Hastanemizdeki steril vücut bölgeleri enfeksiyonlarında 16S RRNA dizi analizi yönteminin tanıdaki yeri
The role of 16S RRNA sequence analysis in sterile body sites infections in our hospital
- Tez No: 521181
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜNER SÖYLEDİR
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Steril, kültür, 16S rRNA PZR, DNA izolasyonu, klinik örnek, Sterile, culture, 16S rRNA PCR, DNA isolation, clinical specimen
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 50
Özet
Steril vücut bölgesi enfeksiyonlarında mikrobiyolojik tanı için altın standart kültürdür. Ancak antibiyotik tedavisi, yavaş üreyen veya kültürde üreyemeyen bakteriler yanlış negatif sonuçlara neden olmaktadır. Bu sorunun üstesinden gelmek üzere geliştirilmiş ticari moleküler kitler sınırlı sayıda mikroorganizmayı saptayabildiğinden 16S ribozomal RNA (16S rRNA) gen dizi analizi alternatif bir tanı yöntemi olarak umut vaat etmektedir. Çalışmamızda steril vücut bölgeleri enfeksiyonlarında 16S rRNA gen dizi analizi yöntemi ile kültürün kıyaslanması amaçlanmıştır. Temmuz 2017- Eylül 2018 tarihleri arasında laboratuvarımıza gönderilen steril vücut bölgelerine ait örnekler (beyin omurilik, plevra, periton, perikart, eklem, vitreus sıvıları ile biyopsi ve apse aspiratları) rutin kültür işlemlerinin ardından 16S rRNA PZR yöntemiyle çalışılmıştır. Klinik, radyolojik, laboratuvar bulguları doğrultusunda klinisyenin kesin enfeksiyon düşündüğü örnekler birinci grupta, enfeksiyon olabileceği şüphesiyle gönderilen ancak klinik, radyolojik ve laboratuvar bulgularıyla bakteriyel enfeksiyon tanısından uzaklaşılan örnekler ikinci grupta değerlendirilmiştir. 16S rRNA PZR için DNA izolasyon kiti olarak DNeasy Blood&Tissue Kit (Qiagen) kulanılmış, saptama limiti 1000 kob/ml bulunmuştur. 16S rRNA primeri kullanılarak pozitif saptanan PZR ürünlerine dizi analizi gerçekleştirilmiştir (GATC Biotech/Almanya). Karışık kromatogramların analizi RipSeq Mixed (iSentio, Norveç) programıyla yapılmıştır. Verilerin istatistiksel analizleri için Stata 15.1 programı kullanılmıştır. Çalışmamızda 116 hastaya ait 139 örneğin 87 si birinci grupta, 52 si ikinci grupta değerlendirilmiştir. Klinik ve laboratuvar bulguları referans alındığında, kültürün duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri ve negatif prediktif değeri sırasıyla %52, %92,%92 ve %53 iken; 16S rRNA PZR nin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri ve negatif prediktif değeri sırasıyla %63,%96,%96 ve %61 bulunmuştur. Kesin enfeksiyon düşünülen örneklerin 13 ünde kültür negatif iken 16S rRNA PZR pozitif saptanmış olup bu örneklerin üçünde ticari olarak sunulan hiçbir multipleks PZR kiti ile saptanamayacak Bartonella quintana, Mycoplasma salivarium ve Mycobacterium avium complex varlığı gösterilmiştir. Çalışmamız 16S rRNA PZR nin özellikle rutin kültür yöntemi ile bakteri saptanamayan menenjit ve enfektif endokardit vakalarında tanıya katkı sağladığını açıkça ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Culture is the gold standard for microbiological diagnosis of sterile body sites infections. However antibiotic treatment, slow-growing or non-cultivable bacteria leads to false negative results. 16S ribosomal RNA (16S rRNA) gene sequence analysis is promising as an alternative diagnostic method, as commercial molecular kits developed to overcome this problem can detect a limited number of microorganisms. In our study, it was aimed to compare the culture with 16S rRNA gene sequence analysis method in sterile body sites infections. Following routine culture procedures were performed for all samples from sterile body sites (cerebrospinal, pleural, peritoneal, pericardial, synovial, vitreous fluids, biopsy and abscess material) 16S rRNA PCR method between July 2017 and September 2018. Factors such as clinical, radiological, laboratory findings and clinician opinion were evaluated and samples which were considered for definite infection were evaluated in the first group. Samples from patients which were suspected to have infection but diagnosis of bacterial infection were excluded according to clinical, radiological and laboratory findings were evaluated in the second group. DNeasy Blood & Tissue Kit (Qiagen) was used as DNA isolation kit for 16S rRNA PCR. The detection limit was found to be 1000 cfu/ml. Sequence analysis was performed for positive PCR products using the 16S rRNA primer (GATC Biotech/Germany). Analysis of mixed chromatograms was performed with RipSeq Mixed program (iSentio, Norway). Stata 15.1 program was used for statistical analysis of the data. Out of 139 samples from 116 patients, 87 were included ın group 1 and remaining 52 in group 2. When the clinical and laboratory findings were taken as reference; the sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) of the culture were 52%, 92%, 92% and 53% respectively; the sensitivity, specificity, PPV and NPV of 16S rRNA PCR were 63%, 96%, 96% and 61%, respectively. Thirteen culture-negative samples were found to be positive by 16S rRNA PCR, of which, three were identifed as Bartonella quintana, Mycoplasma salivarium and Mycobacterium avium complex which would not be detected by commercial multiplex PCR kits. Our study demonstrates that 16S rRNA PCR contributes to the diagnosis of sterile body sites infections, especially in meningitis and infective endocarditis where routine culture method fails.
Benzer Tezler
- Çocuklarda invazif kandida enfeksiyonlarının retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of invasive candida infections in children
SEYYİT BAHAETTİN ÖNCÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıOndokuz Mayıs ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURŞEN BELET
- Çocuklarda çoklu ilaç direnci gösteren gram negatif bakteriler ile gelişen enfeksiyon hastalıklarının özellikleri
The characteristics of infections caused by multidrug resistant gram negative bacteria in children
ECE ERCİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ BÜLENT CENGİZ
- Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında kan kültürlerinden izole edilen candida türlerinin antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Determining the antifungal sensitivities of candida types isolated from blood cultures in Uludag University Faculty of Medicine, Microbiology Laboratory
ÖZDEMİR ÖZKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiUludağ ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEYZA ENER
- Ameliyathanelerde bulunan steril malzeme depolarının mevcut durumunun değerlendirilmesi
The evaluation of operating room sterile material depots ' current status
HANİFE KARABACAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
HemşirelikMarmara ÜniversitesiCerrahi Hastalıkları Hemşireliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DR.DENİZ ŞELİMEN
- Levobupivakainin stafilococcus aureus üzerine antibakteriyel etkinliğinin araştırılması
Investigation of antibacterial effect of levobupivacaine on staphylococcus aureus
GÜLAY AKINCI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Anestezi ve ReanimasyonDokuz Eylül ÜniversitesiCerrahi Tıp Bilimleri Bölümü
YRD. DOÇ. DR. YÜKSEL ERKİN