Türkiye'de yayılış gösteren Lemnoideae (Sumercimeğigiller) üyelerinin genetik çeşitlilik ve filogenetik analizi
Determination of genetic diversity and phylogenetic analysis in duckweed (Lemnoideae) populations from the Turkey
- Tez No: 540062
- Danışmanlar: DOÇ. DR. DİDEM AYDIN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Lemnoideae, Sumercimeği, ISSR, iPBS, Genetik Karakterizasyon, Lemnoideae, Duckweed, ISSR, iPBS, Genetic Characterisation
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 149
Özet
Lemnoideae alt familyasına ait türleri içeren sumercimekleri, çiçekli bitkilerin en küçük grubunu oluşturmaktadır. Çalışmamızda; Türkiye'nin sumercimeği genotiplerinin çeşitliliği, moleküler karakterizasyonu ve filogenetik yapısının belirlenmesi, yerel ve küresel ölçekte moleküler veri sağlanması amaçlanmıştır. Bu çalışmada Türkiye'de sumercimeği türlerinin yayılış alanları, genetik yapıları ve tür içi varyasyonları belirlenmiştir. Sumercimeğigil üyesi 5 farklı türü temsil eden 67 genotipe ait bitki örneği tespit edilmiştir. 44 genotip Lemna minor L., 9 genotip Lemna gibba L., 7 genotip Lemna trisulca L., 3 genotip Lemna turionifera Landolt ve 4 genotip Spirodela polyrhiza (L.) Schleid. belirlenmiştir. Sumercimeklerinde DNA miktarı ve kalitesi bakımından en uygun izolasyon etkinliğinin CTAB kullanılan yöntem olduğu tespit edilmiştir. Türler arası ve tür içi moleküler karakterizasyon için ISSR, iPBS ve cpDNA teknikleri kullanılmıştır. ISSR ve iPBS yöntemlerinde % 100 oranında polimorfizm belirlenmiştir. Benzerlik indeks değerleri 0.17 ile 0.92 arasında değişmiştir. Genetik benzerlik katsayıları Spirodela ve Lemna cinsleri arasında 0.17-0.56 arasında değişmiştir. Türler arasında en düşük benzerlik L. minor ile S. polyrhiza genotipleri arasında belirlenmiştir. Tür içerisinde en yüksek varyasyon S. polyrhiza, en düşük varyasyon L. turionifera genotipleri arasında tespit edilmiştir. Elde edilen dendrogramlarda birbirine en yakın türlerin L. minor ile L. gibba olduğu, S. polyrhiza'nın ise diğer dört türden ayrı kümelendiği belirlenmiştir. K=6 hesaplamasına göre yapılan structure analizlerinde en homojen ve en farklı popülasyonların L. minor türüne ait oldukları tespit edilmiştir. Çalışılan türlerde dizisi elde edilen sumercimeği türüne ait örneklerin cpDNA dizisinden sıralanabilir 356 nükleotid elde edilmiştir. Tüm sumercimeği genotiplerinde önemli varyasyon olduğu belirlenmiştir. Retrotranspozon markırlarının genetik karakterizasyonu değerlendirme bakımından kullanılabilir olduğu tespit edilmiştir. Temel bileşenler analizi sonucu elde edilen bilgiler, çalışmada yer alan genotiplerin dağılımında öncelikle türlerin etkili olduğunu açıklamaktadır. Ayrıca genotiplerin coğrafi orjinlerinin de gruplama için kaynak teşkil ettiği belirlenmiştir. Bu çalışmayla bir çok önemli özelliği ile dikkat çeken sumercimeklerinin ülkemizde ki yayılış alanları ve genetik yapıları belirlenerek değerlendirilebilecek envanter sağlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Duckweeds including species of Lemnoideae-sub family constitute the smallest group of flowering aquatic plants. In this study, diversity, molecular characterization and phylogenetic structures of Turkish duckweed genotypes were determined and molecular data were provided in local and global scale. Spread zones, genetic structures and intra-species variations of Turkish duckweed species were also determined in this study. Plant samples for 67 genotypes representing 5 different species of Lemnoideae family were identified. Of these genotypes, 44 were identified as Lemna minor L., 9 genotypes as Lemna gibba L., 7 genotypes as Lemna trisulca L., 3 genotypes as Lemna turionifera Landolt and 4 genotypes as Spirodela polyrhiza (L.) Schleid. With regard to DNA quantity and quality, CTAB procedure yielded the best isolation efficiency. ISSR, iPBS and cpDNA techniques were employed for inter and intra-species molecular characterization of duckweeds. In ISSR and iPBS methods, 100% polymorphism was observed. Genetic similarity index values varied between 0.17 - 0.92. Genetic similarity coefficients between Spirodela and Lemna species varied between 0.17-0.56. The least inter-species similarity was observed between L. minor and S. polyrhiza genotypes. The greatest intra-species variation was observed in S. Polyrhiza genotypes and the least in L. turionifera genotypes. The resultant dendrogram revealed that L. minor and L. gibba were the closest species and S. polyrhiza was clustered separate from the other four species. According to structure analysis based on K=6 calculation, the most homogenous and the most different populations belonged to L. minor species. From cpDNA sequence of the duckweed samples of which sequences were obtained, 356 sequencable nucleotides were obtained. A significant variation was observed in all duckweed genotypes. Present findings revealed that retrotransposon markers could reliably be used for genetic characterization of duckweeds. Principle component analysis revealed that species were primarily dominant in distribution of experimented genotypes. Geographical origins of the genotypes also constituted a source for grouping. With the present study, spread zones and genetic structures of Turkish duckweeds prominent with various attributes were put forth and a significant inventory was provided for further research to be conducted on duckweeds.
Benzer Tezler
- Anatomy, palynology and floral diversity of the genus Lamium L. (Lamiaceae) in Turkey
Türkiye'de bulunan Lamium L. (Lamiaceae) cinsinin anatomi, polen ve çiçek çeşitliligi üzerine çalışmalar
ZEYNEP ATALAY
Doktora
İngilizce
2016
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSA DOĞAN
- Türkiye'de yayılış gösteren Macrovipera lebetina (Linnaeus, 1758), Montivipera xanthina (Gray, 1849) ve Vipera ammodytes (Linnaeus, 1758) zehirlerinin karşılaştırmalı proteomik karakterizasyonu, koagülasyon üzerindeki etkilerinin ve sitotoksisitelerinin belirlenmesi
Comparative proteomic characterization of the venom of Macrovipera lebetina (Linnaeus, 1758), Montivipera xanthina (Gray, 1849) and Vipera ammodytes (Linnaeus, 1758) distributed in Turkey and determination of their effects on coagulation and cytotoxicity
NAŞİT İĞCİ
Doktora
Türkçe
2015
BiyokimyaAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA DUYGU ÖZEL DEMİRALP
PROF. DR. BAYRAM GÖÇMEN
- Türkiye'de yayılış gösteren su sıçanı Arvicola amphibius (Linnaeus, 1758) (Mammalia: Rodentia) populasyonlarının MtDNA (Sitokrom B ve kontrol bölgesi) varyasyonları
MtDNA (Cytochrome B and control region) variations of water vole Arvicola amphibius (Linnaeus, 1758) (Mammalia: Rodentia) populations distributed in Turkey
PERİNÇEK SEÇKİNOZAN ŞEKER
- Türkiye'de yayılış gösteren Ramalina (Ach.) cinsine ait bazı türlerin morfo-anatomik karakterleri ve multilokus moleküler sekans analizleri ile modern revizyonu
Modern revision of the genus Ramalina (Ach.) in Turkey using morpho-anatomical characters and multilocus molecular sequence analyses
BETÜL PATAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyolojiErciyes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET GÖKHAN HALICI
- Türkiye'de yayılış gösteren dört endemik hyacinthella Schur türünün karyolojik yönden incelenmesi
Karyological investigation of four endemic hyacinthella Schur species distributed in Turkey
SELÇUK KILIÇ