Partial least squares method for the analysis of gene expression data
Gen ekspresyon verilerini analizi için kısmi en küçük kareler yöntemi
- Tez No: 524855
- Danışmanlar: PROF. DR. AYLİN ALIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: İstatistik, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: İstatistik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kısmi En Küçük Kareler Regresyonu (KEKKR) değişkenler arasındaki ilişkileri ortogonal gizli değişkenler aracılığıyla modellemek için kullanılan denetimsiz bir makine öğrenme tekniğidir. KEKKR bu gizli değişkenleri kullanarak, kayıp gözlemlere, gürültüye ve değişken sayısına oranla çok sayıda gözlem değerine sahip olan büyük ve karmaşık veri kümelerinden bir çıkarım yapabilir. KEKKR'nin klasik ve standart algoritması Doğrusal Olmayan Iteratif Kısmi En Küçük Kareler Regresyonu'dur (NIPALS). NIPALS, regresyon, sınıflandırma ve boyut küçültme için önerilmiştir. NIPALS ve diğer KEKKR algoritmaları çeşitli biyoinformatik çalışmaları için sıklıkla kullanılmaktadır. Yüksek çıktılı gen ifadesi veri araştırmalarında, önemli hedeflerden biri gen-gen veya gen ürünlerinin etkileşimlerini araştırmaktır. Bu genler veya gen ürünleri arasındaki ilişki seviyesini ölçmek için oldukça tavsiye edilen bir yöntem olan ve KEKKR metoduna göre hesaplanan değişken ağırlıklari ve yükleri ile bulunan Bağlantı Skorlar kullanılabilir. Bu tezde, embriyonik dönemde gelişen fare beynine ait üç beyin bölgesinin gen ağları oluşturmak için bağlantı puanları KEKKR kullanılarak hesaplanmıştır. İstatistiksel analizler için R istatistik dili ve gen ağlarını görselleştirmek için Cytoscape yazılımı kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
Partial Least Squares Regression (PLSR) is an unsupervised machine learning technique to modeling associations between variables through orthogonal latent variables. Using these latent variables, PLSR can make an inference from huge and computationally complex datasets that have missing values, noise and a numerous number of variables relativity more than the number of observations. The classical and standard algorithm of the PLSR is the Nonlinear Iterative Partial Least Squares Regression (NIPALS). The NIPALS is proposed for regression, classification and dimension reduction. The NIPALS and other PLSR algorithms have been used frequently for various bioinformatic studies. In high-throughput gene expression data research, one of the important goals is to investigate gene-gene or their products interactions. To measure the level of association between these genes or their products, a highly recommended method can be used which is calculated by the variable weights and loadings based on PLSR, called Connectivity Scores. In this thesis, PLSR was used for computing connectivity scores to construct gene networks for three brain region of a developing mouse brain in the embryonic period. Statistical analysis is performed using R statistical language and Cytoscape software is used to visualize gene networks.
Benzer Tezler
- Metabolism-oriented multiomics data integration
Farklı omı̇k verı̇lerı̇n metabolı̇zma odaklı entegrasyonu
AYCAN ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. ALİ ÇAKMAK
- Integrated analysis of metobolme profiles and gene expression in respiratory deficient delection mutants of Saccharomyces cerevisiae
Solunum yapamayan Saccharomyces cerevisiae mutantlarının metabolom profillerinin ve gen ekspresyonunnun bütünleştirilmiş analizi
PINAR PİR
Doktora
İngilizce
2005
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUTLU ÜLGEN
PROF. DR. ZEYNEP İLSEN ÖNSAN
- Biyotinidaz enzim eksikliği tanısı olan ve biyotin tedavisi alan çocuk hastaların kan metabolom sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of blood metabolic results of children patients diagnosis of biotinida deficiency and receiving biotin treatment
EZGİ ÜNLÜ TORLAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENGİN KÖSE
- Amlodipin besilat ve irbesartanın farmasötik preparatlarda aynı anda tayinleri için geliştirilen kemometrik yöntemlerde çoklu metot optimizasyonu tekniklerinin kullanımı
Using of multiple method optimization techniques in the chemometric methods developed for the determination of amlodipine besylate and ırbesartan in pharmaceutical preparations
METİN CAN ALKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSMAİL MURAT PALABIYIK
- Çoklu ilaç karışımlarının kısmi en küçük kareler spektrofotometrik kalibrasyon yöntemiyle analizi
Analysis of drug mixtures by partial least-squares spectrophotometric calibration method
ÖZLEM AKSU