Kalori kısıtlaması ile beslenen fare meme tümörü virüsü -transforme edici büyüme faktörü-alfa farelerin timus dokusundan rna sekanslama analizi
Rna-seq analysis of thymus tissues calorie restricted MMTV-TGF- α mice
- Tez No: 519246
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Kalori kısıtlaması, yetersiz beslenmeye yol açmadan gerekli besin maddelerinin azaltılmasıdır. Kalori kısıtlaması uygulamalarının kanser oluşumunda, immün cevapta, yaşlanma ve ömrün uzaması üzerinde etkileri gösterilmiştir. Besin kısıtlamasına hızlı cevap veren bir lenfoid organ olan timus ise immün sistemin gelişiminde önemli rol oynamaktadır. Bu çalışmada kullanılan RNA-seq uygulaması, yeni nesil sekanlama ile transkriptom profili oluşturma için kullanılan yeni geliştirilmiş bir yaklaşımdır. Çalışmada, ad libitum (AL), kronik kalori kısıtlaması (KKK) ve aralıklı kalori kısıtlaması (AKK) şeklinde beslenen MMTV-TGF-α farelerin timusundan RNA-seq temelli transkriptom sekanslaması yapılmıştır. Illumina HiSeq 4000 teknolojisi kullanılarak çift uçlu okuma yapılmış, 100 bazlık yaklaşık 105 milyon temiz okuma elde edilmiştir. Okumalar Ensembl veritabanında kullanıma açık GRCm38 fare referans genomu kullanılarak TopHat2 programı ile haritalanmıştır. Cufflinks programı ile üç RNA-seq verisinde total olarak 6091 anlamlı diferansiyel eksprese olmuş gen (p-değeri
Özet (Çeviri)
Calorie restriction (CR), a reduction in essential nutrients without inducing malnutrition, which is an effective in cancer development, immune response and expanding lifespan. Thymus, is a lympohoid organ, which plays an important role in development of the immune system and reacts to nutritional deficiency quickly. RNA-seq is recently develop approach to transcriptome profiling using next generation sequencing. RNA-seq based transcriptome sequencing was performed to thymus tissues of MMTV-TGF- α mice in ad libitum (AL), chronic calorie restriction (CCR) and intermittent calorie restriction (ICR) fed in this study. Three RNA-seq data were obtained using Illumina HiSeq 4000 to produce approximately 105 million clean readings of 100 base pair-end. These clean reads were mapped to GRCm38 mouse reference genome by TopHat2. In total 6091 significant differential expressed genes (DEGs) were identified with Cufflinks (p
Benzer Tezler
- Kalori kısıtlı diyetle beslenen farelerin timus dokusunda yaşlanma ile ilişkili genlerin ifadelerinin araştırılması
Investigation of expression of genes associated with aging in thymus tissue of mice fed with calorie restricted diet
EBRU KILIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Moleküler TıpYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
- Genetic and environmental interventions altering the course of brain aging: Evidence from the zebrafish (danio rerio) model
Beyin yaşlanmasını değiştiren genetik ve çevresel müdahaleler: Zebrabalığı (danio rerio) modelinden bulgular
ELİF TUĞCE KAROĞLU ERAVŞAR
Doktora
İngilizce
2021
Nörolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MICHELLE MARIE ADAMS
- Protein kısıtlamasının yaşlanma sürecindeki sıçanlarda oksidatif mtDNA hasarı ve telomeraz aktivitesine etkileri
The effects of protein restriction on oxidative mtDNA damage and telomerase activity ın rats during aging
SEVDA TANRIKULU KÜÇÜK
- Exploring microRNA interaction networks to explain the relationship between caloric restriction and breast cancer in mice
Farelerde kalorik kısıtlama ile meme kanseri arasındaki ilişkiyi açıklamak için mikroRNA etkileşim ağlarının araştırılması
ATAKAN AYDEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SONER DOĞAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDRES OCTAVIO ARAVENA DUARTE
- Kalori kısıtlamasına maruz bırakılan MMTV-TGF-α transgenik farelerin oksidatif stres ve otofaji ilişkili genlerin timus dokusunda ekspresyonlarının gösterilmesi
Expression of oxidative stress and autophagy related genes in thymus tissue of MMTV-TGF-α transgenic mice exposed to calorie restriction
HANİFENUR MANCILAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
- Sprague dawley sıçanlarında değişik kalori kısıtlama yöntemlerinin deneysel karsinoma üzerine etkileri ve etki mekanizmaları
Effects and mechanisms of various calorie restriction methods on experimental carcinoma of sprague dawley rats
ECE KOÇ YILDIRIM
Doktora
Türkçe
2016
FizyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiFizyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHARREM BALKAYA