Dynamic mapping of protein interactions in cancer
Kanserde protein etkileşimlerinin dinamik haritalanması
- Tez No: 520651
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 253
Özet
Kanser, günümüzün yüksek görülme sıklığı ve ölüm oranına sahip hastalıklarından biridir. Ancak, tumörogenez mekanizması henüz tamamen aydınlatılabilmiş değildir. Protein-protein etkileşimleri, insan hastalıklarının altında yatan moleküler mekanizmaları aydınlatabilen ana biyolojik süreçlerde önemli rol oynamaktadır. Bu nedenle, protein-protein etkileşim ağlarının analizi yeni biyobelirteç ve ilaç hedefleri keşfetmek için sıklıkla gerçekleştirilmektedir. Ağ entropisi gibi ağların topolojik özellikleri biyolojik sistemlerdeki karmaşıklığı azaltmaya yardımcı olmakta ve bu sayede biyolojik problemlerin çözülmesini kolaylaştırmaktadır. Fenotipler arasında farklılık gösteren protein-protein etkileşimleri“diferansiyel interactome”olarak adlandırılmaktadır. Önceki çalışmalarda, yüksek güvenilirlikte insan protein etkileşiminden ve gen ekspresyon verilerinden yararlanılarak over kanserinde diferansiyel interaktom tanımlanmış ve potansiyel biyobelirteçlerin ve terapötik hedeflerin tahmininde sonuçların yüksek geçerliliği gösterilmişti. Bu çalışmada, farklı kanser türlerinde diferansiyel interaktomun belirlenmesi yoluyla her bir kanser türüne özgü veya çeşitli kanserler arasında ortak olan protein-protein etkileşim mekanizmalarını bulma ve bu mekanizmalardan yararlanarak kapsamlı bir harita oluşturma hedeflenmiştir. Bu amaçla, Kanser Genom Atlası (TCGA) veri setlerinden 6 farklı kanser türünde (invaziv meme karsinomu, berrak hücreli böbrek hücreli karsinom, akciğer adenokarsinomu, tiroid karsinomu, prostat adenokarsinomu, ve karaciğer hepatosellüler karsinom) tümörlü ve sağlıklı dokular için gen ekspresyon verileri elde edilmiştir. Mevcut diferansiyel interaktom algoritması geliştirilerek, anlamlı protein-protein etkileşimlerini bulmak için bu veri setlerine uygulanmıştır. Bu protein-protein etkileşimleriyle ilişkili biyolojik süreçler ve moleküler yolaklar tespit edilmiş, etrafında büyük değişimler gözlemlenen proteinler belirlenmiş ve bu proteinler merkez alınarak oluşturulmuş modüllerin diyagnoztik ve prognoztik biyobelirteç potansiyelleri değerlendirilmiştir. Böylece, kanser tedavisi için tanı ve tedavi süreçlerinde kullanılabilecek birçok biyoişaretçi tespit edilmiş ve farklı kanser türlerinde dinamik olarak değişen süreçler ve yolaklar belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Cancer is one of the diseases having high prevalence and mortality rate. However, the mechanisms of tumorigenesis could not be completely understood yet. Protein-protein interactions (PPIs) have important roles in biological processes that can lead to elucidate the molecular mechanisms underlying human diseases. Previously, the differential interactome, which represents the PPIs exhibiting differential pattern among phenotypes, was determined in ovarian cancer by utilizing gene expression data, and the high accuracy of results in prediction of potential biomarkers and therapeutical targets was shown. In the present study, through identification of the differential interactome in 6 human cancers, we aimed to find the PPI mechanisms specific to each cancer type or mutual among various cancers and construct a comprehensive map of these mechanisms. For this purpose, gene expression data were obtained from The Cancer Genome Atlas (TCGA) for 6 different cancer types (breast invasive carcinoma, kidney renal clear cell carcinoma, lung adenocarcinoma, thyroid carcinoma, prostate adenocarcinoma, and liver hepatocellular carcinoma). The differential interactome algorithm was further improved and applied to these datasets in order to find out significant PPIs. Biological processes and pathways associated with these proteins were identified, proteins around which significant alterations were observed were determined, and as candidate biomarkers diagnostic and prognostic potential of modules around these proteins was analyzed. Thus, several candidate biomarkers, which might be considered as potential biomarkers for diagnosis and prognosis, and drug targets for cancer treatment, were identified and the processes and pathways that are dynamically altered in a specific cancer type were determined.
Benzer Tezler
- Molecular and functional dissection of the retinal degeneration protein CCDC66
Başlık çevirisi yok
DENİZ ÇONKAR
Doktora
İngilizce
2020
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF NUR FIRAT KARALAR
- Mechanistic dissection of the centriole duplication and ciliogenesis proximity interaction maps
Sentriyol duplikasyonu ve sil biyogenezi proksimite etkileşim haritalarının aydınlatılması
EFRAİM CULFA
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF NUR FIRAT KARALAR
- Exploring allosteric mechanisms of chemokine receptor CXCR4 and implications in drug design
Kemokin reseptörü CXCR4'ün allosterik mekanizmalarının ve ilaç tasarımındaki uygulamalarının keşfedilmesi
TUĞÇE İNAN
Doktora
İngilizce
2023
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS
- Interactome mapping of BMAL1 and PER2 by proximity-dependent labeling
BMAL1 ve PER2 proteinlerinin yakınlık bağımlı etiketleme yöntemi ile etkileşim partnerlerinin haritalanması
HÜSEYİN GÜL
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK
- Investigation of the higher order structure of the spliceosomal RNA network
Başlık çevirisi yok
GİZEM DÖNMEZ
Doktora
İngilizce
2006
Tıbbi BiyolojiGeorg-August-Universität GöttingenPROF. DR. RALF FICNER
PROF. DR. REINHARD JAHN