Molecular characterization of Monilinia species associated with brown rot of stone fruits
Sert çekirdekli meyvelerde kahverengi çürüklük ile ilişkili Monilinia türlerinin moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 512871
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HİLAL ÖZKILINÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Monilinia sert çekirdekli meyveler olarak bilinen şeftali, kiraz, erik gibi meyvelerde ve de elma, armut gibi bazı yumuşak çekirdekli meyvelerde kahverengi çürüklük veya monilya hastalığı olarak adlandırılan hastalığa neden olan fitopatojen fungal türleri içeren bir cinstir. Dünya'da bu hastalığın etmenleri olarak Monilinia cinsi içerisinde yer alan M. fructicola, M. fructigena ve M. laxa türleri yaygın olarak bildirilmiştir. Çanakkale yöresi başta şeftali olmak üzere çeşitli sert çekirdekli meyve üretiminde önemli bir yere sahiptir. Bu alanlarda monilya hastalığının özellikle çevre şartlarının hastalığı tetiklediği dönemlerde önemli bir problem olarak ortaya çıktığı ve özellikle şeftali meyvelerini etkilediği görülmüştür. Tez çalışması kapsamında Çanakkale yöresindeki şeftali ve kiraz gibi farklı konukçulardan elde edilebilecek monilya hastalığının patojen etmeni/etmenlerinin moleküler olarak tanımlanması ve genetik çeşitliliğin çeşitli moleküler markırlar ile çalışılması planlanmıştır. Çalışma kapsamında, yetmiş izolat değerlendirilmiştir ve tür-spesifik moleküler markırlar ile bu izolatların hepsi M. fructicola olarak tanımlanmıştır. İzolatlar arasında genetik varyasyonlar Internal Transcribed Spacer (ITS), Glyceraldehyde-3 phosphate dehydrogenase (G3PD), Chitin Synthase (CHS), Beta-tubulin (β-tubulin) ve Elongation factor-1α (Ef-1α) bölgelerine ait sekans verileri üzerinden değerlendirilmiştir. Mevcut izolat koleksiyonu içerisinde herhangi bir polimorfizm bulunanmamıştır. Elde edilen tek genotip, NCBI gen bankasında kayıtlı kahverengi çürüklük etmeni Monilinia türlerine ait çeşitli izolatlarla ITS, G3PD, β-tubulin ve Ef-1α dizileri açısından kıyaslanmış ve Neighbour-Joining ağaçları çıkarılmıştır. Bu ağaçlar, bu çalışmada elde ettiğimiz genotipin, Çin ve Brezilya'daki bazı M. fructicola genotipleri ile yakın ilişkili olduğunu göstermiştir. Monilinia spp. için CHS gen bölgesi ilk defa bu tez kapsamında çalışıldığı için ayrıca kıyaslama yapılamamıştır. Patojen etmen/etmenlerin doğru tanımlanması ve popülasyon genetik yapılarının bilinmesi, bitki hastalıklarıyla mücadele için oldukça önemlidir.
Özet (Çeviri)
Monilinia, is a genus containing phytopathogenic fungal species causing brown rot or monilia disease in stone fruits, such as peach, cherry, and plum or in some pome fruits, such as apples, pears. In the world, as the common agents of the disease, M. fructicola, M. fructigena, and M. laxa species found in Monilinia genus are reported. The region of Çanakkale has an important place in production of various stone fruits, primarily peach. In this region, it is seen that the monilia disease appears to be an important problem especially during the periods when the environmental conditions trigger the disease, and that it particularly affects the peach fruit. Within the scope of the thesis, it is planned to define pathogenic agent / agents of monilia disease in different hosts such as peach and cherry, that can be obtained, in the region of Çanakkale at molecular level and to study genetic diversity with various molecular markers. Within the study, seventy isolates were evaluated, and all of these isolates were identified as M. fructicola through species-specific molecular markers. Genetic variations among isolates were assessed based on sequence data belonging to Internal Transcribed Spacer (ITS), Glyceraldehyde-3 phosphate dehydrogenase (G3PD), Chitin Synthase (CHS), Beta-tubulin (β-tubulin) and Elongation factor-1α (Ef-1α) regions. No polymorphism was found in the current collection of isolates. The only genotype obtained in this study was compared with some isolates of Monilina species, which are agents of brown rot, registered in the NCBI genbank for ITS, G3PD, β-tubulin ve Ef-1α factor sequences and Neighbor-Joining trees were formed. Those trees presented that the genotype obtained in this study was closely related with some of M. fructicola genotypes from the China and Brazil countries. Since the CHS gene region has been studied for Monilinia spp. for the first time in this thesis, no additional comparison could be made. Correct identification of pathogenic agent / agents and knowing their population genetic structures are of great importance in terms of management the plant disease.
Benzer Tezler
- Genome-wide discovery of structural variants and their potential role in DMI-propiconazole resistance in Monilinia species
Monilinia türlerinde yapısal varyantların genom çapında keşfi ve DMI-propikonazol direncindeki potansiyel rolü
MUHAMMED RAŞİT DURAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL ÖZKILINÇ
- Molibden katkılı bivo4 katalizörlerinin geliştirilmesi,karakterizasyonu ve fotokatalitik etkinliklerinin incelenmesi
Development and characterization of molibden metal doped bivo4 catalysts and investition of their photocatalytic activities
TUĞBA YALÇIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Enerjiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA KAMİL ÜRGEN
- Kayseri ilinde yetişen iğde (Elaeagnus angustifolia L.) genotiplerinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of russian olive (Elaeagnus angustifolia L.) genotypes grown in Kayseri province
BUKET ÇELİK KARADEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
GenetikOrdu ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURAN KARADENİZ
DOÇ. DR. AYDIN UZUN
- Mardi̇n yöresi̇ndeki̇ koyunlarda coenurus cerebrali̇s'i̇n moleküler karakteri̇zasyonu
Molecular characterization of coenurus cerebralis in sheep in mardin province of Turkey
BETÜL SÖNMEZ
- Ankara'daki çeşitli hastanelerde değişik yöntemler ile toksin pozitifliği saptanan dışkı örneklerinden elde edilen clostridium difficile izolatlarının toksin genlerinin araştırılması, pcr ribotiplendirimi ve ribotipler ile antimikrobiyal duyarlılıkları arasındaki ilişkinin ortaya çıkarılması
Molecular characterization of toxin genes in clostridium difficile isolates from toxin positivite stool samples obtained by different methods from several hospitals in ankara and association between PCR ribotypes and antimicrobial susceptibility among clostridium difficile isolates
EMRAH SALMAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP CEREN KARAHAN