetic alterations and prognostic value of DNAJC9 gene in breast cancer
OYA İNCEKARA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TOLGA ACUN