In silico analysis of neutral sphingomyelinase 2
Nötral sfingomyelinaz 2'nin in siliko analizi
- Tez No: 522735
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN, DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Kimya Mühendisliği, Biochemistry, Bioengineering, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 177
Özet
Nötral sfingomiyelinaz 2 (nSMaz2), plazma membranında bulunan sfingomiyelinin (SM) hidrolizi yoluyla seramidi oluşturan, önemli bir sfingolipid metabolizma enzimidir. Alzheimer hastalığından kansere kadar birçok hastalık için, ekzozom sekresyonu ve iltihaplanma dahil olmak üzere çeşitli hücresel süreçlerdeki muhtemel rolü nedeniyle terapötik bir hedef olarak önerilmiştir. Memeli nSMazları, katalitik ve membran domainlerini içerir ve yakın zamanda bulunun insan enziminin katalitik domaininin kristal yapısı, bu enzimin ayrıntılı yapısal analizini kolaylaştırdı. Bu çalışmanın amacı, insan nSMaz2'nin katalitik mekanizmasını ortaya çıkarmak için insan nSMaz2'nin yapısını ve dinamiklerini bakteri sfingomiyelinaz (Bc-SMaz) yapıları ile karşılaştırmaktır. Doklama ve MD simülasyonları, apo ve SM-bağlı bakteri ve insan nSMaz katalitik domainleri üzerinde gerçekleştirilmiştir. Simülasyonlar, insan nSMaz2'nin membrana bağlı N-terminal domaininin bu enzimin stabilitesi için önemli olabileceğini göstermiştir. SM'nin Bc-SMazları içinde Glu53 ve Mg2+ ile ve insan nSMaz2'de karşılık gelen Glu364 ve Ca2+ ile etkileşime girmesi bu aminoasitlerin ve iyonların SM bağlanmasındaki önemini vurgulamıştır. Deneysel olarak belirlenen nSMaz2 inhibitörü GW4869'un olası bağlanma yeri ve bağlanma modu, SiteMap ve moleküler doklama analizi yoluyla tanımlanmış olup, insan nSMaz2'nin katalitik mekanizmasını daha fazla araştırmak amacıyla GW4869-bağlı yapılar üzerinde MD simülasyonları gerçekleştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Neutral sphingomyelinase 2 (nSMase2) is an important sphingolipid metabolism enzyme that generates ceramide through the hydrolysis of sphingomyelin (SM) present in the plasma membrane. It has been suggested as a therapeutic target for many diseases from Alzheimer's disease to cancer because of its possible role in several cellular processes including exosome secretion and inflammation. Mammalian nSMases comprise catalytic and membrane domains, and the crystal structure of the catalytic domain of human nSMase2 was recently resolved facilitating detailed structural analysis of this enzyme. The aim of this current study was to investigate the structure and dynamics of human nSMase2 by comparison with bacterial sphingomyelinase (Bc-SMase) structures to unveil its catalytic mechanism. Docking and MD simulations were performed on apo and SM-bound bacterial and human nSMase catalytic domains. The simulations suggested that the membrane-associated N-terminal domain of human nSMase2 may be important for the stability of this enzyme. SM interacted with Glu53 and Mg2+ in Bc-SMases and with the corresponding Glu364 and Ca2+ in human nSMase2 highlighting the importance of these residues and ions in SM binding. The possible binding site and binding mode of the experimentally determined nSMase2 inhibitor GW4869 were identified through SiteMap and molecular docking analysis, and MD simulations were carried out on GW4869-bound structures to further investigate the catalytic mechanism of human nSMase2.
Benzer Tezler
- Peutz-jeghers sendromlu bireylerde saptanan mutasyonların in-silico analizi
In silico analysis of mutations detected in individuals with Peutz-Jeghers syndrome
DUYGU UZUN ARDA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
GastroenterolojiDokuz Eylül Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT AKARSU
- SARS-COV-2 mutasyonlarının protein yapıları üzerindeki etkilerinin in-siliko yöntemler ile araştırılması
The investigation of the effect of the SARS-COV-2 mutations on protein structures by using in-silico approaches
ZEHRA YAREN DÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BETÜL AKÇEŞME
- Yerli psilomelan cevherinden mangan fosfat üretimi
The production of manganese phosphate from native psilomelane ore
VELİ GÖRKEM EFE
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL DUMAN
- Analysis of movement disorder-related genes following the knockdowns of ANO10, WDR81, and VLDLR in zebrafish( danio rerio )
Zebrabalığında hareket bozukluguyla ilişkilendirilen ANO10, WDR81 ve VLDLR genlerinin susturulduğu modelde incelenmesi
GÖKSEMİN FATMA ŞENGÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. MICHELLE MARIE ADAMS
- Advancing machine learning analysis of non-coding RNA: A novel approach of negative sequence generation
RNA etkileşimlerinin in silico analizi
MEHMET EMİN ORHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAbdullah Gül ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜŞERREF DUYGU SAÇAR DEMİRCİ