Çoklu gen çalışmalarında interaksiyon ve eklemeli etkilerin optimizasyon yöntemleriyle modellenmesi
Modeling interaction and additive effects with optimization methods in multiple gene studies
- Tez No: 539697
- Danışmanlar: PROF. DR. BAHAR TAŞDELEN, PROF. DR. CEMİL ÇOLAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Mersin Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Tıbbi Bilişim Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Son yıllarda genom boyu ilişki çalışmaları ile hastalıkların genetik nedenleri hakkında yeni yaklaşımlar bulunmaktadır. Çok sayıda çalışmada hastalık ile tek nükleotid polimorfizmi (SNP) arasındaki ilişki incelenmiştir. Ancak bununla birlikte bir SNP'nin başka bir SNP ile de ilişkili olabileceği dikkate alınmalıdır. SNP'ler arasındaki etkileşime epistazi denilmektedir. Klasik yöntemler epistazinin analiz edilmesi için uygun değildir. Bu nedenle epistazi analizi için Karınca Koloni Optimizasyonu gibi kombinatoryal optimizasyon yöntemlerinin kullanılması gerekmektedir. Bu çalışmada, epistazi varlığında karınca koloni optimizasyonunun başarısı değerlendirilmiştir. Örnek genişliği, minör alel frekansı (MAF) ve gruplarda çalışılan SNP sayısının karınca koloni optimizasyonu sonuçlarını nasıl etkilediğini görmek için bir simülasyon çalışması düzenlendi. Simülasyon çalışmasında 64 adet eklemeli etki modeli ve 64 tadet epistatik etki modeli oluşturulmuştur. Hem klasik ki-kare yöntemiyle elde edilen sonuçlar hem de karınca koloni optimizasyon yöntemiyle elde edilen sonuçlar karşılaştırıldı. Karşılaştırmalar performans değerlendirme ölçütleri olan Hassasiyet, Kesinlik ve F1 Skoru ile değerlendirildi. Ayrıca sonuçların tutarlılığı Kappa istatistiği ile değerlendirildi. Epistatik etki varlığında en çok etkilenen kombinasyonlar, gruplardaki örnek genişliklerinin eşit olduğu ve minör alel frekansının düşük olduğu (0,2) durumlardır.
Özet (Çeviri)
In recent years, novel approaches about the genetic causes of diseases are identified with genome-wide association studies (GWAS). The relationship between only one single nucleotide polymorphism (SNP) and disease was examined in many studies. However, it should also be considered that a SNP may be associated with another SNP. The interaction between SNPs is named epistasis. Classical methods are not suitable for epistasis analysis. So, it is necessary to use combinatorial optimization methods such as ant colony optimization. In this study, we investigate the success of ant colony optimization (ACO) method in epistasis. A simulation study is conducted to reveal how the inadequate sample size, minor allel frequency (MAF) and SNP numbers in the groups of polymorphism studies affect ant colony optimization results. In the simulation study, 64 additive models and 64 epistatic models were created. Both the results obtained by the classical method chi-square test and the results obtained by the ant colony optimization method were compared. Comparisons were evaluated by performance evaluation criteria: Recall, Precision and F1 Score. The consistency of the results was assessed by the Kappa statistic. The most affected combinations in the presence of epistasis are that the groups numbers are equal and minor allele frequency is low (0.2).
Benzer Tezler
- Durgun su ortamında su alma borusuna ait hava girişine taban geçirimliliğinin etkisinin araştırılması ve modellenmesi
The investigation and modelling of effect of base permeability on air entraining vortex belongs to intake in still-water environment
OSMAN SUSEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
İnşaat MühendisliğiBozok Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BURHAN ÜNAL
- Lise çağı ergenlerde internet kullanımı ile yalnızlık düzeyleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
The relationship between internet use and loneliness in adolescents
AÇELYA ESEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
PsikolojiHaliç ÜniversitesiPsikoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ZEHRA BANU SAYINER
- Treatment of multiple gingival recessions with two different approaches
Çoklu dişeti çekilmelerinin tedavisinde farklı iki tedavi yaklaşımı
İLKNUR ÖZENCİ
Doktora
İngilizce
2014
Diş HekimliğiYeditepe ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RECEP SELÇUK YILMAZ
- Sınıf öğretmeni adaylarında eleştirel düşünce yönelimleri ile eğitim inançları arasındaki ilişkinin incelenmesi
The examination of relationship between critical thinking dispositions and educational beliefs in preservice elementary school teachers
İSMAİL AKGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Eğitim ve ÖğretimDumlupınar Üniversitesiİlköğretim Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAKAN SARIÇAM
- Kardiyak sendrom x hastalarında faktör xııı gen mutasyonu sıklığının prognostik önemi
The prognostic importance of factor xiii gene mutation frequency in patients with cardiac syndrome x
GAMZE BABUR GÜLER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
KardiyolojiSağlık BakanlığıKardiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET MUHSİN TÜRKMEN