Geri Dön

Çoklu gen çalışmalarında interaksiyon ve eklemeli etkilerin optimizasyon yöntemleriyle modellenmesi

Modeling interaction and additive effects with optimization methods in multiple gene studies

PDF İndir

  1. Tez No: 539697
  2. Yazar: HAVVA DİDEM ÇELİKCAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BAHAR TAŞDELEN, PROF. DR. CEMİL ÇOLAK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Mersin Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Tıbbi Bilişim Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 98

Özet

Son yıllarda genom boyu ilişki çalışmaları ile hastalıkların genetik nedenleri hakkında yeni yaklaşımlar bulunmaktadır. Çok sayıda çalışmada hastalık ile tek nükleotid polimorfizmi (SNP) arasındaki ilişki incelenmiştir. Ancak bununla birlikte bir SNP'nin başka bir SNP ile de ilişkili olabileceği dikkate alınmalıdır. SNP'ler arasındaki etkileşime epistazi denilmektedir. Klasik yöntemler epistazinin analiz edilmesi için uygun değildir. Bu nedenle epistazi analizi için Karınca Koloni Optimizasyonu gibi kombinatoryal optimizasyon yöntemlerinin kullanılması gerekmektedir. Bu çalışmada, epistazi varlığında karınca koloni optimizasyonunun başarısı değerlendirilmiştir. Örnek genişliği, minör alel frekansı (MAF) ve gruplarda çalışılan SNP sayısının karınca koloni optimizasyonu sonuçlarını nasıl etkilediğini görmek için bir simülasyon çalışması düzenlendi. Simülasyon çalışmasında 64 adet eklemeli etki modeli ve 64 tadet epistatik etki modeli oluşturulmuştur. Hem klasik ki-kare yöntemiyle elde edilen sonuçlar hem de karınca koloni optimizasyon yöntemiyle elde edilen sonuçlar karşılaştırıldı. Karşılaştırmalar performans değerlendirme ölçütleri olan Hassasiyet, Kesinlik ve F1 Skoru ile değerlendirildi. Ayrıca sonuçların tutarlılığı Kappa istatistiği ile değerlendirildi. Epistatik etki varlığında en çok etkilenen kombinasyonlar, gruplardaki örnek genişliklerinin eşit olduğu ve minör alel frekansının düşük olduğu (0,2) durumlardır.

Özet (Çeviri)

In recent years, novel approaches about the genetic causes of diseases are identified with genome-wide association studies (GWAS). The relationship between only one single nucleotide polymorphism (SNP) and disease was examined in many studies. However, it should also be considered that a SNP may be associated with another SNP. The interaction between SNPs is named epistasis. Classical methods are not suitable for epistasis analysis. So, it is necessary to use combinatorial optimization methods such as ant colony optimization. In this study, we investigate the success of ant colony optimization (ACO) method in epistasis. A simulation study is conducted to reveal how the inadequate sample size, minor allel frequency (MAF) and SNP numbers in the groups of polymorphism studies affect ant colony optimization results. In the simulation study, 64 additive models and 64 epistatic models were created. Both the results obtained by the classical method chi-square test and the results obtained by the ant colony optimization method were compared. Comparisons were evaluated by performance evaluation criteria: Recall, Precision and F1 Score. The consistency of the results was assessed by the Kappa statistic. The most affected combinations in the presence of epistasis are that the groups numbers are equal and minor allele frequency is low (0.2).

Benzer Tezler

  1. Tez No

    724600

    Bursa koşullarında bazı deneysel melez atdişi mısırların (Zea mays var. indentata Sturt.) verim ve kalitelerinin belirlenmesi

    Determination of the yield and quality of some experimental hybrid dent corn (Zea mays var. indentata Sturt.) in Bursa conditions

    BAHAR AYKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    ZiraatBursa Uludağ Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLHAN TURGUT

  2. Tez No

    360765

    Mercimek cinsinde (lens mıller) dayanıklılık gen analogları, peroksidaz ve wrky transkripsiyon faktörü gen ailelerinin polimorfizmi

    Polymorphism of resistance gene analogs, peroxidase and wrky transcription factors gene families in the genus lens miller

    DUYGU SARI YOL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CENGİZ TOKER

  3. Tez No

    822696

    Genetics and etiopathology of childhood obesity, and development of a genetic risk calculation panel based on the polygenic risk score approach

    Çocukluk çağı obezitesinin genetiği ve etiyopatolojisi ve poligenik risk puanı yaklaşımına dayalı genetik risk hesaplama panelinin geliştirilmesi

    DUDU SEHER YURT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Genetikİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EFE SEZGİN

  4. Tez No

    282650

    Kışlık ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.)'da sarı pas hastalığına dayanıklılığın biyoteknolojik yöntemlerle incelenmesi

    Investigation of yellow rust disease resistance in winter type bread wheat (Triticum aestivum L.) using biotechnological methods

    ÖZGE KARAKAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Biyoteknolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU

    DOÇ. DR. FİLİZ GÜREL

  5. Tez No

    879800

    Asmada mildiyö (Plasmopara viticola) hastalığına dayanıklılık lokusları ile ilişkili snp markörlerinin belirlenmesi

    Identification of snp markers associated with resistance loci to downy mildew (Plasmopara viticola) disease in grapevine

    ESRA SULUHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    ZiraatAkdeniz Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLKNUR POLAT

Geri Dön