Functional analysis of fungal effector candidate SSP (small secreted protein) genes of septoria leaf blotch pathogen (Zymoseptoria tritici) in wheat
Buğdayda sorun olan septorya yaprak lekesi (Zymoseptoria tritici) patojeninde fungal efektör adayı SSP (small secreted protein) genlerinin fonksiyonel analizi
- Tez No: 538830
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA, DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH ÖLMEZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 121
Özet
Buğday (Triticum aestivum L.) dünyada ekilen başlıca tahıllardan birisidir. Dünyanın birçok yerinde günlük kalori alımının önemli bir kısmını kapsamaktadır. Uzun yıllar boyunca, buğday verimini arttırmaya yönelik yapılan birçok çalışmaya rağmen, meydana gelen biyotik ve abiyotik etkenler sebebiyle buğday ürünlerinde belirgin kayıplar gerçekleşmektedir. Septorya yaprak leke hastalığı, biyotik faktörler içinde mücadele edilmesi en zor olan hastalıklardan biridir. Septorya yaprak leke hastalığı Türkiye'de ve dünyada buğday alanlarında sorun olan önemli fungal hastalıklardan birisidir. Bu hastalığa neden olan Zymoseptoria tritici uygun şartlar oluştuğunda, yaprakta klorofil alanının azalması ile doğru orantılı olarak ürün kayıplarına neden olmaktadır. Bu fungusa karşı etkin bir strateji geliştirmek için, öncelikle fungusun hastalık oluşturma mekanizmasının anlaşılması gerekmektedir. Patojen ile konukçusu olan bitki karşılaştığında, patojen tarafından bazı küçük proteinlerin (efektörlerin) salgılandığı bilinmektedir. Bu efektörlerin bazıları bitkideki proteinlerin işleyişine etki ederek, dayanıklılığı baskılar ve hastalık oluşumunu kolaylaştırır. Bu projede, belirlenmiş bazı Small Secreted Proteins (SSPs) efektör aday genlerinin Z. tritici genomundan Agrobacterium aracılığıyla gönderilen DNA fragmentleri ile patojen hücresinin homolog rekombinasyon mekanizmasından yararlanılarak silinmiştir. Elde edilen bu mutant izolatlarla buğday üzerinde klasik reaksiyon denemeleri yapılarak, fungusun virülensliği üzerinde silinen genin bir etkisi olup olmadığı ve fungusun diğer metabolik fonksiyonları incelenmiştir. Mutant izolatların ayrıca yapay ortamda gelişim süreci takip edilerek, silinen genin fungusun fenotipik özelliklerine olan etkileri gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Wheat (Triticum aestivum L.) is one of the main cereals sown world-wide. It constitutes a significant portion of daily calorie intake in many parts of the world. Despite lots of studies conducted over many years to increase the yield, there are significant losses in wheat production due to biotic and abiotic factors. Septoria tritici blotch is one of the most challenging disease among biotic stress factors. Septoria Leaf Blotch is one of the most important fungal disease in Turkey and the world, causing many concerns in wheat fields. Upon adequate conditions Zymoseptoria tritici causes direct yield loss proportionally to chlorophyll loss on leaves. Primarily, the mechanism of disease formation of the fungus needs to be understood for development of effective strategies against this pathogen. It is known that when the fungus and host plant come across following the infection, pathogens secrete small proteins called effectors. Some of these effectors affect the functioning of plant proteins, suppressing its resistance and facilitating disease formation. In this project, some of the Small Secreted Proteins (SSPs) genes on Z. tritici genome are knocked out via Agrobacterium mediated DNA fragment transfer and utilizing pathogen's homologous recombination mechanism. The effect of the knocked-out genes in fungal virulence were investigated using classical virulence tests on these gene knock out mutant isolates. Also, development process of mutant isolates on synthetic media were monitored to investigate effects of the deleted gene on phenotypic features of the fungi.
Benzer Tezler
- Buğday sarı pas (Puccinia striiformis f. sp. tritici) efektör adaylarına ait RNAi parçalarının BSMV vektörüne klonlanması
Cloning of RNAi fragments of wheat yellow rust (Puccinia striiformis f. sp. tritici) effector candidates into BSMV vector
ALPEREN DİLEKLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA HASANÇEBİ
- Buğday kahverengi pası (Puccinia triticina Eriks) efektör adayı PTTG-01827'nin hıgs yöntemiyle fonksiyonel analizi
Functional analysis of candidate effector PTTG-01827 of wheat brown rust (Puccinia triticina Eriks) by higs method
İLAYDA KÜÇÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikTrakya ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA HASANÇEBİ
- Site directed mutations of one of the plant pathogen effector gene for functional analysis
İşlevsel analiz için bitki pataojen efektör geninde yönlendirilmiş nokta mutasyonu
ZEMRAN MUSTAFA
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Investigation of subcellular localization of a yellow rust pathogen effector candidate
Sarı pas patojeni efektör adayının hücre içi lokalizasyonunun incelenmesi
AYŞE ANDAÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Functional complementation analysis of fungal RTG2 homologs in saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevısıae'de fungal RTG2 homologlarının işlevsel tamamlama analizi
ERCAN SELÇUK ÜNLÜ
Doktora
İngilizce
2011
BiyokimyaMississippi State UniversityMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DONNA M GORDON