Karpuz bitkisinde bZIP (temel lösin fermuarı) transkripsiyon faktör genlerinin biyoinformatik analizleri ve gen ifadelerinin kuraklık stresi altında incelenmesi
Bioinformatics analysis of bZIP (basic leucine zipper) transcription factor genes in watermelon and analysis of gene expression profiles under drought stress
- Tez No: 517214
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoteknoloji, Biyomühendislik, Genetics, Biotechnology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Moleküler genetik, Transkripsiyon-genetik, Bioinformatics, Molecular genetic, Transcription-genetic
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kastamonu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Transkripsiyon faktörü ailelerinden birisi olan Bazik Lösin Fermuar (bZIP) ailesi üyeleri, çok çeşitli morfolojik ve fizyolojik süreçlerde düzenleyici olarak rol oynarlar. Çeşitli bitkilerde yapılan çalışmalarda bZIP genlerinin tespiti yapılmış ancak bugüne kadar karpuz üzerinde kapsamlı bir çalışma yapılmamıştır. Citrillus lanatus kromozomları üzerinde 59 adet ClabZIP geninin yeri tespit edilmiştir. Citrillus lanatus'ta bulunan bZIP protein ailesi üyeleri, filogenetik olarak 7 alt aileye ayrılmıştır. Aynı alt aileyi oluşturan bZIP proteinlerinin çoğu, korunmuş motiflerden oluşur, benzer gen yapılarına sahiptir. Kromozom dağılımı ve genetik analizlere göre, 21 ClabZIP geninde duplikasyon gözlemlenmiştir. Ayrıca bZIP proteinlerinin üç boyutlu yapı ve işlevleri tahminlenmiştir. Farklı dokularda bulunan ClabZIP gen ifade profillerinin değerlendirilmesi için, farklı meyve gelişim aşamaları ve vasküler dokularda belirlenmiş olan RNA-seq verileri analiz edilmiştir. Buna ek olarak, kuraklık stresi uygulanan karpuz bitkisinin kök ve yaprak dokularında seçilen ClabZIP genlerinin ifade seviyeleri, Real time PZR kullanılarak incelenmiştir. Sonuç olarak, ClabZIP-57 geninin kuraklık stresi uygulaması sonrasında kök ve yapraklarda en yüksek ifade düzeyine ulaştığı gözlemlenmiştir. Bu tür gen tanımlama çalışmaları, bitkilerde bZIP protein ailesinin işlevlerinin incelenmesinde yeni bakış açıları oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
The basic leucine zipper (bZIP) transcription factor family has diverse crucial roles in multiple morphological and physiological processes as regulator. Despite of the identification of bZIP genes in several plants, comprehensive investigation of bZIP members in watermelon has not been presented yet. 59 of ClabZIP genes were determined on Citrillus lanatus chromosomes. bZIP protein family members in Citrillus lanatus were phylogenetically grouped into 7 subfamilies. The majority of bZIP proteins in the same subfamily shared similar gene structures and conserved motifs. According to the chromosome distribution and the genetics analysis, 21 ClabZIP genes displayed duplication events. Further, three-dimensional structure and functional annotation of bZIP proteins were predicted. Publicly available RNA-seq data including various fruit development stages and vascular tissues were analyzed to elucidate gene expression profiles of ClabZIP genes in different tissues. In addition, the expression profiles of selected ClabZIP genes were evaluated in root and leaf tissues of watermelon under drought-stress using Real time PCR. As a result, ClabZIP-57 gene exhibited the highest expression levels after drought stress treatment in leaf and root tissues. This kind of gene identification studies open new perspectives to analyze functions of bZIP protein family members in plants.
Benzer Tezler
- Patojen ilişkili protein 1 (pr-1) genlerinin karpuz bitkisinde (Citrullus lanatus (Thumb.) Matsum. & Nakai) genom çapında in-silico analizi
Genome-wide in-silico evaluation of pathogen-related protein 1 (pr-1) genes in watermelon (Citrullus lanatus (Thumb.) Matsum. & Nakai)
TAMELLA SULEYMANOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
GenetikHaliç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET EMİN URAS
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA ZAFER KARAGÖZLÜ
- Kuraklık stresi uygulanan karpuz (Citrullus lanatus (Thunb.) Mansf.) bitkisinde hormonal değişim ve etkileşimlerin incelenmesi
Investigation of hormonal change and interactions in watermelon (Citrullus lanatus (Thunb.) Mansf.) plant with drought stress
RANA BAYTİN ALACI
Doktora
Türkçe
2023
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRET YAŞAR
- Isı şoku protein (HSP) ailesi üyelerinin karpuz bitkisinde tespiti, karakterizasyonu ve kuraklık ile sıcaklık streslerinde gen ifade analizleri
Identification, characterization of HSP (heat shock protein) family members in watermelon and analysis of gene expressions under drought and heat stresses
MERVE KELEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyoteknolojiKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Karpuz (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum ve Nakai)'a VAT (Aphis gossypii'ye dayanıklılık) geninin aktarılması ve transformasyon etkinliğinin araştırılması
An efficient transformation and VAT (resistance to Aphis gossypii) gene transformation of watermelon (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum and Nakai
SELAY ELDOĞAN
- Karpuz (Critrullus lanatus (Thunb.) Matsun and Nakai)'da bitki rejenerasyonu ve Agrobacterium aracılığı ile transformasyon
Agrobacterium-Mediated transformation of watermelon (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsun and Nakai) and plant regeneration
FERAY ERDAL