Geri Dön

In silico analysis of neutral sphingomyelinase 2

Nötral sfingomyelinaz 2'nin in siliko analizi

  1. Tez No: 522735
  2. Yazar: ZARİFE BEGÜM YAĞCI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN, DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Kimya Mühendisliği, Biochemistry, Bioengineering, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 177

Özet

Nötral sfingomiyelinaz 2 (nSMaz2), plazma membranında bulunan sfingomiyelinin (SM) hidrolizi yoluyla seramidi oluşturan, önemli bir sfingolipid metabolizma enzimidir. Alzheimer hastalığından kansere kadar birçok hastalık için, ekzozom sekresyonu ve iltihaplanma dahil olmak üzere çeşitli hücresel süreçlerdeki muhtemel rolü nedeniyle terapötik bir hedef olarak önerilmiştir. Memeli nSMazları, katalitik ve membran domainlerini içerir ve yakın zamanda bulunun insan enziminin katalitik domaininin kristal yapısı, bu enzimin ayrıntılı yapısal analizini kolaylaştırdı. Bu çalışmanın amacı, insan nSMaz2'nin katalitik mekanizmasını ortaya çıkarmak için insan nSMaz2'nin yapısını ve dinamiklerini bakteri sfingomiyelinaz (Bc-SMaz) yapıları ile karşılaştırmaktır. Doklama ve MD simülasyonları, apo ve SM-bağlı bakteri ve insan nSMaz katalitik domainleri üzerinde gerçekleştirilmiştir. Simülasyonlar, insan nSMaz2'nin membrana bağlı N-terminal domaininin bu enzimin stabilitesi için önemli olabileceğini göstermiştir. SM'nin Bc-SMazları içinde Glu53 ve Mg2+ ile ve insan nSMaz2'de karşılık gelen Glu364 ve Ca2+ ile etkileşime girmesi bu aminoasitlerin ve iyonların SM bağlanmasındaki önemini vurgulamıştır. Deneysel olarak belirlenen nSMaz2 inhibitörü GW4869'un olası bağlanma yeri ve bağlanma modu, SiteMap ve moleküler doklama analizi yoluyla tanımlanmış olup, insan nSMaz2'nin katalitik mekanizmasını daha fazla araştırmak amacıyla GW4869-bağlı yapılar üzerinde MD simülasyonları gerçekleştirilmiştir.

Özet (Çeviri)

Neutral sphingomyelinase 2 (nSMase2) is an important sphingolipid metabolism enzyme that generates ceramide through the hydrolysis of sphingomyelin (SM) present in the plasma membrane. It has been suggested as a therapeutic target for many diseases from Alzheimer's disease to cancer because of its possible role in several cellular processes including exosome secretion and inflammation. Mammalian nSMases comprise catalytic and membrane domains, and the crystal structure of the catalytic domain of human nSMase2 was recently resolved facilitating detailed structural analysis of this enzyme. The aim of this current study was to investigate the structure and dynamics of human nSMase2 by comparison with bacterial sphingomyelinase (Bc-SMase) structures to unveil its catalytic mechanism. Docking and MD simulations were performed on apo and SM-bound bacterial and human nSMase catalytic domains. The simulations suggested that the membrane-associated N-terminal domain of human nSMase2 may be important for the stability of this enzyme. SM interacted with Glu53 and Mg2+ in Bc-SMases and with the corresponding Glu364 and Ca2+ in human nSMase2 highlighting the importance of these residues and ions in SM binding. The possible binding site and binding mode of the experimentally determined nSMase2 inhibitor GW4869 were identified through SiteMap and molecular docking analysis, and MD simulations were carried out on GW4869-bound structures to further investigate the catalytic mechanism of human nSMase2.

Benzer Tezler

  1. Peutz-jeghers sendromlu bireylerde saptanan mutasyonların in-silico analizi

    In silico analysis of mutations detected in individuals with Peutz-Jeghers syndrome

    DUYGU UZUN ARDA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GastroenterolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MESUT AKARSU

  2. SARS-COV-2 mutasyonlarının protein yapıları üzerindeki etkilerinin in-siliko yöntemler ile araştırılması

    The investigation of the effect of the SARS-COV-2 mutations on protein structures by using in-silico approaches

    ZEHRA YAREN DÖNMEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Tıbbi BiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BETÜL AKÇEŞME

  3. Yerli psilomelan cevherinden mangan fosfat üretimi

    The production of manganese phosphate from native psilomelane ore

    VELİ GÖRKEM EFE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMAİL DUMAN

  4. Analysis of movement disorder-related genes following the knockdowns of ANO10, WDR81, and VLDLR in zebrafish( danio rerio )

    Zebrabalığında hareket bozukluguyla ilişkilendirilen ANO10, WDR81 ve VLDLR genlerinin susturulduğu modelde incelenmesi

    GÖKSEMİN FATMA ŞENGÜL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Sinir Bilimi Ana Bilim Dalı

    PROF. MICHELLE MARIE ADAMS

  5. Advancing machine learning analysis of non-coding RNA: A novel approach of negative sequence generation

    RNA etkileşimlerinin in silico analizi

    MEHMET EMİN ORHAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAbdullah Gül Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜŞERREF DUYGU SAÇAR DEMİRCİ