Meme kanserinin oluşumunda ve gelişiminde rol oynayan transkripsiyon faktörü-miRNA-hedef gen devrelerinin araştırılması
The identification of transcription factor-miRNA-target gene circuits taking roles in the development and progression of breast cancer
- Tez No: 529360
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 132
Özet
Çok sebepli, kompleks bir genetik hastalık olan meme kanseri moleküler düzeyde detaylı bir şekilde çalışılmakta ve meme kanserine sebep olan ve gelişiminde rol oynayan pek çok gen, miRNA vb. faktör tespit edilmektedir; ancak hastalığın regülasyonunda rol oynayan moleküler mekanizmalar henüz tam olarak açıklanamamıştır. Bu eksiklik, meme kanseri oluşumunu ve gelişimini öngörebilecek yeni belirteçlerin aranmasını ve düzenleyici ağların tespit edilmesini zorunlu kılmıştır. Biyolojik süreçlerin kontrolü için önemli bir mekanizma olan gen ifadesinin düzenlenmesinde miRNA'lar post-transkripsiyonel (transkripsiyon sonrası) düzeyde görev yaparken, transkripsiyonel düzeyde bu görevi transkripsiyon faktörleri (TF) üstlenmektedir. mRNA ve miRNA'ların transkripsiyonlarının TF'ler tarafından kontrol edildiği ve TF'lerin ifadelerinin de miRNA'lar tarafından düzenlendiği göz önüne alındığında birbirinden bağımsız şekilde düşünülemeyecek olan bu düzenleyici mekanizmaların karakterize edilmesi (ağlar ve devreler kurgulayarak) ve açığa çıkartılması, hücresel süreçlerin daha iyi anlaşılabilmesi için önem kazanmaktadır. Bu amaçla tez çalışmasında miRNA ve mRNA ifade verileri ve literatür tabanlı elde edilen bilgiler birlikte kullanarak TF (transkripsiyon faktörü)-miRNA-Hedef gen devrelerini (biological circuits) dinamik olarak (deneye özgü) ortaya çıkartabilecek bir algoritma tasarlanmış, zenginleştirme tabanlı (Enrichment-based) bir devre analizi sistemi oluşturulmuş ve meme kanseri oluşum ve gelişiminde rol oynayan devreler tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Breast cancer is a multifactorial and complex genetic disease and it is well studied in molecular level. Although many genes, miRNAs and other factors were identified that are taking roles in the development and progression of the disease there are still uncertainties about the exact mechanism taking roles in regulation of it. So it becomes inevitable to search for new biomarkers and regulatory networks that can predict the formation or prognosis of breast cancer. Transcription factors (TFs) and microRNAs (miRNAs) are key regulators for gene expression regulation. miRNAs are post-transcriptional regulatory elements while TFs are regulators at transcriptional level. Since the transcription of mRNAs and miRNAs are known to be regulated by TFs and TFs are the targets of miRNAs, these two mechanisms cannot be separated from each other. Therefore it is so important to characterize (by building networks and circuits) these regulatory mechanisms to reveal the biological processes in detail. In this thesis an enrichment-based algorithm, which transforms the miRNA and mRNA expression data obtained from databases and literature was designed to identify TF-miRNA-target gene circuits dynamically. The algorithm was specifically applied to breast cancer data and TF-miRNA-target gene circuits that could be important in the development and the progression of breast cancer were investigated.
Benzer Tezler
- Identification of novel interaction partners of nuclear factor I B
Nükleer faktör I B'nin etkileşim partnerlerinin tanımlanması
AHMET ERDAL YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Meme tümörlerinde adaptif immün sistemde meydana gelen moleküler değişikliklerin mirna düzeyinde araştırılması
Investigation of molecular changes occurring in adaptive immune system in breast tumors at mirna level
MÜGE ÖÇAL DEMİRTAŞ
Doktora
Türkçe
2023
Allerji ve İmmünolojiAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
- Meme kanserinde HOXB13 VE IL17BR genlerinin ve bu genler ile ilişkili miRNA'ların prognostik ve prediktif önemi
Prognostic and predictive significance of HOXB13, IL17BR genes and miRNAs associated with these genes in breast cancer
ELİF DEMİRDÖĞEN
- Kimyasallarla indüklenen meme kanseri oluşum mekanizmalarında olası antikanser ilaç hedeflerinin araştırılması
Investigation of mechanisms of chemically-induced breast cancer as targets for anticancer drugs
ELİF İNCE
Doktora
Türkçe
2018
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HANDE GÜRER ORHAN
- Telomeraz ters transkriptaz (htert) genindeki genetik polimorfizmlerin meme kanserindeki rolleri
Başlık çevirisi yok
GÜNAY CAMUZ HİLALOĞULLARI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
OnkolojiMustafa Kemal Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. AHMET TANER SÜMBÜL