Kantitatif real-time PCR ile karpuz bakteriyel meyve leke hastalık etmeni Acidovorax citrulli (Schaad vd. 2008)'nin tanısı, tespiti ve karpuz ve kavun çeşitlerinin hastalık etmenine karşı duyarlılık reaksiyonlarının araştırılması
Identification and detection of Acidovorax citrulli (Schaad vd. 2008), a causal agent of watermelon bacterial fruit blotch disease by quantitative real-time PCR, and investigation of susceptibility reactions of watermelon and melon varieties against the disease pathogen
- Tez No: 513955
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN BASIM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Bu çalışmada, Karpuz Bakteriyel Meyve Leke hastalık etmeni Acidovorax citrulli (Acidovorax avenae subsp. citrulli)' nin Real-Time PCR ile hassas tanısı ve bitki dokularından tespiti için primer ve prob setleri geliştirilmiştir. Karpuz ve kavun çeşitlerinin hastalığa karşı duyarlılık reaksiyonları araştırılmıştır. Acidovorax citrulli'nin Real-Time PCR ile tanısı ve tespiti için hrpB2 gen dizisini ve ITS (Internally Transcribed Spacer) bölgesini kullanarak her iki bölgeye özel primer dizayn edilmiştir. 8 bazdan oluşan LNA (Locked Nucleic Acid) probe geliştirilmiştir. Geliştirilen primer ve prob setlerinin spesifikliği; farklı Acidovorax citrulli strainleri, farklı bitki patojeni bakteriler ve karpuz genomik DNA'sı kullanılarak test edilmiştir. Test edilen tüm yerli ve yabancı Acidovorax citrulli izolatlarında her iki primer-prob seti 88 bp'lik amplifikasyon gerçekleşirken, farklı bitki patojeni bakterilerde ve karpuz genomik DNA'sında hiçbir amplifikasyon tespit edilmemiştir. Bu çalışmada bakteriyel hücre hassasiyet sınırı 2 bakteriyel hücre ve DNA düzeyindeki hassasiyet sınırı ise 12 fg'dır. Hastalığa etki eden bakteri popülasyonlarının sayısını belirlemek için Kantitatif Real-Time PCR ve hastalıklı bitki materyali üzerinde yaşayan bakterilerin saptanması için Bio-PCR gerçekleştirilmiştir. Kantitatif Real-Time PCR sonucunda her iki primerprob seti için standart eğri elde edilmiştir. Kantitatif Real-Time PCR yönteminde kullanılan hrpB2 ve ITS primer-prob setlerinin etkinlikleri sırasıyla % 97.941 ve % 98.215 oranlarında yüksek güvenirlikte bulunmuştur. Bu çalışmada geliştirilen Real- Time PCR metotları bakteriyel patojenin varlığı açısından karpuz ve kavun tohumlarının taranmasına yardımcı olabilecektir. Ayrıca bu metot bakteriyel patojenin direkt hastalıklı bitki materyalinden ve direkt bakteriyel hücreden tanı ve tespitine yardımcı olabilecektir. Bu güvenilir, hassas ve tekrarlanabilir gerçek zamanlı PCR yöntemi, potansiyel inokulum kaynaklarının kontrol edilmesine ve alandaki bakteriyel patojenlerin yayılmasının önlenmesine yardımcı olabilecektir. Karpuz ve kavun çeşitlerinin Acidovorax citrulli'ye karşı duyarlılık reaksiyonları, dokuz farklı ölçeklendirmeye göre değerlendirilmiştir. Test edilen bitkilerin duyarlılık reaksiyonları istatistiki olarak anlamlı bulunmamıştır.
Özet (Çeviri)
on from both the diseased plant tissue and cell of Acidovorax citrulli (Acidovorax avenae subsp. citrulli), a causal agent of bacterial fruit blotch disease by Real-Time PCR. The susceptibility reactions of the watermelon and melon varieties to the bacterial pathogen have been investigated. The specific primer pairs for identification and detection of Acidovorax citrulli using Real-Time PCR were designed from both regions of the internal sequence of hrpB2 and the Internal Transcribed Spacer (ITS) region. A LNA (Locked Nucleic Acid) probe with 8 bases was developed. The specificity of the primer and probe sets was determined by testing different plant pathogenic bacteria, different Acidovorax citrulli isolates and watermelon genomic DNA. No amplification was detected in the genomes of different plant pathogenic bacteria and watermelon genomic DNA while both primer-probe sets showed a 88 bp- PCR product in all the tested national and foreign Acidovorax citrulli isolates. In this study, bacterial cell sensitivity limit was 2 bacterial cell, and DNA sensitivity limit was 12 fg. Quantitative Real-Time PCR was performed to determine the number of diseaseaffecting bacterial populations and for detection of living bacteria on the disease plant material using Bio-PCR. Quantitative Real-Time PCR resulted a standard curve for both the developed primer-probe sets in this study. The efficiency of the quantitative Real- Time PCR using primer-probe sets for hrpB2 and ITS was found to be highly reliable with 97.941% and 98.215%, respectively. These Real-Time PCR methods developed in this study may help to screening of watermelon and melon seeds in terms of the presence of the bacterial pathogen. The method may also help to detection and identification of the bacterial pathogen from directly the diseased plant materials and bacterial cells. This developed dependable, sensitive and repeatable Real-Time PCR method can help to controlling potential sources of inoculum and prevent to spreading of bacterial pathogen in field. The susceptibility reactions of watermelon and melon varieties to Acidovorax citrulli, were evaluated based on the nine different scales. The susceptibility reactions of tested plants were not statistically important.
Benzer Tezler
- Ateş yanıklığı hastalık etmeni Erwinia amylovora' nın LNA probe kullanılarak kantitatif real-time PCR ile tanısı ve tespiti
Identification and detection by quantitative real-time PCR of erwinia amylovora, causal agent of the fire blight disease
GÖZDE BOZAN
- Patateste patates Y virüsü ırklarının tanılanması ve virüs miktarının kantitatif real time RT-PCR ile belirlenmesi
Identification of potato Y virus strains and measurment of virus quantity by real time RT-PCR
VİLDAN BOLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyoteknolojiNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Şizofren tanısı almış hasta ve kontrol gruplarında, comt genin eksozomlardaki ifadesinin kantitatif real time PCR ile araştırılması
Investigation of the expression of comt gene in exosomes by quantitative real time PCR in schizophrenic patients and control groups
DEMET TARHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURAY ALTINTAŞ
- Tuz ve kuraklık stresi altında geliştirilmiş domates (Solanum lycopersicum L.) bitkisinde katalaz geni mRNA ifade seviyesinin real time PCR ile belirlenmesi
Determination of catalase gene mRNA expression level with real time PCR in tomato (Solanum lycopersicum L.) plant grown under salt and drought stress
ESRA GÜNDÜZER
- Küçük hücreli olmayan akciğer kanseri dokularında HER-2/NEU ve EGFR genlerinin real-time PCR yöntemiyle incelenmesi
Studying of HER-2/NEU and EGFR genes in non-small cell lung cancer tissues by real-time pcr tecnique
DERYA UZUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Moleküler TıpEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. M.HAMZA MÜSLÜMANOĞLU