Interactome mapping of BMAL1 and PER2 by proximity-dependent labeling
BMAL1 ve PER2 proteinlerinin yakınlık bağımlı etiketleme yöntemi ile etkileşim partnerlerinin haritalanması
- Tez No: 767094
- Danışmanlar: PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 120
Özet
Sirkadiyen saat, çevresel değişikliklerden etkilemeden endojen olarak sürdürülen yaklaşık 24 saatlik bir süreçtir. Transkriptom analizi çalışmaları, genlerin yaklaşık % 10'unun sirkadiyen ritim tarafından düzenlendiğini ve ikinci dereceden genler ve translasyon sonrası modifikasyonlar dikkate alındığında, sinyal mekanizmalarının %20-40'ının sirkadiyen saatin kontrolü altında olduğu kabul edilmektedir. Memeli moleküler saati, pozitif kol ve negatif koldan oluşan transkripsiyon − translasyon geribildirim döngüsü (TTFL) mekanizması ile düzenlenir. Heterodimerik transkripsiyon faktörü CLOCK/BMAL1, TTFL mekanizmasının pozitif kolundadır ve E-box içeren promoterlere bağlanarak eksprese edilen genlerin % 10'una kadarını aktif hale getirir. PER ve CRY proteinleri saat kontrollü genler (ccgs) arasındadır ve TTFL mekanizmasının negatif kolunda rol alır. Ayrıntılı protein interaktom haritaları oluşturmak, moleküler mekanizmaları tanımlamak ve hücre fonksiyonunu anlamak için önemlidir. Yıllardır protein etkileşimlerini analiz etmek için geleneksel etkileşim teknikleri kullanılmıştır, ancak bunlar dinamik ve zayıf etkileşimleri saptamada yetersiz kalmaktadır. Yakınlığa bağlı etiketleme tekniği, zayıf ve geçici etkileşimlerin saptanmasına ve böylece geleneksel tekniklerle saptanamayan yeni etkileşim adaylarının tespit edilmesine olanak tanır. PER2 ve BMAL1 proteinlerinin zayıf ve geçici etkileşimlerini tespit etmek için iyi resetlendiği bilinen osteosarkom (U2OS) hücrelerinde iki ayrı fazda (gündüz ve geceyi taklit etmek için) yakınlığa bağlı etiketleme tekniğini kullandık. Bilinen etkileşimlere ek olarak, PER2 ve BMAL1 için birkaç yeni etkileşim adayı belirledik ve bazı PER2 etkileşimlerini geleneksel koimünopresipitasyon tekniği ile doğruladık. Sonuçlarımız, yakınlığa bağlı etiketleme tekniğinin sirkadiyen saat mekanizmasında yeni protein etkileşimlerinin keşfedilmesi için uygun gösterdi.
Özet (Çeviri)
Circadian clock is a time length of approximately 24 hours that is driven endogenously without affecting environmental changes. Transcriptome analysis studies revealed that ~10% of genes are regulated by circadian rhythm and considering secondorder genes and posttranslational modifications, it could be accepted that 20-40% of signaling mechanisms are under the control of the circadian clock. The mammalian molecular clock is regulated by the transcription−translation feedback loop (TTFL) mechanism which consists of a positive arm and a negative arm. Heterodimeric transcription factor CLOCK/BMAL1 is in the positive arm of the TTFL mechanism and activates up to 10% of expressed genes by binding to E-box-containing promoters. PER and CRY proteins are among clock-controlled genes (CCGs) and play role in the negative arm of the TTFL mechanism. Building detailed protein interactome maps is important for identifying molecular mechanisms and understanding cell function. Conventional interaction techniques have been used to analyze protein interactions for years, but they fall short of detecting dynamic and weak interactions. Proximity-dependent labeling technique allows the detection of weak and transient interactions and thus the detection of new interaction candidates that could not be detected by conventional techniques. We have adapted the novel technique to detect weak and transient interactions of PER2 and BMAL1 in two separate phases (to mimic day and night) in strongly resettable osteosarcoma (U2OS) cells. In addition to known interactions, we have identified several new interaction candidates of PER2 and BMAL1 and verified some PER2 interactions by the conventional co-immunoprecipitation technique. Our results showed that the proximity-dependent labeling technique enables the discovery of new protein interactions in the circadian clock mechanism.
Benzer Tezler
- Dynamic mapping of protein interactions in cancer
Kanserde protein etkileşimlerinin dinamik haritalanması
GİZEM GÜLFİDAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Structural mapping and network analysis of patient-specific mutations in glioblastoma
Glioblastomada hastaya özgü mutasyonların yapısal haritalanması ve ağ analizi
TUĞBA KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoistatistikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
DOÇ. DR. TUNCA DOĞAN
- A personalized approach on molecular mechanisms of Alzheimer's disease: Mapping transcriptome on protein interactome
Alzheimer hastalığının moleküler mekanizmalarına kişiselleştirilmiş bir yaklaşım: Tanskriptom verilerini protein interaktomuna haritalama
BETÜL CEYLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Interactive social media visualization
Sosyal medyanın etkileşimli olarak görselleştirilmesi
ELİF ŞANLIALP
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ABDULLAH BÜLBÜL
- The Armenian ruins of Kars: Mapping for expanded narratives of a contested borderland
Kars'ın Ermeni harabeleri: Çekişmeli bir sınır bölgesinin genişletilmiş anlatıları için haritalamak
ELA GÖK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
MimarlıkKadir Has ÜniversitesiMimarlık ve Kent Çalışmaları Bilim Dalı
DOÇ. DR. EZGİ TUNCER